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桓峰基因在半年里推出了上百个生信分析教程，直击SCI分析套路结合文章完美呈现给大家非常详细的教程，现为大家整理出来，方便大家参考系列性分析方法！
转录组生信分析教程
桓峰基因公众号推出转录组分析教程，有需要生信的老师可以联系我们！转录分析教程整理如下：
RNA 1. 基因表达那些事--基于 GEO
RNA 2. SCI文章中基于GEO的差异表达基因之 limma
RNA 3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2
RNA 4. SCI 文章中基于TCGA 差异表达之 edgeR
RNA 5. SCI 文章中差异基因表达之 MA 图
RNA 6. 差异基因表达之-- 火山图 (volcano)
RNA 7. SCI 文章中的基因表达——主成分分析 (PCA)
RNA 8. SCI文章中差异基因表达--热图 (heatmap)
RNA 9. SCI 文章中基因表达之 GO 注释
RNA 10. SCI 文章中基因表达富集之--KEGG
RNA 11. SCI 文章中基因表达富集之 GSEA
RNA 12. SCI 文章中肿瘤免疫浸润计算方法之 CIBERSORT
RNA 13. SCI 文章中差异表达基因之 WGCNA
RNA 14. SCI 文章中差异表达基因之 蛋白互作网络 (PPI)
RNA 15. SCI 文章中的融合基因之 FusionGDB2
RNA 16. SCI 文章中的融合基因之可视化
RNA 17. SCI 文章中的筛选 Hub 基因 (Hub genes)
RNA 18. SCI 文章中基因集变异分析 GSVA
RNA 19. SCI 文章中无监督聚类法 （ConsensusClusterPlus）
RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 （ssGSEA）
RNA 21. SCI 文章中单基因富集分析
RNA 22. SCI 文章中基于表达估计恶性肿瘤组织的基质细胞和免疫细胞(ESTIMATE)
RNA 23. SCI文章中表达基因模型的风险因子关联图(ggrisk)
RNA 24. SCI文章中基于TCGA的免疫浸润细胞分析 (TIMER)
RNA 25. SCI文章中估计组织浸润免疫细胞和基质细胞群的群体丰度(MCP-counter)
RNA 26. SCI文章中基于转录组数据的基因调控网络推断 (GENIE3)
RNA 27 SCI文章中转录因子结合motif富集到调控网络 (RcisTarget)
基因组生信分析教程
DNA 1. Germline Mutation Vs. Somatic Mutation 傻傻分不清楚
DNA 2. SCI 文章中基因组变异分析神器之 maftools
DNA 3. SCI 文章中基因组变异分析神器之 maftools
DNA 4. SCI 文章中基因组的突变信号（maftools）
DNA 5. 基因组变异文件VCF格式详解
DNA 6. 基因组变异之绘制精美瀑布图（ComplexHeatmap）
DNA 7. 基因组拷贝数变异分析及可视化 (GISTIC2.0)
DNA 8. 癌症的突变异质性及寻找新的癌症驱动基因(MutSigCV)
DNA 9. 揭秘肿瘤异质性与TMB, MSI之间的相关性
DNA 10. 识别癌症驱动基因 (OncodriveCLUST)
DNA 11. 识别肿瘤蛋白质三维结构上突变热点(HotSpot3D)
DNA 12. SCI 文章绘图之全基因组关联分析可视化(GWAS)
肿瘤克隆进化分析教程
我们在桓峰基因公众号也推出克隆进化分析教程，从组织到单细胞的克隆进化分析都有介绍，供大家参考：
Clone 1. 肿瘤克隆进化之前世今生
Clone 2. 肿瘤克隆进化之不同进化模
Topic 1.克隆进化之sciClone
Topic 2.克隆进化之ClonEvol
Topic 3. 克隆进化之 fishplot
Topic 4. 克隆进化之 Pyclone
Topic 5. 克隆进化之 CITUP
Topic 6. 克隆进化之 Canopy
Topic 7. 克隆进化之 Cardelino
Topic 8. 克隆进化之 RobustClone
Topic 9. 克隆进化之 TimeScape
有做肿瘤的转移，癌症的耐药性亚克隆，靶向用药等课题的老师都可以直接联系我，保证最好的服务，最顶级的科研方法，助力高分！
临床预测模型教程
桓峰基因公众号推出临床预测模型教程，有需要生信的老师可以联系我们！临床预测模型教程整理如下：
Topic 1. 临床标志物生信分析常规思路
