snapgene怎么比对序列_SnapGene教程—常用生物学软件的安装与应用（一）

本期给大家介绍的是SnapGene这款软件，这是专为生物学研究人员打造的一款用于分子克隆的软件，该软件体积小巧，功能强大，包含了序列编辑和标记、质粒图谱构建、酶切位点分析、序列比对等多种功能，可以满足不同生物学研究人员对相应序列进行分析的操作。

1 SnapGene常用功能

1.1 质粒图谱

以pUC57质粒为例，怎样画出其质粒图谱呢？

首先我们在NCBI上下载pUC57的FASTA序列。打开SnapGene，选择第一个功能New DNA File，将序列粘贴进去后，点击【OK】。（这里由于是环状质粒，所以选择了默认的Circular）软件自动识别除了9个通用的元件，包括氨苄抗性基因（AmpR）、lac操纵子、复制起点（ori）等，点击【Add 9 features】，进入SnapGene的主界面。

（图片来源：软件截图）

进入主界面后，可以看到上面一排是工具栏，下面是几个界面，对应的功能如下：

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1.2 质粒图谱的具体编辑方法

（1）序列标注

由于之前打开序列文件的时候，软件自动识别出了9个常见的元件，所以也同时自动生成了载体图谱。而当我们点击Sequece界面时，也可以看到相应的元件已经标注在序列上了。

（图片来源：软件截图）

当然我们也可以自己编辑，双击lacZa的文字即可进入feature编辑界面，可以编辑序列名称、方向、范围以及颜色等信息，编辑完成后点【OK】，Sequence界面就会出现相应的序列注释信息。

如果我们要新添加一段序列注释，则选择相应序列，点击工具栏【Features】—【Addfeature】，同样会进入Feature编辑界面。

（图片来源：软件截图）

（2）设计引物

我们可以直接在序列上添加引物，当我们选中一段序列后，软件会直接给出序列长度和Tm值，可以据此调整引物序列。

点击工具栏中的【Primers】—【Add primers】，进入引物编辑界面，可设计正向或者反向引物，编辑好引物名称后点击【Add Primers to Template】，即可在Sequence界面看到编辑好的引物序列。

（图片来源：软件截图）

（3）图谱导出

单击工具栏【File】—【Export】—【Map】，即可导出质粒图谱，支持多种格式，包括常见的图片格式TIFF、PNG等，也可以生成PDF文档。

（图片来源：软件截图）

2 序列对比

序列比对的软件有很多，SnapGene用于序列比对的优势在于其序列是双向的，比对时不用考虑序列方向问题。

操作也比较简单，左侧工具条最下方的按钮就是序列比对，点击后导入需要比对的序列即可。比对结果中比对不上的地方用红色标注。

（图片来源：软件截图）

另外SnapGene也支持测序文件导入（.abi文件），例如我们先打开一个参考序列，再通过序列比对按钮将需要比对的测序文件都打开，就能获得多序列比对的结果，点击左侧序列则能直接查看峰图，非常方便。

（图片来源：软件截图）

结语

关于SnapGene的基本用法就先介绍到这里，其实SnapGene还有很多强大的功能，比如Tools工具中的模拟电泳，Actions工具中的模拟Gateway和infusion克隆等。在此不做进一步的介绍，如果有需要，欢迎大家在文后留言。

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