python绘制基因结构图_手把手教你从头绘制基因簇结构图

能够绘制基因簇结构图的工具有不少，例如在线工具 Gene Structure Dispaly Server(主要用于绘制基因结构图、基因簇结构图)，或者本地工具SnapGene viewer(专业的质粒图谱绘制软件，也可绘制基因簇结构图)。今天小编再给大家提供一个曲线救国的方案：生成 svg 代码——图片调整。以下是基因簇结构图的示意图，可以根据需要添加标注或注释信息。

 

基因簇结构图

1工具

绘图所用的全部工具及软件都可以从该链接中获取：

https://pan.baidu.com/s/1sm8Qccl

2软件准备

(1)生成 svg 代码时基于 python 脚本，如果您的电脑中没有安装 python(3版本)，可以通过上面提供的链接下载 python-3.6.4.exe 并进行安装；

(2)图片调整时使用 inkscape，如果您的电脑中没有该软件，请通过上面提供的链接下载 inkscape-0.92.2-x64.exe 并进行安装；

(3)inkscape 的运行依赖于 java 环境，如果您的电脑中未安装 java 或者版本较低导致inkscape运行报错，请通过上面提供的链接下载 JavaSetup8u151.exe 并进行安装或升级。

3准备数据

全部绘图工作开始于一个合格的数据集，要求格式如下，各列之间使用 tab 键分隔，或者直接从 excel 中粘贴到文本文件：

  

(1)第一列为基因名或者基因编号；

(2)第二列为基因方向，使用 + 和 - 表示；

(3)第三列为基因起始位置；

(4)第四列为基因终止位置。

4生成 svg 代码

准备好数据文件以后我们就可以生成 svg 代码了，所使用的脚本为get_SVG_code_for_gene_map.py。

(1)该脚本的帮助文档如下

 

i.    -i 参数指定输入文件；

ii.    -o 参数指定输出文件，建议命名后缀为 .code.svg，便于后期使用 inkscape 打开；

iii.    -c 参数指定1-5之间的任意数字，用于绘图配色，不指定时使用默认值；

iv.    -s 参数指定结果中文字的大小，不指定时使用默认值；

v.    -a 参数指定脚本自动调节画布比例，建议给定该参数。

(2)同时按住 win+R 调出运行窗口，输入 cmd，打开 cmd.exe

(3)输入

python get_SVG_code_for_gene_map.py -i test.txt -o test.code.svg 生成 svg 代码。

需要注意的是，脚本、输入及输出需要给定绝对路径。

5图片调整

打开 inkscape，通过“文件-打开”选择上一步生成的 test.code.svg，即可展示出该基因结构图，如果需要进一步调整配色、更改文字，可以使用该软件进行调整和美化。完成美化后通过“文件-另存为”保存成您需要的图片格式。

至此，基因簇结构图完成绘制，您学会了么？