R包安装教程 | 熟悉的配方但不一样的味道

1写在前面

本期介绍一下R语言基础部分，R包的安装。
大家肯定都觉得很简单，但往往简单的东西会有不一样的解决方案。
来See~ See~ 吧！

2基础安装

我们最常使用的就是install.packages()函数，来安装CRAN上的R包。
我们可以选择将单个包作为变量传输进入，也可以通过向量的形式进行多个R包的安装。

2.1 安装单个R包

install.packages("tidyverse")
install.packages("ggstatsplot")
install.packages("ggVennDiagram")

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2.2 安装多个R包

install.packages(c("tidyverse", "ggstatsplot", "ggVennDiagram"))

3生物信息R包的安装

我们一些常用的生信R包并没有存在CRAN上，而是存在bioconductor上。☹️
我们一般需要使用BiocManager::install函数来进行安装。

3.1 举个栗子

这里我们需要先安装并加载BiocManager，然后进行其他R包的安装。
这里我们用下if (!require())来避免二次安装。
Note! 这里说明一下，还是推荐大家使用if语句来进行R包的安装与加载，在实际应用中要比library好用很多。

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("DESeq2")

library(DESeq2)

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3.2 Cheatsheet

大家有时候会遇到安装失败的时候，可以直接去bioconductor的官网查询你要安装的R包，它会提示你最新的安装方法，如下图：

4Git上的包

上述的安装方法均是安装的正式版R包，是经过审核的，比较稳定。
而通常一些作者会将尚未通过CRAN或者bioconductor审核的R包，存在github、gitlab等开源网站上，这个时候就需要使用devtools或者remote包。

4.1 举个栗子

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("Hy4m/linkET", force = TRUE)
packageVersion("linkET")

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4.2 安装特定版本R包

如果你需要安装特定版本的R包，可以这样做。
Note!版本越新不一定越好，大家还是尽量遵循非必要不升级的原则吧。

install_version("ggplot2", version = "0.9.1", repos = "http://cran.us.r-project.org")

5批量安装与加载

随着大家用R的时间越来越久，R包也装的越来越多，这个时候分别时候安装过这个R包就显得尤为重要了，通常我们可以使用install.packages函数判断，但过于繁琐。
这里介绍2个R包，优雅地进行R包安装吧。

5.1 方法一

方法一：pacman包进行批量安装，自动判断是否安装过，随后进行安装与加载。

library(pacman)
pacman::p_load(tidyverse, ggstatsplot, ggVennDiagram)

补充！：
✅ p_load # Install & load packages
✅ p_unload # unload packages
✅ p_install # Install Packages from CRAN
✅ p_update # update packages
✅ p_load_gh # Load and Install GitHub Packages
✅ p_install_gh # Install Packages from GitHub
✅ p_install_version # Install Minimum Version of Packages

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5.2 方法二

方法二：大家可能还是觉得要区别R包是存在CRAN、bioconductor还是github上，觉得很麻烦。
OK~ 介绍下一个：librarian包。

librarian包无需进行区分R包是来自CRAN、bioconductor还是github, 直接使用shelf函数即可，非常简单。nice !~

library(librarian)
librarian::shelf(ggstatsplot, Hy4m/linkET, limma)

补充！：
✅ shelf # Install & load packages
✅ unshelf # unload packages
✅ lib_paths # Viewing and editing library locations
✅ reshelf # detaches and then reattaches packages

6本地安装R包

有时候我们希望下载R包后进行本地安装，可以这样做：

install.packages("local/packages.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

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最后祝大家早日不卷!~

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点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰

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