来一场Cytoscape的旅行之准备

刘小泽写于18.10.13

这是我第一次使用这个工具，之前下载过但并不知道怎么用，只是出于对强大工具的好奇。但这次必须要用到了，前面做了WGCNA，得到了一些hub genes，那么就要对这些基因进行网络可视化。哪来的自信让自己去学习一个陌生的工具呢？是美感！我们都是视觉动物，一旦被它的强大所征服，什么英文文档，什么操作流程，都不再是我们的羁绊而是牵引力。并且一定要相信，工具做出来一定不难使用，否则作者都对不起他自己的劳动，只是偶尔我们需要和作者进行心灵的沟通。
May the force be with you！

Cytoscape样张

Cytoscape是什么

它诞生于2003年，旨在为用户提供开源的网络可视化的工具。现在研究单一因素已经不能说服别人了，需要多个实验、多个组学共同表明，比如研究基因共表达、miRNA-gene互作、蛋白互作、菌落互作、靶向调控等。引用量惊人1W+

引用量

得到它

下载地址：https://cytoscape.org/download.html，需要Java8（再高的版本就不支持了）没有的话也不用担心，安装程序会自动帮你下载。软件最大的特色就是支持多种插件（就像chrome为什么好用，就是因为插件齐全）；缺点就是比较消耗内存。

初次见面

初次见你

Menus：菜单栏（常用的几个介绍）
- View：显示或者隐藏上图的几大板块
- Select：支持快速选择相邻的所有节点、线
- Layout：多种网络形态供选择；还可以在Node Layout tools中对网络进行旋转(rotate)、拉伸(scale)；对线(edge)弯曲；恢复成原始面貌(Apply Preferred Layout)
  
  scale选项可以避免太多的节点凑在一起，可以让它们分散一下
  edge选项实现的线弯曲，有时可以让图更美观
- App：这一个是软件的重点
Toolbar：工具栏（许多的快捷操作）

工具栏

Network Search：主要的参数调整区域
- Network、 Select
- Style：设置包括三部分：node，edge，network
NetworkView Window：看图区
Table Panel：显示节点Node、线Edge、网络Network的属性
还有右下角的内存检测（红黄绿三种颜色，绿色表示内存充足）

敬个礼握握手

加载数据

输入的node文件和edge文件都是矩阵格式，一般txt格式（除非excel才用xls）

Node设置

颜色，形状，宽，高，以及结点标签

node选择

注意右下方的Table panel，默认是显示所有的nodes。按住shift然后拖动鼠标可以一次多选许多nodes，同时table panel中的数量也随着你的选择而改变
另外，可以直接在Table panel中选择，然后右键Select nodes from selected rows

直接在Table panel中选择nodes

node填充色

选择control panel的style，默认进入node的属性设置
找到Fill color，点击右侧小黑箭头，会有一个下拉菜单，根据node文件的col列进行设置

设置颜色

node形状、大小

找到shape，根据node文件shape列进行设置

设置形状大小
高度(Height)、宽度(Width)、字体大小(Lable font size)都可以设置；另外可以直接用鼠标滚轮放大缩小图片

其他设置

更多的设置在Properties的旁边小三角中，点击展开，可以添加更多的个性化设置
Properties下面三个单词：Def表示默认设置；Map表示全局设置；Byp表示个性化设置
另外可以设置node的排版，在Layout中有许多样式，比如设置一个Circular Layout就是圆形图显示nodes
如果发现有的node排列太紧凑，可以用Layout=》Node Layout Tools进行整体拉伸缩放、旋转等；还能设置nodes的排列方式（排列Align、分布Distribution、堆叠Stack）

设置排列

一般不同class的基因放在一起，用同心圆的圆圈一层层排列，组成一个gene family，然后不同的family再直线连接成super gene family。有的时候我们关注一个family内部不同class的不同，就可能会将同一个class中的基因变小；如果关注一个class中的基因，那么就可以适当调大基因的node大小；另外：一个class中基因间的连线除了美观，没有别的作用（不要认为是相关性的连线）
node还能设置边缘框框，可以在其中加图片，加统计图

edge设置

主要包括color和width

点击左下角的Edge，可以设置属性
在Style下方有一个长条的选项栏，可以选择许多样式的edge

多种样式选择

保存文件

图像一般选择pdf，整个数据集session保存为cys

18.10.13 今晚就学了这些，先说这么多
当然还会继续学习

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