生物信息神奇网站系列（九）：批量下载序列

在《手把手教你生信分析平台搭建专栏》中，我们介绍过利用Aspera快速下载生物数据，例如下载某个物种基因组数据。但是如果想下载来自多个物种的不同基因序列，例如给定一个基因列表list，如何下载到这些序列呢？这就需要用到Batchentrez。

九：批量下载序列Batchentrez

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez

批量下载基因序列有多种方式，可以通过编程实现，也可以通过固定模块例如bioperl，biopython等。如果不会编程，batchentrez就是最好的选择了。Entrez是NCBI官方的数据检索系统，Batch Entrez显然就是批量检索。越到这种问题，真的有人一条条序列下载，这样不仅浪费时间，而且容易出错。（我以前就是手工一条条序列下载）

1、首先登陆网站，首次使用请注意阅读说明和注意事项。

2、网站的使用其实并不难，首先选择要使用的数据库，然后点击选择上传ID文件，序列的ID可以是accession numbers或者identifiers。

3、这里我们利用GI号，下载8个基因的序列，文件格式如图所示。

4、数据库需要选择默认的，上传文件，点击Retrieve。

5、batchentrez会检查文件中序列ID信息，并且会去除重复，返回检索结果，这里有5个检索不到序列。

6、点击图中蓝色链接，链接到新的页面，选中要下载的序列，然后在Sent to中进行选择，包括输出文件内容和文件格式等。

7、点击Create FIle，这样序列就下载好了。

Tips：1,、注意输入文件格式，ID只能使用accession numbers or identifiers。

2、选择的数据库要和输入的序列ID相一致。

3、序列ID后面不要加空格，注意不同系统中换行符问题。

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