小分子药物logp预测/计算

众所周知，有机小分子拥有很多内禀属性，如logP, logD，溶解度，和pKa等。可以帮助我们在实验过程中快速评估和预测小分子行为。如化合物的亲脂性常常由logP和logD表示。所谓logP是对P(分配系数Partition coefficient)取10为底的对数形式，它定义了化合物在两种互不相容的溶剂中（正辛醇/水）的分配比率。logP所计算的分配比率并未考虑小分子的电离，只考虑了未电离形式的分配情况。而logD同时考虑了小分子电离形式以及未电离形式，因为随着溶液PH改变，小分子电离程度也随之改变，所以logD计算的数值随PH不同而发生变化。总之不论logD还是logP数值越小表示越亲水，膜透过性越差。

最近需要尝试对手头上两个小分子药物的细胞水平活性存在的差异进行解释，想着看能不能从膜透过性(logP)方面找找原因。原本我觉得这种预测工具网上随便搜一搜就能找到一大堆，可实际上却没几个。功夫不负有心人，最终找到了几个能用的，总结如下。可以收藏起来以备后用。

MarvinSketch

这款软件号称是可以替代Chemdraw的存在，试了一下呈现的图片还挺美观的，界面也很简洁。美中不足的是插件功能需要申请注册表，否则部分功能需要跳转网页端（网页端不能保证分子结构信息不被泄露） 。
软件下载地址：https://chemaxon.com/products/marvin/download

• 计算logP

• 计算logD

打开网址：https://disco.chemaxon.com/calculators/demo/plugins/logd/
注意：这个在线工具不承诺保护小分子结构信息不被泄露，如果是十分机密的小分子谨慎上传。

ALOGPS

一个网页端工具，省去了离线安装的麻烦。可以预测logP以及溶解度。
网址为：http://146.107.217.178/web/alogps/

Chem3D

说到预测logP,我第一个想到的是Chemdraw，看到网友支的招也是使用Chemdraw。可不知道是不是因为我版本的原因，愣是没找到这个功能。后来突然想到了它的好兄弟——Chem3D,结果一打开很快就找到了这个功能。

OSIRIS Property Explorer

这个离线工具需要提前安装好java环境。绘制好结构后，右侧自动显示该分子的各种属性预测值（包括logP）
后台回复“logP”可获得该软件。