使用 Docker 和 PyCharm 快速搭建 Rdkit 开发环境

Rdkit 的本地安装是个让人比较头疼的问题,由于资源包在国外,各种办法的下载安装都比较困难。接下来我给大家介绍一个办法,不需要本地安装 Rdkit 也能进行本地开发和调试的。此方法基于 Docker 镜像启动,采用 PyCharm 专业版本特有的功能。

目录

  • 下载和安装 PyCharm 专业版本
  • 下载和安装 Docker 运行环境
  • 拉取合适的镜像
  • 进行项目配置
    • 创建新的项目
    • 进入项目配置页面
    • 运行环境配置
    • 添加新的环境
    • 选择 Docker 环境

下载和安装 PyCharm 专业版本

大家可以去 PyCharm 的官网免费下载专业版本,免费期限是 30 天。
PyCharm 官网地址: https://www.jetbrains.com/pycharm/
记住,一定要下载 Professional 版本才能实现接下来我们介绍的功能。

下载和安装 Docker 运行环境

如果你的电脑里面已经安装了 Docker 环境,可以跳过此步骤。
Docker 的桌面运行环境是免费的,大家可以直接去官网下载。
Dcoker下载官网地址:https://www.docker.com/products/docker-desktop

拉取合适的镜像

搭建可以选择拉取 RDkit 的官方镜像包 informaticsmatters/rdkit-python3-debian 或者拉取我添加了 Open Babel 的镜像包 guoqun/pybel_rdkit_python3_debian。

docker pull guoqun/pybel_rdkit_python3_debian:v1

进行项目配置

创建新的项目

打开 PyCharm, 选择新建项目(+Create New Project)
使用 Docker 和 PyCharm 快速搭建 Rdkit 开发环境_第1张图片

进入项目配置页面

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运行环境配置

点击 Project Interpreter
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添加新的环境

点击 Add…

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选择 Docker 环境

使用 Docker 和 PyCharm 快速搭建 Rdkit 开发环境_第5张图片
配置完成以后,此项目的 Python3 环境会包含 RDKit。

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