BiocManager安装R包解决下载速度太慢的问题

在安装完R语言和RStudio后，我配置了R包安装的镜像。配置镜像的方式有两种。

一是直接修改R安装路径：.\R-4.1.2\etc下的Rprofile.site文件（如下图所示），添加如下内容：

## 设置镜像
local({r <- getOption("repos")
     r["CRAN"] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
     options(repos=r)}
     )
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

## 设置下载方式
options("download.file.method"="libcurl")
options("url.method"="libcurl")

 第二种方法是直接在Rstudio菜单栏的Tools选项卡中找到Global options选项，如下图操作：

 选择中国的镜像即可。我配置镜像时用了第二种方式（这里埋下了一个坑，可能是导致BiocManager下载R包速度太慢的原因)，并且选了清华的镜像。

在配置完镜像以后，我安装了BiocManager包，安装代码如下：

if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager")

安装完BiocManager后，我打算用其下载可用于读取基因芯片数据文件（格式为.cel)的affy包。

BiocManager::intall("affy")

 但是在安装的时候，三个总计不到3MB的包下老半天都无法安装完，下载龟速。为了解决这个问题，我在Rstudio的控制器（Console）中输入如下语句后，

options(BioC_mirror = "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

再重新用BiocManager::install()语句下载affy包，下载光速，问题解决！