gmx_MMPBSA--计算蛋白-配体自由能及能量分解

GitHub中gmx-MMPBSA的蛋白-配体自由能计算命令：

[user@localhost gmx-mmpbsa]$ mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct com_traj.xtc -rs rec.pdb -ri rec_index.ndx -rg 1 -rt rec_traj.pdb -lm ligand.mol2 -ls lig.pdb -li lig_index.ndx -lg 2 -lt lig_traj.pdb

自己跑完动力学模拟，用gmx-MMPBSA计算自由能时，文件如下：

[user@localhost gmx-mmpbsa]$ ll
total 10232
-rw-r--r--. 1 user user 5822352 Jul 28 05:09 fbd.xtc           # 轨迹文件
-rw-r--r--. 1 user user 1565085 Jul 28 05:09 index.ndx		   # index文件
-rw-r--r--. 1 user user 3075492 Jul 28 05:09 md.tpr				#tpr文件
-rw-rw-r--. 1 user user     731 Jul 28 05:09 mmpbsa.in			#计算gmx-MMPBSA计算的输入参数文件
-rw-rw-r--. 1 user user    2591 Jul 28 05:09 UNK_bcc_gaff.mol2	#用AmberTools + Acpype生成配体的拓扑文件时，产生的mol2文件

其中mmpbsa.in内容如下代码所示，其中print_res有三种模式
1）指定输出残基能量贡献：print_res= “A/334,335,223,285 C/365”，
# A是蛋白A链，C是配体单独生成的链
2）指定配体几埃以内的残基能量贡献：print_res=“within 4”
3）输出蛋白内所有残基能量贡献：print_res=“all”

[user@localhost gmx-mmpbsa]$ cat mmpbsa.in
&general
  endframe = 9999999
  entropy_temp = 298
  exp_ki = 0
  full_traj = 0
  gmx_path = "/usr/local/gromacs/bin/"
  interval = 1
  ions_parameters = 1
  keep_files = 2
  forcefields = "oldff/leaprc.ff99SB,leaprc.gaff"
  ligand_forcefield = "leaprc.gaff"
  protein_forcefield = "oldff/leaprc.ff99SB"
  startframe = 1
  strip_mask = ":WAT,Cl*,CIO,Cs+,IB,K*,Li+,MG*,Na+,Rb+,CS,RB,NA,F,CL"
  sys_name = "Decomposition"
  temperature = 298
  verbose = 2
/
&gb
  igb = 5
  intdiel = 1
  saltcon = 0.15
  probe = 1
/
&decomp
idecomp=2, dec_verbose=3,csv_format=1,
print_res= "A/334,335,223,285 C/365"   # C/365是配体，这个一定要加上，不然就会报错
#check _GMXMMPBSA_COM_FIXED.pdb file to select which residues are going to be printed in the output file
#print_res="within 4"  # 统计配体4埃以内残基能量贡献
#print_res="all"       # 计算蛋白中所有的残基能量贡献

接下来就可以计算：

[user@localhost gmx-mmpbsa]$ nohup mpirun -np 4 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 14 -ct fbd.xtc -lm UNK_bcc_gaff.mol2 > mmpbsa.log & top

计算完会弹出gmx_MMPBSA_ana的运行窗口，如下两图所示：


点击”Accept“，gmx_MMPBSA_ana就会载入gmx_MMPBSA计算的结果数据，点击就可以查看想看的数据图片：

参考网页：
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/examples/Protein_ligand/MT/
https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA/tree/master/docs/examples/Protein_ligand/MT