gromacs

JCIM | 在gromacs中进行恒定ph模拟

最近，这样一项技术引入到了Gromacs中。
药研猿·2024-02-07 05:36

Gromacs相关(还未来得及看，留个坑)

[GROMACS]关于预平衡步骤的确定以及mdp文件中wall设置的提问[GROMACS]求助gromacs中的top文件生成问题几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具Restraints自写脚本创建非标准残基蛋白的
病树前头·2024-01-28 08:31

第一性原理——模拟计算

机器学习，可为催化、电池、能源、化工、生物等重多领域提供技术支持，计算软件包含，VASP，MS，QE，wannier90、boltztrap，ANSYS、Abaqus、COMSOL、Lammps、VASP、gromacs
巨蟹座守护骑士·2023-12-22 21:34

分子对接——模拟计算

机器学习，可为催化、电池、能源、化工、生物等重多领域提供技术支持，计算软件包含，VASP，MS，QE，wannier90、boltztrap，ANSYS、Abaqus、COMSOL、Lammps、VASP、gromacs
巨蟹座守护骑士·2023-12-22 21:34

gromacs学习及使用(3)

1.GROMACS分子动力学模拟教程：多肽-蛋白相互作用8.溶剂和氢原子位置的弛豫:位置限制MDgmxgrompp-v-f03_nvt_pr1000_PME.mdp-cprotein-EM-solvated.gro-pprotein.top-oprotein-NVT-PR1000
病树前头·2023-12-02 03:09

gromacs学习及使用(1)

1.Gromacs的使用2.Gromacs的第一步_能量最小化3.分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤（空蛋白）4.GROMACS优化(没看懂)5.GROMACS快速入门（有好东西）GROMACS中文教程
病树前头·2023-12-02 03:08

Gromacs 第二步——NVT平衡

还记得第一步的能量最小化嘛？在能量最小化之后，我们得到的体系处于能量最低的状态，能量最低的状态，也就是最稳定的状态。我们要在心里一定要知道，在模拟的过程中是不涉及到键的生成和断裂的，所以这要求我们对力场的选择需要十分谨慎，当然这是后话。既然不涉及到键的生成和断裂，那么我们如何去看待这里的能量最小化呢，这其实意味着整个系统的各个键角，键长，扭矩等能量都处于最低的状态，在生命中的大部分物质都处于这个状
弓杯蛇影·2023-12-02 03:06

Gromacs（三） NPT平衡

还记得上一节讲的NVT平衡吗？我们用周期性边界条件来满足粒子数不变，用粒子的速度符合该温度下喀尔兹曼分布来满足温度不变的限定，由于盒子的体积固定，所以我们并没有加以限制。但是在NPT平衡中，我们需要面对这个问题，如何让压力恒定，我们的做法就是改变盒子的大小，与恒温器相同，我们这里用的是barostat（恒压器），他会随着盒子压力的变化来改变盒子的体积以保证压力的不变，这是最符合实验条件下的系综了。
弓杯蛇影·2023-12-02 03:06

gromacs 安装_GROMACS简介与安装

在分子动力学的模拟研究中，一款开源、自由、免费的软件GROMACS得到了广泛的应用。它可以用于几百万个粒子体系的分子
weixin_39936380·2023-12-02 03:36

分子动力学模拟-gromacs的基本使用

由pdb文件生成拓扑文件本文档转写自gromacs教程，用以记录学习过程gromacs推荐使用conda安装:condainstall-cbiocondagromacs下载pdb文件：从RCSB其检索号为
独木小舟去大海·2023-12-02 03:36

分子动力学模拟学习2-Gromacs运行分子动力学模拟

1.把上一步生成的Enzyme.gro和Enzyme.top文件改个名字cpEnzyme.toptopol.topcpEnzyme.grocomplex.gro2.能量最小化首先准备能量最小化mdp文件em_real.mdp，示例如下;minim.mdp-usedasinputintogrompptogeneratereal_em.tpr;Parametersdescribingwhattodo,
TruelyBe·2023-12-02 03:36

gromacs ngmx_GROMACS教程

GROMACS程序DEMO例程#######################概述#######################--------------------------------------
恋山堂掌柜·2023-12-02 03:06

linux的gromacs模拟分子运动,GROMACS分子动力学模拟技术与应用

该楼层疑似违规已被系统折叠隐藏此楼查看此楼“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”课程内容分子动力学模拟基础1分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理介绍1.1统计力学基本假设1.2统计概率1.3配分函数的定义
流年二十春·2023-12-02 03:06

linux系统gromacs使用教程,GROMACS教程：Xmgrace学习笔记

整理:李卫星;补充:李继存对于用惯Windows]的人,在Linux下画图有点不方便,gnuplot虽然挺不错,但是不能直接在图上进行操作,这是它的不足吧.为此,简单介绍一下xmgrace.安装Linux系统Linux下xmgrace可以直接用命令sudoapt-getinstallxmgrace来安装,也可以下载软件包自己编译.官网http://plasma-gate.weizmann.ac.i
下大垅·2023-12-02 03:05

