如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选

ZINC改版了,最新版跟几年前我用的版本大不一样,于是查了一下资料,整理了一个教程

参考视频:https://www.youtube.com/watch?v=zloEnrWGqAg

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第1张图片

1.点击Tranches,可以看到有很多选项,根据需求选择合适的分类,点击下载,我选择sdf格式的下载,下载方式选择powershell,将文件下载到桌面,放在screening文件夹里,并修改文件名为ligands.ps1;

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2.开始菜单栏输入Powershell,右键,以管理员身份运行;

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3.切换文件夹,输入ls,看users文件夹中的所有文件夹;

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然后cd "想进入的文件夹名"

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最后cd Desktop进入桌面文件夹

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cd Screening进入筛选文件夹

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输入ls,看screening文件夹里面有什么;

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输入Set-ExecutionPolicy Unrestricted

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选择 Yes to all

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输入.\ligands.ps1,回车后,选择run once;

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完成后,输入Set-ExecutionPolicy Unrestricted

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3.以上步骤会在Screening文件夹下生成新的文件夹,视频中是两个,也可能更多

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新建文件夹ligands

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搜索框输入.gz

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打开解压缩工具ExtractNow

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将文件拖入ExtractNow

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选_第22张图片点击Extract,选择ligands文件夹,点击Ok to all。

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打开ligands文件夹,里面的文件就是下载的sdf格式

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