caffe配置Ubuntu 15.04+CUDA 7.5+MKL+Opencv3.0+CUDNN
折腾了好久才把caffe配置好，期间还用了好几个不同的电脑做实验，下面就详细的记录一下caffe的配置过程，方便以后再进行配置。
主体部分参考的是欧新宇的博客，这个是新一点的配置，还有一个旧一点的Caffe + Ubuntu15.04 + CUDA 7.0 新手安装配置指南。里面的配置步骤很详细，但是还是会出现一些问题，也不知道是不是特例，反正先把问题总结一下，也方便大家参考。本文主要分为以下四个部分，最后一个添加Faster RCNN的准备以后再细述：
o 第一部分 Linux安装
o 第二部分 nVidia CUDA Toolkit的安装（*.deb方法）
o 第三部分 Matlab安装和调试
o 第四部分 Caffe-Master的安装和测试
PS ：为了方便大家使用，欧新宇提供一个百度云盘，用于分享部分安装过程中需要用到的软件包和链接地址（所有软件包仅供学术交流使用，请大家尽量去官网下载。）。百度云盘链接 : http://pan.baidu.com/s/1hqCWTF2 密码 : 8qw8第一部分 Linux安装
首先安装linux，我是先预留500个G的空闲空间，然后直接一路默认设置，安装了Ubuntu Kylin15.04，主要是这个版本是针对国人设计的，会相对友好点。下面是欧新宇的安装过程。
Linux的安装，如果不是Linux粉，只是必须，被迫要用它来作作科研什么的，建议安装成双系统，网上方法很多，这里我就不详细写了，安装还算是傻瓜式的，和windows的过程类似，至于语言，如果觉得难度还不够大的话，完全可以装E文版的，甚至日文，德文~~~，我是装的简体中文版，我总共用分出的500G的空间来安装Ubuntu 14.04，这个版本是最新的版本，有个好处是，可以直接访问Windows8.1的NTFS分区，不用做额外的操作，而且支持中文，例如：$ cd /media/yourname/分区名字/文件夹名，当然GUI就更方便了.
我的分区设置如下：
根分区： \ 100G，
Swap交换分区：128G，这里设置为何内存一样，据说小于16G的内存，就设置成内存的1.5-2倍
boot分区：200M
Home分区：剩余的空间，鉴于Imagenet，PASCAL VOC之类的大客户，建议500G，至少300G以上。
PS：解决启动分区错误
基本上，重装起来，都会破坏原来的启动分区表，还原Windows分区的一个简单办法：
$ sudo gedit etc/default/grub
设置：GRUB_DEFAULT = 2
$ sudo update-grub
该方法适用于安装双系统后，"看得到Linux，看不到Windows”的情况，反过来的话，请大家自己百度吧。
PS：关于欧新宇的笔记本的特例，仅供类似设备的参考
笔记本配置：技嘉P35X v3，[email protected]/16G/NVidiaGTX 980 4G/Intel HD 4600/128G SSD*2 + 2T SATA *2
我的两组硬盘SSD和SATA分别做Raid 0，目的是合并逻辑分区，没有考虑冗余备份问题，最后的状态是2个逻辑硬盘块256G SSD + 4TSATA，用的GPA分区，最后导致利用Ubuntu的GRUB启动界面找不到Windows分区。所以上面的方法失效。不过，可以通过笔记本的F12和Bios设置来实现启动分区的选择，并且我用Linux的机会很少，所以也就如此处理了，Linux高手可以自己折腾一下Grub启动。Ubuntu 15.04安装在SATA逻辑分区，SSD分区安装Windows8.1。
第二部分：nVidia CUDA Toolkit的安装（*.deb方法）
这步我也是使用欧新宇推荐的方法，就直接粘贴了：
PS：特别推荐*.deb的方法，目前已提供离线版的deb文件，该方法比较简单，不需要切换到tty模式，因此不再提供原来的*.run安装方法，这里以CUDA 7.5为例。
一、CUDA Repository
获取CUDA安装包,安装包请自行去NVidia官网下载。（https://developer.nvidia.com/cuda-downloads）
$ sudo dpkg -icuda-repo-ubuntu1504-7-5-local_7.5-18_amd64
$ sudo apt-get update
二、CUDA Toolkit
$ sudo apt-get install -y cuda
第三部分 Matlab安装和调试（以Matlab 2014a为例）
这步我也是使用欧新宇推荐的方法，不过由于我的学校提供了正版的Matlab，所以并不需要破解，下面也就直接粘贴过来吧：
1.下载
由于该软件为商业软件，请大家自行寻找，安装学习，并确保不使用做商业目的，下载24小时删除......
