SCI 文章之利用GWAS数据绘制曼哈顿图

最近整理点数据，顺便使用R中的包"qqman"绘制一张曼哈顿图，用起来是还很简单的，这势必要感谢前人给我们留下的宝贵资源，方便我们学习与思考，那么先说说这图是干嘛的，否则图与实际脱轨，导致学无用武之地。  

曼哈顿图本质上是一个散点图，用于显示大量非零大范围波动数值，最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似。大数据中，即展示数据全貌，又能快速找到目标基因或OTU，同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息。绝对高端大气，而且还有内涵。

那么曼哈顿图到底怎么画呢？很简单，如下：  

install.packages("qqman") #下载安装qqman包

library(qqman) #调取qqman包

head(gwasResults) ##读取内置数据集格式

manhattan(gwasResults)#利用内置数据集默认参数绘图

snpsOfInterest #对于我们感兴趣的SNPs可以存在向量里面，但是要求该向量里面的位点必须同时在数据集gwasResults里面。

manhattan(gwasResults,highlight=snpsOfInterest)

qqman里内置了一套数据集gwasResults，共4列，分别是：SNP-id，染色体编号，SNP坐标，P value。格式如下：

当然如果我们觉得曼哈顿图不够完美，可以调用参数画更美丽的曼哈顿图，比如添加标题，现在Y轴，控制点的大小，以及调整X轴标签的字体大小，改变颜色等，基本元素的操作，这些操作与R中普通的plot调整参数是完全一致的，只有你觉得不够完美，那么就可以调整到完美为止。

例如：利用内置数据集默认绘图：manhattan(gwasResults) 

添加标题 ：manhattan(gwasResults,main="Manhattan Plot") 

限制Y轴范围：manhattan(gwasResults,main="Manhattan Plot",ylim=c(0,10)) 

 改变颜色：manhattan(gwasResults,main="Manhattan Plot",ylim=c(0,10),col=1:22) 

去除suggestive的P值阈值线： manhattan(gwasResults,main="Manhattan Plot",ylim=c(0,10),col=1:22,suggestiveline=F) 

  做了一张比较清晰的图：manhattan(gwasResults, highlight=snpsOfInterest，main = "Manhattan Plot", ylim = c(0, 10), cex = 0.6, cex.axis = 0.9, col = c("blue4", "orange3"), suggestiveline = F, genomewideline = F)

绘图总是讲究先主后次，先画重点内容，再添加其他元素，最后看整体效果，如果你是想发文章，就要根据自己需要仔细调整参数使该图达到完美！  

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