R语言和医学统计学（6）：重复测量方差分析
本文首发于公众号：医学和生信笔记，完美观看体验请至公众号查看本文。
医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。
文章目录
-
- 前言
- 重复测量数据两因素两水平的方差分析
- 重复测量数据两因素多水平的分析
前言
这是R语言和医学统计学的第6篇内容。
主要是用R语言复现课本中的例子。我使用的课本是孙振球主编的《医学统计学》第4版，封面如下：
重复测量数据两因素两水平的方差分析
使用课本例12-1的数据，直接读取：
df12_1 <- foreign::read.spss("E:/各科资料/医学统计学/研究生课程/析因设计重复测量/9重复测量18-9研/12-1.sav", to.data.frame = T)
str(df12_1)
## 'data.frame': 20 obs. of 5 variables:
## $ n : num 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
## $ x1 : num 130 124 136 128 122 118 116 138 126 124 ...
## $ x2 : num 114 110 126 116 102 100 98 122 108 106 ...
## $ group: Factor w/ 2 levels "处理组","对照组": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
## $ d : num 16 14 10 12 20 18 18 16 18 18 ...
## - attr(*, "variable.labels")= Named chr [1:5] "编号" "治疗前血压" "治疗后血压" "组别" ...
## ..- attr(*, "names")= chr [1:5] "n" "x1" "x2" "group" ...
## - attr(*, "codepage")= int 936
数据一共5列（第5列是自己算出来的，其实原始数据只有4列），第1 列是编号，第2列是治疗前血压，第3例是治疗后血压，第4列是分组，第5列是血压前后差值。
进行重复测量数据两因素两水平的方差分析前，先把数据转换一下格式：
library(tidyverse)
## -- Attaching packages ----------------------------------------------------------- tidyverse 1.3.1 --
## v ggplot2 3.3.5 v purrr 0.3.4
## v tibble 3.1.3 v dplyr 1.0.7
## v tidyr 1.1.3 v stringr 1.4.0
## v readr 2.0.1 v forcats 0.5.1
## -- Conflicts -------------------------------------------------------------- tidyverse_conflicts() --
## x dplyr::filter() masks stats::filter()
## x dplyr::lag() masks stats::lag()
df12_11 <-
df12_1[,1:4] %>%
pivot_longer(cols = 2:3,names_to = "time",values_to = "hp") %>%
mutate_if(is.character, as.factor)
df12_11$n <- factor(df12_11$n)
str(df12_11)
## tibble [40 x 4] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## $ n : Factor w/ 20 levels "1","2","3","4",..: 1 1 2 2 3 3 4 4 5 5 ...
## $ group: Factor w/ 2 levels "处理组","对照组": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
## $ time : Factor w/ 2 levels "x1","x2": 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 ...
## $ hp : num [1:40] 130 114 124 110 136 126 128 116 122 102 ...
转换后的数据格式如上，只截取了一部分。
进行重复测量数据两因素两水平的方差分析:
hp是因变量，time是测量时间（治疗前和治疗后各测量一次），group是分组因素（两种治疗方法），n是受试者编号。
f1 <- aov(hp ~ time * group + Error(n/(time)), data = df12_11)
summary(f1)
##
## Error: n
## Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
## group 1 202.5 202.5 1.574 0.226
## Residuals 18 2315.4 128.6
##
## Error: n:time
## Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
## time 1 1020.1 1020.1 55.01 7.08e-07 ***
## time:group 1 348.1 348.1 18.77 0.000401 ***
## Residuals 18 333.8 18.5
## ---
## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
结果输出了两张表，第二个是测量前后比较与交互作用的方差分析表，第一个是处理组与对照组比较的方差分析表，可以看到结果和课本是一样的！
用图形方式展示重复测量的结果：
with(df12_11,
interaction.plot(time, group, hp, type = "b", col = c("red","blue"),
pch = c(12,16), main = "两因素两水平重复测量方差分析"))
或者用箱线图展示结果：
boxplot(hp ~ group*time, data = df12_11, col = c("gold","green"),
main = "两因素两水平重复测量方差分析")
重复测量数据两因素多水平的分析
使用课本例12-3的数据，直接读取：
df12_3 <- foreign::read.spss("E:/各科资料/医学统计学/研究生课程/析因设计重复测量/9重复测量18-9研/例12-03.sav",to.data.frame = T)
str(df12_3)
## 'data.frame': 15 obs. of 7 variables:
## $ No : num 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
## $ group: Factor w/ 3 levels "A","B","C": 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 ...
## $ t0 : num 120 118 119 121 127 121 122 128 117 118 ...
## $ t1 : num 108 109 112 112 121 120 121 129 115 114 ...
## $ t2 : num 112 115 119 119 127 118 119 126 111 116 ...
## $ t3 : num 120 126 124 126 133 131 129 135 123 123 ...
## $ t4 : num 117 123 118 120 126 137 133 142 131 133 ...
## - attr(*, "variable.labels")= Named chr [1:7] "序号" "组别" "" "" ...
## ..- attr(*, "names")= chr [1:7] "No" "group" "t0" "t1" ...
数据一共7列，第1列是患者编号，第2列是诱导方法（3种），第3-7列是5个时间点的血压。
首先转换数据格式：
library(tidyverse)
df12_31 <- df12_3 %>%
pivot_longer(cols = 3:7, names_to = "times", values_to = "hp")
df12_31$No <- factor(df12_31$No)
df12_31$times <- factor(df12_31$times)
str(df12_31)
## tibble [75 x 4] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## $ No : Factor w/ 15 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 ...
## $ group: Factor w/ 3 levels "A","B","C": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
## $ times: Factor w/ 5 levels "t0","t1","t2",..: 1 2 3 4 5 1 2 3 4 5 ...
## $ hp : num [1:75] 120 108 112 120 117 118 109 115 126 123 ...
转换后的格式见上图，只截取了部分。
进行方差分析：
f2 <- aov(hp ~ times * group + Error(No/(times)), data = df12_31)
summary(f2)
##
## Error: No
## Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
## group 2 912.2 456.1 5.783 0.0174 *
## Residuals 12 946.5 78.9
## ---
## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
##
## Error: No:times
## Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
## times 4 2336.5 584.1 106.6 < 2e-16 ***
## times:group 8 837.6 104.7 19.1 1.62e-12 ***
## Residuals 48 263.1 5.5
## ---
## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
输出结果是两张表格，第1个是不同诱导方法患者血压比较的方差分析表，第2个是麻醉诱导时相及其与诱导方法交互作用的方差分析表。
结果和课本是一样的哟！具体意义解读请认真学习医学统计学相关知识。
用图形方式展示重复测量的结果：
with(df12_31,
interaction.plot(times, group, hp, type = "b",
col = c("red","blue","green"),
pch = c(12,16,20),
main = "两因素多水平重复测量方差分析"))
或者用箱线图展示结果：
boxplot(hp ~ group*times, data = df12_31, col = c("gold","green","black"),
main = "两因素多水平重复测量方差分析")
本文首发于公众号：医学和生信笔记，完美观看体验请至公众号查看本文。
医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。