Ubuntu 20.04安装RStudio Server并使用conda虚拟环境

Ubuntu20.04安装RStudio Server并使用conda虚拟环境

过程比较简单，基本参考官网顺利安装。如果服务器没有R可以先安装一个，后续会改为使用conda虚拟环境中的R。安装过程如下：

sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2022.12.0-353-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-2022.12.0-353-amd64.deb
# 安装完查看rstudio-server是否在运行
ps -aux|grep rstudio-server
# 查看服务器IP地址,如192.168.xx.xxx
ifconfig

安装完在本地浏览器输入服务器IP地址192.168.xx.xxx:8787(8787是RStudio Server默认端口)，输入用户账号密码即可登录RStudio Server

RStudio Server使用conda虚拟环境

网上查看了一些文章，实现起来都比较复杂，最后自己摸索出来最佳解决方案如下：

sudo vim /etc/rstudio/rserver.conf	# 打开rstudio-server配置文件，在其中进行配置

在配置文件中加入两行，第一行配置conda虚拟环境R解释器路径，第二行配置动态链接库，只配置R解释器路径无法正常加载很多R包。如果配置完加载R包还有报错，就去conda env路径下面find命令寻找报错的动态链接库，将其路径加到rsession-ld-library-path里即可解决。修改后的/etc/rstudio/rserver.conf配置文件内容如下：

# Server Configuration File
rsession-which-r=/home/usr_name/anaconda3/envs/env_name/bin/R
rsession-ld-library-path=/home/usr_name/anaconda3/envs/env_name/lib

保存/etc/rstudio/rserver.conf退出后重启rstudio-server

sudo rstudio-server restart             #重启RStudio-server
sudo rstudio-server status              #查看RStudio-server

此时重新本地登陆网页版RStudio Server，发现加载的R已经变成conda虚拟环境中的R，而且加载虚拟环境中的R包也没有任何报错。

参考文章：https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/435/