疾病负担研究（GBD）——如何在R中调用joinpoint软件计算AAPC

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关于GBD数据库的实操视频已经陆续更新，如需要，大家可以关注B站的“小明学习室”。

本篇推文是GBD相关的第11篇推文。

接着上一节的推文，joinpoint回归分析需要打开软件进行操作，需要回来操作，显得比较麻烦。今天我们介绍如何直接用R调用joinpoint软件进行操作。

首先，我们需要进入官网（https://surveillance.cancer.gov/joinpoint/callable/）下载joinpoint的command-line文件，相对于桌面软件来说，申请比较复杂，个人用户需要下载好协议签好字发到对应的邮箱即可，下载好如下程序，点击安装就好。

安装好后，我们进入到安装目录下，将后面的中间exe文件复制到我们的目录下,我们需要在下方R文件的基础上修改代码，大家可以打开了解下

我们打开R的文件夹，需要将下图标注的配置文件复制到我们的目录下。

这里，我推荐用notepad++打开配置程序看，我们首先看下第一个配置文件

这里一个个文字其实就代表操作软件的按钮，上述文件是配置和输出格式设置，这里只展示了部分变量，具体所有的变量，大家可以打开ReadMe.txt这个文件可以找到所有的配置形式，如果不写就是系统默认的设定

第二个配置文件案例

了解之后，我们对配置文件进行相应的修改

最后，我们配置好的两个运行文件

第一个配置文件GBD.JPOptions.ini内容设置如下：

第二个配置文件GBD.Created.Session.ini设置如下：

我们首先安装configr软件包，以食管癌发病率为例，我们读取数据

同样的，由于joinpoint需要发病率以及标准误数据，因此我们需要得到标准误数据，我们根据可信区间的定义公式95%UI=mean+/-1.96*standard error，因此standard error= (up-lower)/(1.96*2)，而且joinpoint软件要求年份按照升序排列，且一个组放在一起，因此我们计算出standard error后对EAPC数据location，year进行升序排列，并输出结果。

此外，和joinpoint软件操作不同的是：按照command line提供的示例版本，输入文件是不能有变量名称（可能不一定准确，因为我已经试过很多次，调整过很多次配置文件，均提示运行错误，如果有读者可以试出来，我们可以交流下~），因此输出文件中我们去除行名和列名，代码如下：

我们打开输出文件看下

提供给大家是配置好的两个文件是用来计算GBD的AAPC结果，基本上不需要进行修改，针对不同的输入文件（本次推文是食管癌发病率），我们只需要在R语言中针对两个配置文件就行修改，或者进行其他修改，代码如下：

我们已经配置好joinpoint的两个配置文件，接下来我们需要在R中直接生成joinpoint的运行文件，代码如下：

我们可以打开这个运行文件看下：

主要是各个输入文件和输出文件的具体路径

最后，完万事具备，我们运行代码

运行结束后出现这样一段提示，代表运行成功，没有错误

最后我们看下生成的文件

主要用到第3个文件，我们打开这个文件看下

我们可以看到AAPC以及其可信区间，接着我们读取数据，只获取full range下的AAPC，后面我们按照第三篇推文里的方法整理好1990与2019年的食管发病数以及标准发病率后整合数据就可以制作出Table1的数据结果。

这次的推文就讲到这里，大家可以打开R语言，下载好joinpoint command line软件实际操练起来，如果需要上述代码、配置文件和数据，可以关注公众号——小明学习室，回复关键词“GBD”即可获取~

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