解析DNA甲基化临床科研 | 无论什么科室，一定要有project的经典视角｜易基因

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期我们来聊聊一直以来备受关注的DNA甲基化。

关键词：DNA甲基化；基金；临床科研

（DNA甲基转移酶DNMT靶向特定基因组特征。https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31815535/）

（DNA甲基转移酶DNMT靶向特定基因组特征。https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31815535/）

导言：

DNA甲基化（DNA methylation）是一种生物过程，是DNA化学修饰的一种形式，能在不改变DNA序列的前提下改变 DNA 片段的活性、从而改变遗传表现，为表观遗传编码的一部分，是一种外遗传机制，对细胞的正常发育至关重要，因此，与人体的几乎全部病理生理过程都密切相关。

（举例：肿瘤中的DNA甲基化过程。https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27256564/）

DNA甲基化研究一直以来都是顶级期刊、基金资助、临床研究、药物研发上市的多重热点。DNA甲基化研究成果17.7%发表在9分+期刊，2.5%发表在24分以上期刊；并且最近几年的论文发表数量增速堪比火箭。绝对是万众瞩目的热点。

(DNA甲基化研究发表的期刊分布及时间分布）

一，DNA甲基化研究论文大数据分析

DNA甲基化论文发表的时间和国家分布

全球已经在DNA甲基化领域发表了18,838篇Medline收录的文献。

时间分布显示，可以看到针对DNA甲基化的研究论文数量，2018年有1,355篇，2021年为1,728篇。

国家分布可以看到，美国发表的文章数占31.6%；

中国发表的研究论文数量为2,794篇，占25.5%，排在第二位；

德国、日本和加拿大分列第三到五位。

（SCI论文的时间和国家分布）

学术机构排名中南大学、复旦大学、密歇根大学、首都医科大学、麦吉尔大学(加拿大)等所在大学发表的论文最多。

湘雅医院、梅奥诊所、中南大学湘雅二医院、国立癌症中心研究所(日本)、Hospital for Sick Children(加拿大)等是发表论文最多的医院。

（全球发表论文的机构排名）

研究热点基因和相关疾病

如下图所示，显示DNMT1、MGMT、BDNF、H19、IGF2等是DNA甲基化研究中最受关注的位点。

乳腺癌、压力应激、大肠癌、白血病、糖尿病等是DNA甲基化研究中最关注的疾病。

DNA甲基化研究也涉及妊娠、肺癌、前列腺癌、肥胖、精神分裂症、胃癌、抑郁等研疾病。

（DNA甲基化研究相关的基因和疾病）

DNA甲基化研究

的关键词

包括癌症、表达、甲基转移酶、全基因组和表观遗传等。

哪些期刊喜欢DNA甲基化研究？

可以看到发表DNA甲基化相关研究最多的五个杂志是Clin Epigenetics(IF=6.6)、 PLoS One(IF=3.2)、 Epigenetics(IF=4.5)、 Sci Rep(IF=4.4)、 Epigenomics(IF=4.8)等。

（发表论文的杂志分布）

这些期刊的影响因子、分区、接受时间等如下所示。

最有影响力学者及其关系网。

国际DNA甲基化研究论文中

最有影响力的学者。

（学术大咖及其关系网。）

学者影响力是基于学者在该领域的论文影响因子总分。

其中索尔克生物研究所(美国)的Ecker, Joseph R;斯图加特大学(德国)的Jeltsch, Albert；中国科学院大学的Teschendorff, Andrew E；Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research（瑞士）的Schübeler, Dirk；布里斯托大学(英国)的Relton, Caroline L；Josep Carreras Leukaemia Research Institute (IJC)（西班牙）的Esteller, Manel和Ballestar, Esteban；The Babraham Institute(英国)的Reik, Wolf；German Cancer Research Center (DKFZ)(德国)的Brenner, Hermann；RWTH Aachen University Medical School（德国）的Wagner, Wolfgang等在DNA甲基化研究领域最为活跃。

