新冠疫情预测模型--逻辑斯蒂回归拟合、SEIR模型

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一个不知名大学生，江湖人称菜狗
original author: jacky Li
Email : [email protected]
Last edited: 2022.11.14

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 大佬绕路，这里菜狗

目录

 大佬绕路，这里菜狗

（一）Logistic生长曲线

逻辑斯蒂拟合的代码 

（二）疾病传播模型-SEIR

 SEIR模型代码

一个在线的SEIR模型可视化平台

基于GNN的新冠肺炎疫情发展预测

代码：

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通过构建统计学模型、数学模型，或者利用机器学习、深度学习方法拟合疫情发展趋势，利用历史数据对未来的确诊病例等疫情形势进行预测，比如说，逻辑斯蒂生长曲线拟合数据，预测未来几天可能的发展趋势；或者利用时间序列模型构建预测模型；也可用LSTM构建预测模型，一种特殊的RNN网络。以上方法，除生长曲线外，其他模型，需要大量数据做训练，就目前情况看，数据量并不大，即使构建出模型，参考价值并不大，并没有与业务做融合，只是以数据理解数据。

  另外一个建模思路，可以从传统疾病传播模型（SIS、SIR、SEIR等），建立传染病模型，结合此次冠状病毒的传播特性，利用现有的样本数估计出一个大概的参数，建立适当的传染病数学模型，能较为精准的预估疫情的发展趋势，当然这是一个较为复杂且专业的问题。近日，由钟南山院士团队研究构建的「具有饱和发病率（其解释，任何传染病都具有饱和发病率，即不可能完全被消灭） SIQS 传染病模型」虽然被国外权威期刊退回，但研究成果还是符合国内疫情发展趋势。

  据有关学者介绍，SIQS传染病模型实际上是在传统SEIR模型基础上，加上两个干预因素，即国家的强力干预和春节后的回程高峰，另外，2020年2月28日，钟南山院士团队发表了一篇名为《公共卫生干预下COVID-19流行趋势的 SEIR和AI预测修正》，将2020年1月23日前后的人口迁移数据及最新的新冠肺炎流行病学数据整合到SEIR模型中生成流行曲线，同时，团队还利用人工智能技术，以2003年SARS数据为基础进行训练，从而更好地预测新冠疫情。研究团队还使用长短期记忆模型，预测新增感染数随时间的变化。对于基本训练数据集的处理，研究团队利用 2003年4-6 月SARS的病例统计，纳入COVID-19流行病学参数。从钟南山院士团队的研究成果来看，假设是一支纯技术团队，是无法作出解释性强、可信度高的预测模型，所以说数据建模不仅仅依靠的是技术工具，更多的是业务理论背景，模型不应该是冰冷的技术实现，更应该是有温度、有内涵的业务与技术的融合。

  因本人不具备传染病、医疗专业领域相关知识，从非专业角度，尝试利用Logistic生长曲线模拟泰安地区累计确诊病例数量，并试着简单叙述传统疾病传播模型-SEIR。

（一）Logistic生长曲线

逻辑斯蒂曲线是由比利时数据学家首次发现的特殊曲线，后来，生物学家皮尔(R．Pearl)和L·J·Reed根据这一理论研究人口增长规则，因此，逻辑斯蒂生长曲线也被称为生长曲线或者珍珠德曲线。逻辑斯蒂生长曲线一般形式如下：

Yt=L1+ae-bt

L,a,b均为未知参数，需要根据历史数据进行估计。生长曲线在现代商业、生产行业、生物科学等方面有着非常广泛的应用。

我们利用生长曲线模型，拟合上海2022年3月1日到4月30日累计确诊病例数据，建立生长曲线模型。数据拟合如下图所示，蓝色部分显示的确诊病例观测值，橙色部分显示的是确诊病例预测值，并计算出3天的确诊预测病例数据（5月7日，5月8日，5月9日）。

逻辑斯蒂拟合的代码 

 

从上图预测值生成的曲线来看，生长曲线模型整体呈现“S”型，按照相关参考文献说明，生长曲线可以分为初期、中期和末期三个阶段：

在初期，虽然 t处于增长阶段，但是 y 的增长较为缓慢，这时曲线呈现较为平缓的上升；

在中期，随着t的增长，y 的增长速度逐渐增快，曲线呈现快速上升的态势；当达到拐点(t，Y)后，因函数饱和程度的增长达到末期，随着t的增长 y 的增长较为缓慢，增长速度趋近于0，曲线呈水平状发展。

  在了解模型特点后，假设外部因素干预事件发展，就会导致数据的突然增多或减少，会影响模型的预测精度。因此，logistic增长模型只是对疾病进行预估，并不能准确判断，也并不是最佳模型。当然可以通过模型优化，来提高预测精度，有的文献提出可以根据华罗庚提出的0.618选优法，对得到的模型进行优化（计算该模型是否能得到预测值和测量值最小残差平方和）。这里我们就不再展开，可以后期进行探讨学习。

（二）疾病传播模型-SEIR

  查阅相关文献后，发现常见的传染病模型按照传染病类型分为SI、SIR、SIRS、SEIR 模型等，用于研究传染病的传播速度、空间范围、传播途径等问题，用来指导对传染病的预防和控制。模型中涉及S、E、I、R、r、β、γ、α参数：

  S类：表示易感者 (Susceptible)，指未得病者，但缺乏免疫能力，与感染者接触后容易受到感染；E类：表示暴露者 (Exposed)，指接触过感染者，但暂无能力传染给其他人的人，对潜伏期长的传染病适用；I类：表示感病者 (Infectious)，指染上传染病的人，可以传播给 S 类成员，将其变为 E 类或 I 类成员；R类：表示康复者 (Recovered)，指被隔离或因病愈而具有免疫力的人。如免疫期有限，R类成员可以重新变为 S 类。

  r：感染患者（I）每天接触的易感者数目；β：传染系数，由疾病本身的传播能力，人群的防控能力决定；γ：恢复系数，一般为病程的倒数，例如流感的病程5天的话，那么它的γ就是1/5；α：潜伏者的发病概率，一般为潜伏期的倒数。

我们这里不再利用采集到的数据，模拟疫情发展形式，一方面原因是我们并不能较好的估计模型中涉及到各个参数, 需要考虑的的参数较多，另一方面数据并不能支撑其模型推导，特别是疫情的政府干预因素、社会舆情因素，对疫情发展趋势都会产生一定的影响，应将相关的因素考虑进去，所以这个问题相对来说是比较复杂的过程，我们这里不再进行过多探讨。大家有兴趣的可以去查找相关文献材料，进行深入研究学习。

 SEIR模型代码

 

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基于GNN的新冠肺炎疫情发展预测

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