运行AlphaFold2时，报错：No module named ‘simtk.openmm.app.internal‘

报错原因

Alphafold2的官方目前只支持OpenMM==7.5.1, 但是目前OpenMM的最新版本已经更新到了7.7.0，如果你使用的是最新版本的OpenMM，则由于最新版本的OpenMM取消了simtk包名前缀，故导致了该问题，所以如果你想继续使用OpenMM==7.7.0，则你可能需要对alphafold2的代码进行部分的修改

解决原因

非Docker方式

# alphafold/alphafold/relax/utils.py

import io
from alphafold.common import residue_constants
from Bio import PDB
import numpy as np
from simtk.openmm import app as openmm_app  -->  from openmm import app as openmm_app
from simtk.openmm.app.internal.pdbstructure import PdbStructure  -->  from openmm.app.internal.pdbstructure import PdbStructure

# alphafold/alphafold/relax/amber_minimize.py
import io
import time
from typing import Collection, Optional, Sequence

from absl import logging
from alphafold.common import protein
from alphafold.common import residue_constants
from alphafold.model import folding
from alphafold.relax import cleanup
from alphafold.relax import utils
import ml_collections
import numpy as np
from simtk import openmm  -->  import openmm
from simtk import unit  -->  from openmm import unit
from simtk.openmm import app as openmm_app  -->  from openmm import app as openmm_app
from simtk.openmm.app.internal.pdbstructure import PdbStructure  -->  from openmm.app.internal.pdbstructure import PdbStructure

只需要修改上述两个py文件中的代码即可

Docker方式

如果使用Docker方式的话，不仅需要修改上述两个文件的代码，并且还需要删除 alphafold/docker/openmm.patch这个文件，然后删除或者更新alphafold/docker/Dockerfile中的OpenMM版本即可。

Reference

非Docker方式(GitHub)
Docker方式(GitHub)