二，DNA甲基化研究领域

的经典论文除了发表论文的数量和研究者论文影响力之外（数量+质量），单篇论文被引用次数是评价其学术影响力的重要指标。

所以我们通过大数据分析找到高引用论文，即领域内的经典论文。

从下图可以看出DNA甲基化研究领域论文的爆发，及经典论文的分布。

高引用文章大多是该领域的经典文章，适合于在撰写立题依据或者综述时引用。

如果我们只看最近发表的重要论文时，可以看到2021、2022年新发表的论文中，既有对疾病的长期跟踪临床研究，也有新药研发、基础医学技术、机制研究，涉及的病症主要包括结直肠癌、前列腺癌、ALS、糖尿病、食管鳞状细胞癌、卵巢癌、乳腺癌、宫颈癌、多动症、PTSD、双相情感障碍、炎症性肠病等；涉及的研究方法包括系统评价/META分析，GWAS分析，疾病的标志物检测和治疗反应评估，MAYA临床试验，单细胞技术等；涉及到的研究重点包括泛组织 DNA 甲基化图谱，ALS中代谢、炎症和胆固醇途径，有丝分裂遗传的动力学和机制,替莫唑胺、伊匹单抗、纳武单抗，诊断和预后标志物（组织样本、血液、尿液），细胞发育，儿童认知技能等。

三，如何开启自己的DNA甲基化研究

除了前面内容，您已经深信不疑的是：DNA甲基化研究很值得做。尤其是研究生选题，可能这是一辈子课题的好起点。

问题是：如何开始呢？最简单的方法：从模仿，到超越。

基础研究学者：比如索尔克生物研究所（美国）的Ecker, Joseph R；斯图加特大学（德国）Jeltsch, Albert；和University College London的Teschendorff, Andrew E；和Josep Carreras Leukaemia Research Institute (IJC)的Esteller, Manel发表的DNA甲基化与单细胞技术结合、在胚胎发育/细胞进化/重编程，类器官研究，多种疾病（血液系统肿瘤、乳腺癌、动脉粥样硬化、阿尔兹海默症）的细胞发育周期中空间构象特异性，方向的开发应用相关的系列研究论文。

临床科学家：可以参照Scania University Hospital的Ling, Charlotte；和BC Children's Hospital Research Institute (BCCHR)（加拿大）的Kobor, Michael S发表的关注DNA甲基化在糖尿病、肥胖症、呼吸道疾病（哮喘）、胎儿发育(三体综合征)中的诊断、治疗相关的系列研究论文，机制结合临床研究，由浅入深。

如果要做转化，则可以参照阿拉巴马大学伯明翰分校的临床药学家Sweatt, J David；和McGill University（加拿大）的Szyf, Moshe，致力于DNA甲基化与表观遗传学对神经、精神病变的临床诊断、治疗方案的应用探索。

而最容易的切入点还是经典一套：DNA甲基化研究揭示了A因子/蛋白通过B信号通路途径抑制/增强了C疾病/细胞的D功能。比如这篇文章标题的描述。

小结：

通过针对DNA甲基化论文的大数据分析，我们可以快速了解该领域研究的总体势态、研究热点、重要机构、突出学者、经典论文及这些论文发表的期刊分布。

1）DNA甲基化研究，目前是医生科学家最好的切入时机。一方面，DNA甲基化的机制已经比较清楚；另一方面，目前针对DNA甲基化在不同类型的疾病及并发症的干预效果研究还远远不够。

2）针对DNA甲基化研究，目前发表了18,838篇Medline论文，且论文数量快速增长。且有非常高的比例发表在高质量期刊上。美国、中国、德国、日本和加拿大在DNA甲基化研究中处于领先。

3）DNA甲基化研究发文最多期刊是Clin Epigenetics(IF=6.6)、 PLoS One(IF=3.2)、 Epigenetics(IF=4.5)、 Sci Rep(IF=4.4)、 Epigenomics(IF=4.8)等。有17.7%的研究发表在影响因子大于9分的期刊,2.5%发表在24分以上期刊。

4）DNA甲基化研究领域广泛，涉及几乎全部疾病的病理生理过程。

5）针对DNA甲基化研究最有影响力的论文，已经由机制探索、细胞和动物实验，转向临床转化和研发。

本文内容来源于：Hanson临床科研

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