Topic 2. 生存分析之 Kaplan-Meier
Topic 3. SCI文章第一张表格--基线表格
Topic 4. 临床预测模型构建 Logistic 回归
Topic 5. 样本量确定及分割
Topic 6 计数变量泊松回归
Topic 7. 临床预测模型--Cox回归
Topic 8. 临床预测模型-Lasso回归
Topic 9. SCI 文章第二张表—单因素回归分析表
Topic 10. 单因素 Logistic 回归分析—单因素分析表格
Topic 11. SCI中多元变量筛选—单/多因素表
Topic 12 临床预测模型—列线表 (Nomogram)
Topic 13. 临床预测模型—一致性指数 (C-index)
Topic 14. 临床预测模型之校准曲线 (Calibration curve)
Topic 15. 临床预测模型之决策曲线 (DCA)
Topic 16. 临床预测模型之接收者操作特征曲线 (ROC)
Topic 17. 临床预测模型之缺失值识别及可视化
Topic 18. 临床预测模型之缺失值插补方法
Topic 19. 临床预测模型之输出每个患者列线图得分 (nomogramFormula)
Topic 20. 临床预测模型之竞争风险模型及计算生存概率
基于机器学习构建临床预测模型
MachineLearning 1. 主成分分析（PCA）
MachineLearning 2. 因子分析（Factor Analysis）
MachineLearning 3. 聚类分析（Cluster Analysis）
MachineLearning 4. 癌症诊断方法之 K-邻近算法（KNN）
MachineLearning 5. 癌症诊断和分子分型方法之支持向量机（SVM)
MachineLearning 6. 癌症诊断机器学习之分类树（Classification Trees)
MachineLearning 7. 癌症诊断机器学习之回归树（Regression Trees)
MachineLearning 8. 癌症诊断机器学习之随机森林（Random Forest)
MachineLearning 9. 癌症诊断机器学习之梯度提升算法（Gradient Boosting)
MachineLearning 10. 癌症诊断机器学习之神经网络（Neural network)
MachineLearning 11. 机器学习之随机森林生存分析（randomForestSRC）
MachineLearning 12. 机器学习之降维方法t-SNE及可视化(Rtsne)
MachineLearning 13. 机器学习之降维方法UMAP及可视化 (umap)
R语言数据可视化绘图教程
桓峰基因公众号推出基于R语言数据可视化绘图教程并配有视频在线教程，目前整理出来的教程目录如下：
FigDraw 1. SCI 文章的灵魂 之 简约优雅的图表配色
FigDraw 2. SCI 文章绘图必备 R 语言基础
FigDraw 3. SCI 文章绘图必备 R 数据转换
FigDraw 4. SCI 文章绘图之散点图 (Scatter)
FigDraw 5. SCI 文章绘图之柱状图 (Barplot)
FigDraw 6. SCI 文章绘图之箱线图 (Boxplot)
FigDraw 7. SCI 文章绘图之折线图 (Lineplot)
FigDraw 8. SCI 文章绘图之饼图 (Pieplot)
FigDraw 9. SCI 文章绘图之韦恩图 (Vennplot)
FigDraw 10. SCI 文章绘图之直方图 (HistogramPlot)
FigDraw 11. SCI 文章绘图之小提琴图 (ViolinPlot)
FigDraw 12. SCI 文章绘图之相关性矩阵图(Correlation Matrix)
FigDraw 13. SCI 文章绘图之桑葚图及文章复现(Sankey)
FigDraw 14. SCI 文章绘图之和弦图及文章复现（Chord Diagram)
FigDraw 15. SCI 文章绘图之多组学圈图(OmicCircos)
FigDraw 16. SCI 文章绘图之树形图(Dendrogram)
FigDraw 17. SCI 文章绘图之主成分绘图(pca3d)
FigDraw 18. SCI 文章绘图之矩形树状图 (treemap)
FigDraw 19. SCI 文章中绘图之坡度图(Slope Chart)
FigDraw 20. SCI文章中绘图之马赛克图 (mosaic)
FigDraw 21. SCI文章中绘图之三维散点图 (plot3D)
FigDraw 22. SCI文章中绘图之核密度及山峦图 (ggridges)
