snapgene怎么比对序列_SnapGene教程—常用生物学软件的安装与应用(一)

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本期给大家介绍的是SnapGene这款软件,这是专为生物学研究人员打造的一款用于分子克隆的软件,该软件体积小巧,功能强大,包含了序列编辑和标记、质粒图谱构建、酶切位点分析、序列比对等多种功能,可以满足不同生物学研究人员对相应序列进行分析的操作。

1 SnapGene常用功能

1.1 质粒图谱

以pUC57质粒为例,怎样画出其质粒图谱呢?

首先我们在NCBI上下载pUC57的FASTA序列。打开SnapGene,选择第一个功能New DNA File,将序列粘贴进去后,点击【OK】。(这里由于是环状质粒,所以选择了默认的Circular)软件自动识别除了9个通用的元件,包括氨苄抗性基因(AmpR)、lac操纵子、复制起点(ori)等,点击【Add 9 features】,进入SnapGene的主界面。

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(图片来源:软件截图)

进入主界面后,可以看到上面一排是工具栏,下面是几个界面,对应的功能如下:

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1.2 质粒图谱的具体编辑方法

(1)序列标注

由于之前打开序列文件的时候,软件自动识别出了9个常见的元件,所以也同时自动生成了载体图谱。而当我们点击Sequece界面时,也可以看到相应的元件已经标注在序列上了。

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(图片来源:软件截图)

当然我们也可以自己编辑,双击lacZa的文字即可进入feature编辑界面,可以编辑序列名称、方向、范围以及颜色等信息,编辑完成后点【OK】,Sequence界面就会出现相应的序列注释信息。

如果我们要新添加一段序列注释,则选择相应序列,点击工具栏【Features】—【Addfeature】,同样会进入Feature编辑界面。

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(图片来源:软件截图)

(2)设计引物

我们可以直接在序列上添加引物,当我们选中一段序列后,软件会直接给出序列长度和Tm值,可以据此调整引物序列。

点击工具栏中的【Primers】—【Add primers】,进入引物编辑界面,可设计正向或者反向引物,编辑好引物名称后点击【Add Primers to Template】,即可在Sequence界面看到编辑好的引物序列。

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(图片来源:软件截图)

(3)图谱导出

单击工具栏【File】—【Export】—【Map】,即可导出质粒图谱,支持多种格式,包括常见的图片格式TIFF、PNG等,也可以生成PDF文档。

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(图片来源:软件截图)

2 序列对比

序列比对的软件有很多,SnapGene用于序列比对的优势在于其序列是双向的,比对时不用考虑序列方向问题。

操作也比较简单,左侧工具条最下方的按钮就是序列比对,点击后导入需要比对的序列即可。比对结果中比对不上的地方用红色标注。

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(图片来源:软件截图)

另外SnapGene也支持测序文件导入(.abi文件),例如我们先打开一个参考序列,再通过序列比对按钮将需要比对的测序文件都打开,就能获得多序列比对的结果,点击左侧序列则能直接查看峰图,非常方便。

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(图片来源:软件截图)

结语

关于SnapGene的基本用法就先介绍到这里,其实SnapGene还有很多强大的功能,比如Tools工具中的模拟电泳,Actions工具中的模拟Gateway和infusion克隆等。在此不做进一步的介绍,如果有需要,欢迎大家在文后留言。

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