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alpha值计算 qcolor_R语言绘制物种稀释曲线及其它多种Alpha多样性曲线

1f891a31f0881037c8b6456c647fe74a.gif R语言绘制Alpha多样性曲线 ab3ba9bf6c5edd4a93ec6b7906584e95.gif

在微生物16S/ITS/18S测序分析及相关的文章中，我们经常可以看到这样的图，称为稀释曲线(Rarefaction curves)。

稀释曲线是从样品中随机抽取一定测序量的数据(序列条数)，统计它们所对应的OTUs种类(代表物种)，并以抽取的测序数据量与对应的代表OTUs来构建曲线。横坐标代表随机抽取的序列数量，纵坐标代表观测到的OTUs种类数量，样本曲线的延伸终点的横坐标位置为对应样本的测序数量。稀释曲线可直接反映测序数据量的合理性，并间接反映样品中物种的丰富程度，当曲线趋向平坦时，说明测序数据量渐进合理，更多的数据量只会产生少量新OTUs(物种)；反之表明不饱和，增加数据量可以发现更多OTUs。

alpha值计算 qcolor_R语言绘制物种稀释曲线及其它多种Alpha多样性曲线_第1张图片

这种稀释曲线实质上反映了Alpha多样

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