生信星球学习小组第29期 Day3

学习大纲

• 了解conda
• 给服务器下载conda/miniconda
• 安装和配置miniconda
• 使用miniconda
• 定制conda的分身

一、conda介绍

=App store=软件管理

• conda (大Boss)
• anaconda (总管）= miniconda+150 high quality packages
• miniconda (区域经理）=conda+python+base packages

二、下载miniconda

(1) google "miniconda 清华"
(2) 进入网页，有anaconda还有miniconda
(3) 查看自己服务器多少位：uname -a
(4) 安装python3.6对应的版本
(5) 右键复制下载链接
(6) 登陆服务器，进入目录: cd ~/biosoft
(7) wget 链接

三、安装和配置miniconda

• bash Miniconda3-latest-Linux-x85_64.sh （bash=安装 .sh 是文件）
• 一系列Enter and yes
• 激活：source ~/.bashrc
• 添加镜像：复制-粘贴-回车
  使用清华镜像
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  conda config --set show_channel_urls yes

四、使用conda

1. 查看当前所有软件列表：conda list
2. 搜索软件： conda search fastqc（以fastqc这个数据质控软件为例）
3. 安装软件： conda install fastqc -y (-y 是自动安装)
4. 卸载软件： conda remove fastqc -y

五、延申内容-conda 分身

conda environment：按照不同项目制定不同分身，安装不同软件，互不干扰
*代表默认

1. 查看当前conda 有哪些环境：conda infor --envs
2. 建立一个名叫”rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3. 查看创建完的conda环境： conda info --envs
   但此时默认还是base
4. 激活新的conda环境：conda activate rna-seq
   默认的*就会转移到rna-seq前面

六、conda卸载

1. rm -rf~/miniconda3
2. 环境变量中去掉conda, vi~/bash_profile 删除conda路径，退出保存。
3. 删除隐藏的.condarc.conda.continuum 文件