R语言 ggdendro_谱系图

简介：

ggdendro包和dendextend包用来画谱系图。

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数据聚类

在画图前，首先需要对数据进行聚类。

dist()距离矩阵

计算距离矩阵。如果base自带不够，可以使用philentropy包求距离矩阵。
默认计算行之间的距离，如果要求列之间的距离，请先转置矩阵。
返回dist类对象。

语法：

dist(x, method = "euclidean", diag = FALSE, upper = FALSE, p = 2)

参数解释：

• x, 数字类型的矩阵/数据框或dist对象。

• method, 表示计算方法，有：

  • euclidean, 欧式距离，计算向量中各行之间的距离，数字越小，距离越小。
  • maximum, 切比雪夫距离，向量之差绝对值最大的元素。
  • manhattan, 曼哈顿距离，也称城市街区距离，向量之差绝对值之和。
  • canberra, 兰式距离，对数据量纲不敏感。
  • binary