nipype处理核磁数据(一)——Anaconda、NeuroDebian、Nipype的安装

nipype处理核磁数据(一)——Anaconda、NeuroDebian、Nipype的安装

1.Anaconda

安装包下载地址(for linux)：

链接：http://pan.baidu.com/s/1jISqinO  密码：lvde

第一步：执行脚本程序

打开终端，在终端输入下列语句运行，若提示找不到该文件，在shell的文件名前输入文件存储的位置，dash 文件存储位置/文件名。

dash Anaconda3-4.2.0-Linux-x86_64.sh#(这里是下载下来的shell文件名)

(若启动栏里没有终端，可通过 ctrl+alt+T 打开)

第二步：开始安装

根据提示一直按回车，遇到是否同意，同意填 yes。

第三步：添加环境变量

若是在在添加环境变量不小心选了 no, 需要打开.bashrc文件，在最后添加下列代码：

export PATH=/home/username/anaconda/bin:$PATH

第四步：检测是否安装成功

打开一个新的终端，输入ipython，会出现安装版本的信息，接着输入

import numpy

如果不报错，安装成功。
第五步： 打开spyder

安装anaconda成功后，系统根目录下会出现一个anaconda的文件夹，进入到/anaconda/bin目录下运行spyder:

cd /home/usrname/anaconda3/bin
spyder

如果系统提示没有该模块，在终端输入:

sudo apt-get install spyder

等待安装完毕后，输入spyder，第一次运行比较慢，等着就好。（这里最好运行后将程序固定在启动栏中，后续用方面启动）

2.NeuroDebian

从网页http://neuro.debian.net/上下载，注：要选择自己系统的ubuntu版本，如果不知道版本，在终端输入下列语句查看。

lsb_release -a

版本和所在地区选择完毕后，再选择“all software”,然后页面下方会提供下载代码，复制到终端运行即可。

3.Nipype

第一步：

在终端输入语句： conda config --add channels conda-forge

若出错，则需要添加环境变量，在终端输入：

export PATH=/home/grant/anaconda3/bin:$PATH
conda config --add channels conda-forge

这里语句中“/home/grant/”是anaconda（安装成功后生成的文件夹）所在的位置，“anaconda3/”是其文件名，如下图

第二步：终端中运行 conda install nipype,过程中输入y/n的均输入y即可。

第三步：有几个需要终端下载的包，如nibabel, rdflib, nipy, dipy, graphviz, 运行下列代码

#Install packages with pip
pip install nibabel rdflib nipy dipy

#Install graphviz and pygraphviz separately
sudo apt-get install graphviz libgraphviz-dev
pip install --upgrade pygraphviz graphviz

第四步：打开spyder, 输入 import nipype ，运行后不报错即安装成功！