2. 预准备
选择Mathworks.Matlab.R2014a.Unix.iso -右键 -使用磁盘映像挂载器打开”，进入装载的虚拟光盘，拷贝全部文件至home/Matlab文件夹(PS：我的原则是能GUI就GUI，喜欢CMD的可以参照执行)
复制Crack/install.jar至 home/Matlab/java/jar/并覆盖源文件
$ sudo cp install.jar/home/Matlab/java/jar/
3. 授权安装文件夹
$ chmod a+x Matlab -R
4. 安装
$ sudo ./install
选项：不使用Internet安装
序列号： 12345-67890-12345-67890
默认路径：/usr/local/MATLAB/R2014a
勾选从默认启动路径创建符号链接（实现在任意位置运行matlab启动程序）
激活文件：license_405329_R2014a.lic
拷贝 libmwservices.so至 /usr/local/MATLAB/R2014a/bin/glnxa64
$ sudo cp libmwservices.so /usr/local/MATLAB/R2014a/bin/glnxa64/
5.解决编译器gcc/g++版本问题。
因为Ubuntu 15.04的gcc/g++版本是4.9.2，而Matlab 2014a（2015a）的版本是4.7.x所以在使用matla调用mex文件的时候，基本上都会报错，根据报错信息，考虑如下两步解决方案。
A. 降级安装gcc/g++版本为4.7.x
(a). 下载gcc/g++ 4.7.x
$ sudo apt-get install -y gcc-4.7
$ sudo apt-get install -y g++-4.7
(b). 链接gcc/g++实现降级
$ cd /usr/bin
$ sudo rm gcc
$ sudo ln -s gcc-4.7 gcc
$ sudo rm g++
$ sudo ln -s g++-4.7 g++
B. 暴力引用新版本GLIBCXX_3.4.20
$ sudo cp/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.0.20/usr/local/MATLAB/R2014a/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6.0.20（libstdc++.so.6.0.20的版本，可能因为系统不同而不同，使用最新的就可以了。）
目录切换到 /usr/local/MATLAB/R2014a/sys/os/glnxa64/，非常重要！
$ sudo mv libstdc++.so.6 libstdc++.so.6.backup（仅仅是备份，可以不备份，直接删除）。
$ sudo ln -s libstdc++.so.6.0.20libstdc++.so.6
$ sudo ldconfig -v
通过命令“strings /usr/local/MATLAB/R2014a/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6 | grepGLIBCXX_”可以看一下，是否已经成功包含了GLIBCXX_3.4.21，如果已经存在，基本上就成功了。
6.编译Matlab用到的caffe文件（见第四部分）
第四部分 Caffe-Master的安装和测试
直到这里，也还没有遇到什么问题，但是接下来就会比较坑爹了。
对于Caffe的安装严格遵照官网的要求来：http://caffe.berkeleyvision.org/installation.html
一、安装BLAS
这里可以选择（ATLAS，MKL或者OpenBLAS），我这里使用MKL，首先下载并安装英特尔®数学内核库 Linux*版MKL(Intel(R) Parallel Studio XE Cluster Edition for Linux 2016)，下载链接是：https://software.intel.com/en-us/intel-education-offerings，使用学生身份（邮件 + 学校）下载Student版，填好各种信息，可以直接下载，同时会给你一个邮件告知序列号。下载完之后，要把文件解压到home文件夹(或直接把tar.gz文件拷贝到home文件夹,为了节省空间，安装完记得把压缩文件给删除喔～)，或者其他的ext4的文件系统中。
很多人说，下载不了，本人于2105年11月8日使用该地址下载最新的2016版本，仍然没有问题，请大家细心操作^_^。
接下来是安装过程，先授权，然后安装：
$ tar zxvf parallel_studio_xe_2016.tar.gz（如果你是直接拷贝压缩文件过来的）
$ chmod a+x parallel_studio_xe_2016 -R
$ sh install_GUI.sh
PS: 安装的时候，建议使用root权限安装，过程中会要求输入Linux的root口令。（设置方法：命令行：$ sudo passwd）
我一开始安装的时候用的是parallel_studio_xe_2015，然后会出现以下问题，是有32位的库没有找到，后来装2016版本的时候直接先装好了库，就没有出现类似的问题。
