如何使用Circos-5：2D Data Tracks-histogram 简单配置

说明，该系列原文写于2016年3月。

在如何使用Circos（2） 我们曾经说过 2D Data Tracks的文件格式基本一致，同样，就配置参数而言各类2D Data Tracks也基本相同。

在 **简单配置 **这一部分内容我们只举柱状图和热度两例，其他类型的参数配置我们留在后面的 **进阶配置 **中再做进一步介绍。

例1：histogram

# 首先让我们来复习一下前面的内容

karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt
chromosomes_units = 1000000

chromosomes_display_default = no
chromosomes = /hs[1234]$/
chromosomes_radius = hs4:0.9r


chr1* = red
chr2* = orange
chr3* = green
chr4* = blue


chromosomes_reverse = /hs[234]/
chromosomes_scale = hs1=0.5r,/hs[234]/=0.5rn

# 再来复习一下原始数据格式
#
# #chr start end value [options]
# ...
# hs3 196000000 197999999 71.0000
# hs3 198000000 199999999 57.0000
# hs4 0 1999999 28.0000
# hs4 2000000 3999999 40.0000
# hs4 4000000 5999999 59.0000
# ...
#
# 每一个柱状图被定义在一个  block中，  block可以包含若干个



type = histogram
#首先要说明类型，比如histogram或者scatter（散点图）等
file = data/5/segdup.hs1234.hist.txt
#之后写清楚引用原始文件位置

# 每一个track 被定义在 r0/r1 的两个半径之间，需要说明的是，当你使用r这个相对位置时，它的位置时相对于ideogram而言的
#在之前内容中我们曾经提到过一次染色体显示比例的相对位置，那时的r是相对于整个图形的周长而言的。
r1 = 0.88r
r0 = 0.81r

# 柱状图既可以有填充fill 也可以有轮廓 outline. 默认设置其 outline 为 1px thick black.
fill_color = vdgrey
#vdgrey的意思是very deep，这一部分内容会在和颜色相关的部分进行介绍。
#如果不想要轮廓，可以将outline的thickness设置为0.

#thickness = 0p
# Do not join histogram bins that do not abut .
extend_bin = no

# 和link相似，这里也可以加入相关的rule

condition = on(hs1)
show = no

# 不显示hs1的任何数据



#在这个例子中，作者还介绍了一个堆叠柱状图的概念，即同一个位置可以展示不同的value，
#然后给每一个value赋予不同的颜色以区别显示。

#原始文件格式
#chr start end value,value,value,... [options]
# ...
# hs3 196000000 197999999 0.0000,7.0000,64.0000,0.0000
# hs3 198000000 199999999 21.0000,6.0000,18.0000,12.0000
# ...
#当 type=histogram 并且原始文件中有多个value时，circos会自动绘制堆叠的柱状图。


type = histogram
file = data/5/segdup.hs1234.stacked.txt
r1 = 0.99r
r0 = 0.92r

#绘制上述堆叠状柱状图时，最好采用一系列的颜色，这里使用的是默认设置中给定的人染色体颜色。
# hs3 198000000 199999999 21.0000,6.0000,18.0000,12.0000
# the colors for the bins will be hs1 (21.0000), hs2 (6.0000), hs3 (18.0000), hs4 (12.0000).

fill_color = hs1,hs2,hs3,hs4
extend_bin = no

# 柱状图的延伸方向可以单独进行设置。
orientation = in
#修改为no则向外，具体图示可以参考example4中的circos1.png

图例

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