学习小组Day5笔记-姜洪利

一、常用包的安装以及工作环境初始配置

此处代码都是引自果子老师的《学习R语言，从这一课开始》，还是留存备用为好。

if(length(getOption("CRAN"))==0) options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
if(!require("tidyr")) install.packages("tidyr",update = F,ask = F)
if(!require("dplyr")) install.packages("dplyr",update = F,ask = F)
if(!require("ggplot2")) install.packages("ggplot2",update = F,ask = F)
if(!require("data.table")) install.packages("data.table",update = F,ask = F)
if(!require("ggrepel")) install.packages("ggrepel",update = F,ask = F)
if(!require("devtools")) install.packages("devtools",update = F,ask = F)
if(!require("pheatmap")) install.packages("pheatmap",update = F,ask = F)
if(!require("ggfortify")) install.packages("ggfortify",update = F,ask = F)
if(!require("stringr")) install.packages("stringr",update = F,ask = F)
if(!require("survival")) install.packages("survival",update = F,ask = F)
if(!require("survminer")) install.packages("survminer",update = F,ask = F)
if(!require("glmnet")) install.packages("glmnet",update = F,ask = F)
if(!require("ggpubr")) install.packages("ggpubr",update = F,ask = F)
if(!require("tibble")) install.packages("tibble",update = F,ask = F)
if(!require("cowplot")) install.packages("cowplot",update = F,ask = F)
if(!require("timeROC")) install.packages("timeROC",update = F,ask = F)
if(!require("survivalROC")) install.packages("survivalROC",update = F,ask = F)
if(!require("randomForest")) install.packages("randomForest",update = F,ask = F)
if(!require("Hmisc")) install.packages("Hmisc",update = F,ask = F)
if(!require("jsonlite")) install.packages("jsonlite",update = F,ask = F)
if(!require("ggstatsplot")) install.packages("ggstatsplot",update = F,ask = F)

if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)
if(length(getOption("BioC_mirror"))==0) options>     (BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
if(!require("limma")) BiocManager::install("limma",update = F,ask = F)
if(!require("Biobase")) BiocManager::install("Biobase",update = F,ask = F)
if(!require("caret")) install.packages("caret",update = F,ask = F)
if(!require("IRanges")) BiocManager::install("IRanges",update = F,ask = F)
if(!require("DO.db")) BiocManager::install("DO.db",update = F,ask = F)
if(!require("GO.db")) BiocManager::install("GO.db",update = F,ask = F)
if(!require("fgsea")) BiocManager::install("fgsea",update = F,ask = F)
if(!require("clusterProfiler")) BiocManager::install("clusterProfiler",update = F,ask = F)
if(!require("GEOquery")) BiocManager::install("GEOquery",update = F,ask = F)
if(!require("hugene10sttranscriptcluster.db")) BiocManager::install("hugene10sttranscriptcluster.db",update = F,ask = F)
if(!require("DOSE")) BiocManager::install("DOSE",update = F,ask = F)
if(!require("RTCGA.clinical")) BiocManager::install("RTCGA.clinical",update = F,ask = F)
if(!require("bladderbatch")) BiocManager::install("bladderbatch",update = F,ask = F)
if(!require("sva")) BiocManager::install("sva",update = F,ask = F)
if(!require("DESeq2")) BiocManager::install("DESeq2",update = F,ask = F)
if(!require("edgeR")) BiocManager::install("edgeR",update = F,ask = F)

以上包安装完毕之后，先查看工作路径，后根据需要设置自己的工作路径，如下命令：
getwd() setwd() ##get/set workdictionary

二、向量与数据框

R中的数据类型有五种，分别是向量（Vector），矩阵（Matrix），数组（Array），数据框（Data Frame），列表（List）；而元素的类型，有数值型、字符型、逻辑型、因子型等。向量是一维的单一类型的元素集合，矩阵是二维的单一类型的元素集合，数组是多维的单一类型的元素集合，数据框是一个二维或多维的元素集合，相当于excel表格，列表是一个虚拟的大容器，什么都可以装。

1. 向量

向量的提取方法，是在向量后加中括号，其用法引自老师小洁的教程：

x -< rep(1:100, 2)
x[4]
x[-4]
x[2:4]
x[-2:4]
x[c(1, 5)]
x[x == 10]
x[x < 0]
x[x %% 2 ==0]
x[x %in% c(1, 2, 5)]

2. 数据框

• 读文件和写文件
  常用的命令是read.csv,read.table,read.xlsx,write.csv,write.table,write.xlsx。

• 提取元素，相比向量，除了[]，多了$，$相当于数据框中的一个向量的名称，也就是其中的某一列，在数据框里，列是变量，行是观测对象。

以下引自老师小洁的文章

x[4,]
x[,4]/x[4]
x[4,4]
x[1:4]
x[1:4, 1:4]
x[c(1, 4)]
x[c(1, 4), c(1, 4)]
x$name

3. attach&with的用法

• attach和detach要配对使用，否则后续可能遇到未知错误。
• attach相当于把一个数据暂时赋值为全局环境，如果不用detach的命令，attach将持续有用，而with仅仅是在括号里的代码对数据进行一个短暂的全局赋值，出了with代码，自动失效，而代码里如果存在赋值的变量，变量不予保留，要保留，需使用<<-。