Gromacs基础教程一：入门建议

本系列教程针对的群体：非计算化学专业，而是偏生物方向的、有少量分子动力学模拟需求的人群。比如我本人当时在一个抗体工程实验室，之前从未接触过计算化学相关，甚至没有编程基础，课题组里面没有人接触过计算化学，也没有任何能讲授相关背景知识的人，但导师需要在一周到两周的时间内给出阶段性成果。所以比起懂与不懂，我们更关注时间，就算是一开始囫囵吞枣地做出一点什么东西，那也比卡壳了好久都做不出来强。首先肯定要从构
Mornight_黎英·2023-12-02 03:35

GROMACS软件

GROMACS介绍GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。科技的发展已然遍布世界，对于事物的探讨尤其是对微观动力学现象的研究越来越依赖于计算机。
dltan·2023-12-02 03:35

gromacs进阶学习

除了我们常看的gmxmanual以外，官网上还有很多信息，多看看对理解gmx有好处，以下我把官网上的信息大致列出来，大家看看有没有感兴趣的专题：Gromacs总共分为以下几栏AboutGromacsDeveloperZone
weixin_30655219·2023-12-02 03:35

蛋白质配体复合物-分子动力学模拟Gromacs

前言本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。
TD_FF·2023-12-02 03:04

分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤（空蛋白）

前言本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。
TD_FF·2023-12-02 03:33

gromacs学习及使用(2)

命令解释参考GROMACS基本教程整个流程参考分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤（空蛋白）从gromacs5.0版本开始，所有的工具都是“gmx”的子模块。
病树前头·2023-12-02 03:03

gromacs PCA 做自由能景观图

在文献中看到有人做自由能景观图，记录下自己的操作过程参考http://www.kangsgo.com/49.htmlhttp://sobereva.com/73https://www.zhihu.com/question/19895566跑完动力学后蛋白比对gmxtrjconv-fmd.xtc-smd.tpr-fitrot+trans-omdfit.xtc选择backbone以及system用于输
xiaolan39·2023-10-10 19:46

Gromacs中的g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能不准确

g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能总是不准确@TOC在做的两个项目中，利用g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能结果非常不可靠，底物带两个硫酸根离子，g_mmpbsa在计算带电的底物与酶的结合能时总是不准确，因此后续若底物带电，可能不适合用g_mmpbsa计算。欢迎使用Markdown编辑器你好！这是你第一次使用Markdown编辑器所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown
xiaolan39·2023-10-10 19:46

2023-CADD、AIDD/分子对接、gromacs分子动力学全程实操、代谢组学

CADD(ComputerAidedDrugDesign):计算机辅助药物设计，依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果，针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物设计靶点，并参考其它类源性配体或天然产物的化学结构特征，以计算机化学为基础，通过计算机的模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的相互作用，考察药物与靶点的结构互补、性质互补等，设计出合理的药
itwangyang520·2023-10-05 10:38

GROMACS Tutorial 5: Protein-Ligand Complex 中文实战教程

GROMACSTutorial5:Protein-LigandComplex中文实战教程前言系统环境特别强调一、预处理阶段1.1蛋白质配体分离以及除水操作1.2选择力场识别JZ4配体1.2.1使用在线力场解析1.2.2使用官方推荐力场CHARMM36解析1.3蛋白的top文件准备1.4配体的top文件准备1.5使用CgenFF生成配体top文件1.6组合蛋白质和配体，修改生成的gro文件和top文
菠菠萝宝·2023-10-03 23:44

服务器离线安装gromacs5.0.7详细教程

然后：sudoyuminstallgccsudoyuminstallgcc-c++sudoyuminstallgfortran编译安装cmake安装gromacs5.0.7时需要用cmake编译。
昌南何许人·2023-09-29 00:19

Gromacs 续跑和画图

Gromacs续跑和画图GROMACS（GroningenMachineforChemicalSimulations）是一款用于分子动力学模拟的开源计算化学软件包。
MurphyStar·2023-09-22 19:43

恒定PH值分子动力学模拟

遗憾的是Gromacs暂不支持恒定PH条件下的模拟，因为这涉及到了蛋白表面残基质子化状态需要时刻改变。
药研猿·2023-09-21 23:17

GROMACS Tutorial 1: Lysozyme in Water 中文实战教程

GROMACSTutorial1:LysozymeinWater中文实战教程前言系统环境特别强调一、预处理阶段1.1补全原子或残基1.2删除水分子1.3生成top文件等位置限制文件二、定义盒子及添加溶剂2.1定义盒子2.2加入溶剂三、添加离子3.1使用mdp参数文件生成tpr文件3.2离子的加入3.3添加离子特别注意事项四、能量最小化4.1用mdp配置文件生成能量最小化的tpr文件4.2进行能量最
菠菠萝宝·2023-09-21 21:46

g_mmpbsa：Gromacs 插件，计算MM/PBSA

ContentsInstallationTutorial1:BindingEnergyofSingleProtein-InhibitorComplexThreestepscalculationOnestepcalculationAverageBindingEnergyCalculationTutorial2:EnergyContributionofResiduestoBindingUsageg_m
CocoCream·2023-09-13 21:29