具体的解决方法就是，打开终端，输入以下命令sudo apt-get install g++-multilib然后再安装就好了，如图：
二、MKL与CUDA的环境设置
1. 新建intel_mkl.conf，并编辑之：
$ sudo gedit/etc/ld.so.conf.d/intel_mkl.conf
/opt/intel/lib/intel64
/opt/intel/mkl/lib/intel64
2. 新建cuda.conf，并编辑之：
$ sudo gedit /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf
/usr/local/cuda/lib64
/lib
3. 完成lib文件的链接操作，执行：
$ sudo ldconfig -v
三、安装OpenCV 3.0.0
1. 下载并编译OpenCV（官网原版OpenCV：http://opencv.org/），或者使用我提供的修改版的安装包 Install-OpenCV-master （下面的安装方式使用该包完成，安装包修改了dependencies.sh文件并增加了OpenCV 3.0.0的安装文件）
2. 切换到文件保存的文件夹，然后安装依赖项：
$ sudo sh Ubuntu/dependencies.sh
3. 切换目录Ubuntu\3.0\安装OpenCV 3.0.0：
$ sudo sh opencv3_0_0.sh
保证网络畅通，因为软件需要联网这里时间较长，请耐心等待。。。，
四、安装其他依赖项
1. Google Logging Library（glog），下载地址：https://code.google.com/p/google-glog/，然后解压安装：
$ tar zxvf glog-0.3.3.tar.gz
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
如果没有权限就chmod a+x glog-0.3.3 -R ,或者索性 chmod 777 glog-0.3.3 -R ,装完之后，这个文件夹就可以kill了。
2. 其他依赖项，确保都成功
$ sudo apt-get install -y libprotobuf-devlibleveldb-dev libsnappy-dev libopencv-dev libboost-all-dev libhdf5-serial-devlibgflags-dev libgoogle-glog-dev liblmdb-dev protobuf-compilerprotobuf-c-compiler protobuf-compiler
五、安装Caffe并测试
在这里面也会有一个坑，大家先做好心理准备，如果顺利完成的话自然最好。
1. 安装pycaffe必须的一些依赖项：
$ sudo apt-get install -y python-numpypython-scipy python-matplotlib python-sklearn python-skimage python-h5pypython-protobuf python-leveldb python-networkx python-nose python-pandaspython-gflags Cython ipython
2. 安装配置nVidia cuDNN加速Caffe模型运算
a. 安装前请去先官网下载最新的cuDNN (cudnn-70-linux-x64-v3)。
$ sudo cp include/cudnn.h/usr/local/include
$ sudo cp lib64/libcudnn.* /usr/local/lib
b. 链接cuDNN的库文件
$ sudo ln -sf/usr/local/lib/libcudnn.so.7.0.64 /usr/local/lib/libcudnn.so.7.0
$ sudo ln -sf/usr/local/lib/libcudnn.so.7.0 /usr/local/lib/libcudnn.so
$ sudo ldconfig -v
3. 切换到Caffe-master的文件夹，生成Makefile.config配置文件，执行：
$ cp Makefile.config.example Makefile.config
4. 配置Makefile.config文件（仅列出修改部分）
a. 启用CUDNN，去掉"#"
USE_CUDNN := 1
b. 配置一些引用文件（增加部分主要是解决新版本下，HDF5的路径问题）
INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE)/usr/local/include /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/include
LIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB) /usr/local/lib/usr/lib /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial
c. 启用Intel Parallel Studio XE 2016
BLAS := mkl
