桑吉气泡图 -- KEGG富集气泡图升级版，5维展示富集结果

Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析，结果可以以多种形式展示，最常用的包括：条形图/bar图，气泡图/dot图等，其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息：

名字，富集倍数（或者gene ratio），P值，基因count。

例如：

pathway	enrichment	pvalue	count
RNA transport	4.807258641	1.56E-05	15
Epstein-Barr virus infection	4.569261748	2.70E-05	16
HTLV-I infection	3.814616521	0.000153244	17
Tuberculosis	3.454180941	0.000351414	13
MAPK signaling pathway	3.378131581	0.000418667	16
Neurotrophin signaling pathway	3.212102971	0.000613617	10
Long-term potentiation	3.000035266	0.000999919	7
Dopaminergic synapse	2.967026455	0.001078881	10
Endocytosis	2.841316731	0.001441064	15
Herpes simplex infection	2.775219173	0.001677957	12

                     4维分析结果

做出来的例图如下（微生信平台免费在线做气泡图）

 

富集气泡图

该图包含的4维信息有：

1. Y轴的通路名（pathway，结果表格的第一列）
2. X轴的富集倍数（enrichment，结果表格的第二列）
3. 点的颜色（P值，结果表格的第三列）
4. 点的大小（count，该通路中包含的基因与输入基因列表交集的基因数）。

其中基因的信息就丢失了，那么我们能否将基因的信息也加入到图中呢？答案是肯定的！

让我们先来看看5维的分析结果，以clusterProfiler结果为例：

 

Description	GeneRatio	pvalue	geneID	Count
Circadian rhythm	0.014085	0.010497623	RORA/RORB	2
NOD-like receptor signaling pathway	0.028169	0.03303255	CASP8/TRIP6/MAPK8/CASP1	4
PPAR signaling pathway	0.028169	0.008761306	CD36/AQP7/LPL/CYP4A11	4
Viral myocarditis	0.028169	0.009484362	CASP8/MYH7/SGCB/SGCD	4
Hypertrophic cardiomyopathy (HCM)	0.042254	0.014532337	MYH7/MYL2/MYL3/SGCB/SGCD/SLC8A1	6
Dilated cardiomyopathy	0.042254	0.020924238	MYH7/MYL2/MYL3/SGCB/SGCD/SLC8A1	6
Osteoclast differentiation	0.049296	0.034284302	LILRB5/MAPK8/FHL2/FCGR1A/IFNGR2/FOS/LILRB3	7
Phagosome	0.049296	0.018180176	TUBA3D/THBS4/SFTPD/CD36/FCGR1A/TUBA3E/DYNC1I1	7
Huntington's disease	0.056338	0.001736229	TBPL1/CASP8/VDAC3/CREB5/PPID/CLTB/NDUFA12/GRIN2B	8

5

根据这里的基因，我们可以在气泡图的基础上，添加一个基因维度，列出基因名字。若下图所示（瞬间眼前一亮有没有）

升级版的5维富集气泡图

该图左侧为基因，右侧为常规的气泡图。

包含的5维信息有：

1. Y轴的通路名（pathway，结果表格的第一列）
2. X轴的基因ratio（gene ratio，结果表格的第二列）
3. 点的颜色（P值，结果表格的第三列）
4. 基因名字（结果表格的第四列，图中左侧的桑吉图，连线表示隶属关系）
5. 点的大小（count，结果表格的第五列）

 

秉承一贯简洁的作用，微生信平台支持直接输入数据，就可以做出来这张桑吉气泡图，尝鲜版，赶紧试试吧！

 

微生信平台桑吉气泡图

 

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