GEO数据下载及整理

GEO中的Series Matrix File(s)通常是经过了标准化和对数转换的数据。如果表达丰度的数值在50以内，通常是经过log2转化的。如果数字在几百几千，则是未经转化的。对于是否需要标准化的问题，可以通过boxplot函数观察一下样本表达丰度值的分布是否整齐进行判断。

查看GSE数据下载界⾯中的SOFT⽂件、Series Matrix File(s)⽂件中均有描述该系列的数据是如何进⾏标准化处理的，常见的标准化处理⽅法有3种：

RMA算法、

GC-RMA算法、

MAS5算法，

其中前两中算法的返回值已经经过log2转换，可直接进⾏差异表达分析，第三种算法返回值未经过log2转换，需要⾃⾏进⾏log2转换。