d. 配置路径，实现caffe对Python和Matlab接口的支持
PYTHON_LIB := /usr/local/lib
MATLAB_DIR := /usr/local/MATLAB/R2014a
c. 启用OpenCV 3.0,去掉"#"
OPENCV_VERSION =3
6. 编译caffe-master！！！"-j8"是使用CPU的多核进行编译，可以极大地加速编译的速度，建议使用。
$ make all -j8
$ make test -j8
$ make runtest -j8
关键的来了，前两个一般都能通过，最后一个，我一开始经常出错，不管怎么装，都成功不了，如图：
但是总不能出了问题就换电脑吧，那还怎么科研。于是我想会不会是因为之前我选择了MKL库的问题（我用2015版的时候有问题，2016版的没有尝试），我安装了atlas库，并将MakeFile.config文件中的BLAS := mkl改为BLAS := atlas就好了。
atlas安装也很简单，输入以下命令 sudo apt-get install libatlas-base-dev libatlas-dev libatlas-doc libatlas-test libatlas3-base libatlas3gf-base 等待安装好就行。再次编译的话就可以通过了。
编译Python和Matlab用到的caffe文件
$ make pycaffe -j8
$ make matcaffe -j8
到此caffe就算是配置成功了，具体的使用以后再慢慢琢磨琢磨。
六、使用MNIST数据集进行测试
Caffe默认情况会安装在$CAFFE_ROOT，就是解压到那个目录，例如：$home/username/caffe-master，所以下面的工作，默认已经切换到了该工作目录。下面的工作主要是，用于测试Caffe是否工作正常，不做详细评估。具体设置请参考官网：http://caffe.berkeleyvision.org/gathered/examples/mnist.html
1. 数据预处理
$ sh data/mnist/get_mnist.sh
2. 重建lmdb文件。Caffe支持多种数据格式输入网络，包括Image(.jpg, .png等)，leveldb，lmdb，HDF5等，根据自己需要选择不同输入吧。
$ sh examples/mnist/create_mnist.sh
生成mnist-train-lmdb和 mnist-train-lmdb文件夹，这里包含了lmdb格式的数据集
3. 训练mnist
$ sh examples/mnist/train_lenet.sh
至此，Caffe安装的所有步骤完结，下面是一组简单的数据对比，实验来源于MNIST数据集，主要是考察一下不同系统下CPU和GPU的性能。可以看到明显的差别了，虽然MNIST数据集很简单，相信复杂得数据集，差别会更大，Ubuntu+GPU是唯一的选择了。
测试平台1：i7-4770K/16G/GTX 770/CUDA 6.5
MNIST Windows8.1 on CPU：620s
MNIST Windows8.1 on GPU：190s
MNIST Ubuntu 14.04 on CPU：270s
MNIST Ubuntu 14.04 on GPU：160s
MNIST Ubuntu 14.04 on GPU with cuDNN：30s
Cifar10_full on GPU wihtout cuDNN：73m45s = 4428s （Iteration 70000）
Cifar10_full on GPU with cuDNN：20m7s = 1207s （Iteration 70000）
测试平台2：技嘉P35X v3，[email protected]/16G/NVidia GTX 980 8G
MNIST Ubuntu 15.04 on GPU with cuDNN：33s
测试平台3：Dell 7910，E5 2623v3 3.0G *2 /128G/ NVidia Titan X 12G
MNIST Ubuntu 15.04 on GPU with cuDNN：23s（真是逆天啊！）
对比测试1：2*E5-2620(12CPUs)/128G/TeslaK20M/CUDA5.5/CentOS 6.4
MNIST CentOS 6.4 on GPU：294s
对比测试2：Tesla K40M/CUDA6.5/ubuntu 14.04
MNIST on GPU with cuDNN：30s
对比测试3：GTX 660/CUDA6.5/ubuntu 14.04
MNIST on GPU with cuDNN：49s
对比试验1是一个不太公平的测试，毕竟性能差很大，很可能不单单是由Tesla K20s和GTX 770带来的，也可能是因为CentOS或者是CUDA5.5(without cuDNN)的影响，但总体上的结论和Caffe官网的 referenceperformance numbers 一致，对于普通用户：GTX的性价比高很多。对比试验2展现了Tesla K40的强大性能，相信对于复杂图像，它应该有更强劲的表现。（感谢香港城市大学 Ph.D Jingjing、南京理工大学 Ph.D JinLu、华中科技大学 MS LiuMaolin 提供的测试环境和测试数据。）