FigDraw 23. SCI文章中绘图二维散点图与统计图组合
FigDraw 24. SCI文章中绘图二维直方图及组合图
FigDraw 25. SCI文章中绘图二维密度图及组合图
FigDraw 26. SCI文章中绘图词云图 (wordcloud)
单细胞生信分析教程
桓峰基因公众号推出单细胞生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的相关教程目录如下：
Topic 6. 克隆进化之 Canopy
Topic 7. 克隆进化之 Cardelino
Topic 8. 克隆进化之 RobustClone
SCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生
SCS【2】单细胞转录组 之 cellranger
SCS【3】单细胞转录组数据 GEO 下载及读取
SCS【4】单细胞转录组数据可视化分析 (Seurat 4.0)
SCS【5】单细胞转录组数据可视化分析 (scater)
SCS【6】单细胞转录组之细胞类型自动注释 (SingleR)
SCS【7】单细胞转录组之轨迹分析 (Monocle 3) 聚类、分类和计数细胞
SCS【8】单细胞转录组之筛选标记基因 (Monocle 3)
SCS【9】单细胞转录组之构建细胞轨迹 (Monocle 3)
SCS【10】单细胞转录组之差异表达分析 (Monocle 3)
SCS【11】单细胞ATAC-seq 可视化分析 (Cicero)
SCS【12】单细胞转录组之评估不同单细胞亚群的分化潜能 (Cytotrace)
SCS【13】单细胞转录组之识别细胞对“基因集”的响应 (AUCell)
SCS【14】单细胞调节网络推理和聚类 (SCENIC)
SCS【15】细胞交互：受体-配体及其相互作用的细胞通讯数据库 (CellPhoneDB)
SCS【16】从肿瘤单细胞RNA-Seq数据中推断拷贝数变化 (inferCNV)
SCS【17】从单细胞转录组推断肿瘤的CNV和亚克隆 (copyKAT)
文献解读
IF：12+ 不同癌症中TMB与ICI反应之间的免疫相关因素研究
IF：4+ 铁代谢和免疫相关基因标记预测三阴性乳腺癌的临床结局和分子特征
IF：14+ “冒烟型”骨髓瘤的分子组成突显了导致多发性骨髓瘤的进化途径
IF：5+ 7种癌症免疫治疗证明DNA损伤反应通路突变可作为免疫检查点封锁疗效的潜在生物标志物
IF：11+ 研究CpG岛甲基化表型病因和致癌转化的泛癌综合分析
IF：7+ 基于转录组水平上探究种植周炎和类风湿性关节炎的相似性和潜在关系:一项生物信息学研究的结果
IF：6+ 益气化瘀汤诱导胃癌铁死亡的网络药理学研究及实验验证
IF：11+ 鳞癌基因标记预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗的敏感性
IF：7+ 免疫微环境中的免疫基因标记和免疫类型与胶质瘤的预后相关
IF: 8+ m6A调控因子与m6A相关的lnc/mRNA作为结直肠癌预后因子的综合性分析
IF: 6+ m6A信号与肿瘤免疫微环境在胶质瘤中的预后分析及验证
IF: 4+ 通过共表达网络鉴定急性心肌梗死患者血小板转录组关键基因模块和通路
IF：13+ Nomogram预测免疫检查点抑制剂治疗MSI-H型转移性结直肠癌患者的预后
IF：4+ 鉴定与股骨头坏死软骨氧化应激相关的Hub基因和通路
IF：4+ 膀胱癌RNA结合蛋白相关预后模型
IF：伴FLT3-ITD突变的急性髓系白血病在米哚妥林治疗下的克隆进化
IF：8+ 单细胞测序揭示肝细胞癌的免疫抑制概况
IF：8+ 小儿感染性休克的特征基因及与免疫细胞浸润的关系分析
文章撰写相关教程
桓峰基因公众号推出基于文献查找，下载，以及读文献的一些技巧教程并配有视频在线教程，目前整理出来的相关教程目录如下：
SCI 1. 文章撰写技巧之如何写好病例报告(Case report)
SCI 2. 文章投稿技巧之病例报告(Case report)
【LaTeX】MikTex+TexStudio安装集配置论文写作环境
软件系列 1. Endnote20 免费下载及永久激活教程
Endnot2 免费下载激活及文献整理实操教程
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不用翻译软件，不查重，轻松搞定SCI论文，老板也夸我很专业！！！
怎么用 Endnote20 导入 AMA 文献参考格式？
绘图软件总是搞不定细节，怎么办？Adobe Illustrator 来帮你！
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