吴涛_631b
吴涛_631b

常用的生物信息学数据库（核酸，蛋白）

数据库

1、PubMed数据库

检索技巧

- AU：作者

- TI：标题

- AB：摘要

- AD：地址

示例：dUTPase [TIAB] Beijing [AD]

2、GenBank核酸序列数据库

一级核酸数据库包括：GenBank(NCBI)、ENA（EMBL）、DDBJ（NIJ)

3、基因组数据库Ensemble

4、微生物宏基因组数据库JCVI

5、二级核酸数据库

  • RefSeq数据库：非冗余数据库，有基因组序列，蛋白序列，和转录序列

  • EST数据库：表达序列标签数据库

  • Gene数据库

  • ncRNA数据库

  • microRNA数据库

6、一级蛋白质序列数据库（UniProt数据库）

  • Swiss-Prot 人工注释

  • TrEMBL 计算机翻译除去Swiss-Prot中的序列

  • PIR 蛋白质信息资源数据库

  • UniProt数据库有三层：UniParc（所有序列）、UniRef（去除重复序列）、UniProtKB（Swiss-Prot、TrEMBL）

7、一级蛋白质结构数据库

PDB数据库

8、二级蛋白质数据库

  • Pfam：根据序列来推知未知功能的蛋白质上有哪些已知的结构域

  • CATH：Class、Architecture、Topology、Homologous superfamily 以结构域分类，包括PDB的蛋白质和公共数据库的蛋白质序列做出的预测

  • SCOP2 主要关注进化关系，依赖于人工验证

9、专用数据库

  • KEGG数据库

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