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如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选

ZINC改版了，最新版跟几年前我用的版本大不一样，于是查了一下资料，整理了一个教程

参考视频：https://www.youtube.com/watch?v=zloEnrWGqAg

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第1张图片

1.点击Tranches，可以看到有很多选项，根据需求选择合适的分类，点击下载，我选择sdf格式的下载，下载方式选择powershell，将文件下载到桌面，放在screening文件夹里，并修改文件名为ligands.ps1；

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第2张图片

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第3张图片

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第4张图片

2.开始菜单栏输入Powershell,右键，以管理员身份运行；

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第5张图片

3.切换文件夹，输入ls，看users文件夹中的所有文件夹；

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第6张图片

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第7张图片

然后cd "想进入的文件夹名"

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最后cd Desktop进入桌面文件夹

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第9张图片

cd Screening进入筛选文件夹

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第10张图片

输入ls，看screening文件夹里面有什么；

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如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第12张图片

输入Set-ExecutionPolicy Unrestricted

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选择 Yes to all

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第14张图片

输入.\ligands.ps1，回车后，选择run once；

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第15张图片

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第16张图片

完成后，输入Set-ExecutionPolicy Unrestricted

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第17张图片

3.以上步骤会在Screening文件夹下生成新的文件夹，视频中是两个，也可能更多

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第18张图片

新建文件夹ligands

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第19张图片

搜索框输入.gz

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打开解压缩工具ExtractNow

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第21张图片

将文件拖入ExtractNow

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第22张图片点击Extract，选择ligands文件夹，点击Ok to all。

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第23张图片

打开ligands文件夹，里面的文件就是下载的sdf格式

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第24张图片

 

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