使用conda
首先我们将要确认你已经安装好了conda
配置环境
下一步我们将通过创建几个环境来展示conda的环境管理功能。使你更加轻松的了解关于环境的一切。我们将学习如何确认你在哪个环境中,以及如何做复制一个环境作为备份。
测试python
然后我们将检查哪一个版本的python可以被安装,以及安装另一个版本的python,还有在两个版本的python之间的切换。
检查包
1)我们将罗列出安装在我们电脑上的包
2)浏览可用的包
3)使用conda install命令来来安装以及移除一些包
4)对于一些不能使用conda安装的包,我们将在Anaconda.org网站上搜索
5)对于那些在其它位置的包,我们将使用pip命令来实现安装。我们还会安装一个可以免费试用30天的商业包IOPro
移除包、环境以及conda
conda --version
conda update conda
使用”conda create”命令,后边跟上你希望用来称呼它的任何名字:
conda create --name snowflake biopython
这条命令将会给Biopython创建一个新的环境,位置在Anaconda安装文件的/envs/snowflakes
source activate snowflakes
activate snowflake
新的开发环境会被默认安装在你conda目录下的envs文件目录下。你可以指定一个其他的路径;去通过conda create -h
了解更多信息吧。
如果我们没有指定安装python的版本,conda会安装我们最初安装conda时所装的那个版本的python。
conda info -envis或者(-e)
* 注意:conda有时也会在目前活动的环境前边加上号。**
为了切换到另一个环境,键入下列命令以及所需环境的名字。
source activate snowflakes
activate snowflakes
如果要从你当前工作环境的路径切换到系统根目录时,键入:
- Linux,OS X:
source deactivate
deactivate
通过克隆来复制一个环境。这儿将通过克隆snowfllakes来创建一个称为flowers的副本。
conda create -n flowers --clone snowflakes
通过
conda info –-envs
来检查环境
如果你不想要这个名为flowers的环境,就按照如下方法移除该环境:
conda remove -n flowers
现在我们假设你需要python3来编译程序,但是你不想覆盖掉你的python2.7来升级,你可以创建并激活一个名为snakes的环境,并通过下面的命令来安装最新版本的python3:
conda create -n snakes python=3
确保snakes环境中运行的是python3:
python --version
为了使用不同版本的python,你可以切换环境,通过简单的激活它就可以,让我们看看如何返回默认版本
source activate - snowflakes
activate snowflakes
当你完成了在snowflakes环境中的工作室,注销掉该环境并转换你的路径到先前的状态:
source deactivate
deactivate
使用这条命令来查看哪个版本的python或其他程序安装在了该环境中,或者确保某些包已经被安装了或被删除了。在你的终端窗口中输入:
conda list
我们将在指定环境中安装这个Beautiful Soup包,有两种方式:
- 直接指定-n 指定安装环境的名字
conda install --name bunnies beautifulsoup4
* 提示:你必须告诉conda你要安装环境的名字(-n bunies)否则它将会被安装到当前环境中。*
activate bunnies
conda install beautifulsoup4
如果一个包不能使用conda安装,我们接下来将在Anaconda.org网站查找。
在浏览器中,去 Anaconda资源官网 。我们查找一个叫“bottleneck”的包,所以在左上角的叫“Search Anaconda Cloud”搜索框中输入“bottleneck”并点击search按钮。
Anaconda.org上会有超过一打的bottleneck包的版本可用,但是我们想要那个被下载最频繁的版本。所以你可以通过下载量来排序,通过点击Download栏。
点击包的名字来选择最常被下载的包。它会链接到Anaconda.org详情页显示下载的具体命令:
conda install--channel https://conda .anaconda.ort/pandas bottleneck
对于那些无法通过conda安装或者从Anaconda.org获得的包,我们通常可以用pip命令来安装包。
可以上pypi网
站查询要安装的包,查好以后输入pip install命令就可以安装这个包了。
我们激活想要放置程序的python环境,然后通过pip安装一个叫“See”的程序。
source activate bunnies
activate bunnies
所有平台:
pip install see
如果真的遇到走投无路的境地,也就是上面这些方法通通不管用!!!那就只能下载源码安装了,比如exe文件(双击安装)或者whl文件(pip安装)等等。还有在github上找到源码,使用python setup.py install
命令安装
Tips:不建议使用setuptools 的easy_install,非常不方便管理,也不好卸载
有些时候,Anaconda和pip下载的速度慢,访问不稳定怎么办?换个源呗,清华大学的源就很不错,当然啦,你可以自己google一些好用的源
对于包管理工具,了解这么多就够了,比较喜欢追根究底的童鞋可以移步包管理工具解惑
**提示:
在任何时候你可以通过在命令后边跟上-help来获得该命令的完整文档。
**
eg:
conda update --help
* 小技巧:*
很多跟在–后边常用的命令选项,可以被略写为一个短线加命令首字母。所以–name选项和-n的作用是一样的。通过conda -h
或conda –-help
来看大量的缩写。
如果你愿意的话。让我们通过移除一个或多个试验包、环境以及conda来结束这次测试指导。
假设你决定不再使用商业包IOPro。你可以在bunnies环境中移除它。
conda remove -n bunnies iopro
我们不再需要snakes环境了,所以输入以下命令:
conda remove -n snakes --all
移除Anaconda 或 Miniconda 安装文件夹
rm -rf ~/miniconda
OR
rm -rf ~/anaconda
去控制面板,点击“添加或删除程序”,选择“Python2.7(Anaconda)”或“Python2.7(Miniconda)”并点击删除程序。
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以下命令均在windows命令行中输入。一般来讲,无论是在Linux,OS X还是在windows系统中,在命令行窗口中输入的conda命令基本是一致的,除非有特别标注。
conda --version
或
conda -V
conda --help
conda -h
查看某一命令的帮助,如update命令及remove命令
conda update --help
conda remove --help
同理,以上命令中的--help
也可以换成-h
。
查看环境管理的全部命令帮助
conda env -h
创建环境
conda create --name your_env_name
输入y
确认创建。
创建制定python版本的环境
conda create --name your_env_name python=2.7
conda create --name your_env_name python=3
conda create --name your_env_name python=3.5
创建包含某些包的环境
conda create --name your_env_name numpy scipy
创建指定python版本下包含某些包的环境
conda create --name your_env_name python=3.5 numpy scipy
列举当前所有环境
conda info --envs
conda env list
进入某个环境
activate your_env_name
退出当前环境
deactivate
复制某个环境
conda create --name new_env_name --clone old_env_name
删除某个环境
conda remove --name your_env_name --all
如果你想把你当前的环境配置与别人分享,这样ta可以快速建立一个与你一模一样的环境(同一个版本的python及各种包)来共同开发/进行新的实验。一个分享环境的快速方法就是给ta一个你的环境的.yml
文件。
首先通过activate target_env
要分享的环境target_env
,然后输入下面的命令会在当前工作目录下生成一个environment.yml
文件,
conda env export > environment.yml
小伙伴拿到environment.yml
文件后,将该文件放在工作目录下,可以通过以下命令从该文件创建环境
conda env create -f environment.yml
.yml
是这个样子的
当然,你也可以手写一个.yml
文件用来描述或记录你的python环境。
列举当前活跃环境下的所有包
conda list
列举一个非当前活跃环境下的所有包
conda list -n your_env_name
为指定环境安装某个包
conda install -n env_name package_name
如果不能通过conda install来安装,文档中提到可以从Anaconda.org安装,但我觉得会更习惯用pip直接安装。pip在Anaconda中已安装好,不需要单独为每个环境安装pip。如需要用pip管理包,activate环境后直接使用即可。
conda install package=version