GROMACS的安装以及部分常见报错

开始安装之前需要准备一些东西（这些的具体安装方式下面会讲的，不过喜欢自己配置环境的话也可以手动捣鼓）：1.可以运行的Linux机器（下面说明用到的都是Centos7.x的版本，另外我用到的是阿里云的云服务器）2.1cmake3（下面教程有傻瓜版安装。手动安装可以参考https://blog.csdn.net/zjb18741809273/article/details/119192553；不过编译
CocoCream·2023-09-13 20:59

GROMACS Tutorial 2 for Membrane Protein & Build Membrane Bilayer with CHARMM-GUI

KALP15inDPPCIntroduction1.Tutorial'sMethodpdb2gmxTopologyBuildingtheUnitCell1.Orienttheproteinandmembrane2.Packthelipidsaroundtheprotein3.SolvatewithwaterAddingIons2.BuildingwithCHARMM-GUIStep1ReadPro
CocoCream·2023-09-13 20:59

GROMOS拓扑（、坐标、轨迹、能量）相关文件解读&手册第5章阅读笔记II

本文将介绍一些借助gromacs模拟时生成或运用的文件，更细致的内容可以参考官方手册（https://manual.gromacs.org/current/reference-manual/file-formats.html
CocoCream·2023-09-13 20:59

整理的几种适用于GROMACS输入的小分子拓扑文件获取流程

最近在研究底物结合的时候，用新手教程提供的方案得到的拓扑惩罚值太高（可能我的那个ligand结构太奇怪了）,所以（被迫）搜寻了其他几种优化小分子拓扑的方法。目前有很多生成小分子拓扑和力场的网站or软件，可以满足不同的动力学模拟软件和力场，sob的这篇文章有很好的归纳，然后笔者尝试了其中几种，将所得结果比较完美的方法的流程记录如下：preparatorywork一般来说，为了构建一个适用于GROMA
CocoCream·2023-09-13 20:59

Gromacs模拟体系构建----进阶版

Gromacs是目前广泛使用的分子模拟软件，其在生物、材料等领域的模拟表现出较为突出的优势。之前，本公众号介绍过一系列体系的模拟以及gromacs的使用办法和教程。
CAE320·2023-09-09 14:25

用Gromacs对蛋白与小分子进行模拟

本文主要参考Gromacs官方的教程，另外关于amber的部分主要参考了antechamber和acpype用Gromacs对蛋白与小分子进行模拟最重要的是要生成小分子的力场文件。
华山论剑·2023-09-04 20:37

国际版阿里云/腾讯云：弹性高性能计算E-HPC入门概述

下文以创立集群，在集群中安装GROMACS软件并运转水分子算例进行高性能核算为例，介绍弹性高性能核算的运用流程，帮助您快速上手运用弹性高性能核算。运用流程如下图所示。
TG_laoying06·2023-09-03 04:13

Gromacs分子动力学培训通知

一，软件介绍GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。科技的发展已然遍布世界，对于事物的探讨尤其是对微观动力学现象的研究越来越依赖于计算机。.
CAE320·2023-08-06 02:55

Gromacs-plumed元动力学

标准的meta动力学模拟需要设定如下标准参数metad:ARG=__FILL__PACE=__FILL__HEIGHT=__FILL__BIASFACTOR=__FILL__SIGMA=__FILL__FILE=__FILL__GRID_MIN=__FILL__GRID_MAX=__FILL__GRID_BIN=__FILL__TEMP=__FILL__ARG:需要添加高斯偏置势的集合变量CV(e
药研猿·2023-07-31 07:53

Gromacs安装

#Gromacs软件在新集群机器指南##简介  Gromacs是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。
今天月亮不加班·2023-06-10 10:46

Gromacs 2021.5安装教程

安装的版本是：2021.5安装教程可以参考：https://manual.gromacs.org/documentation/2020/install-guide/index.html#quick-and-dirty-installation
wufeil·2023-06-09 12:23

GROMACS复杂体系构建之利用CHARMM-GUI工具

之前本公众号介绍过GROMACS中膜蛋白体系的构建。按照官方的介绍，通过将磷脂构象盒力场准备好，然后在模拟盒子内进行磷脂的组装，最后将蛋白嵌入在磷脂膜内。
CAE320·2023-06-08 05:30

蛋白-配体相互作用、柔性对接及基于结构的虚拟筛选、基于药效团虚拟筛选、构效关系模型预测分子活性

其它相关课程：《Amber分子动力学技术与应用专题培训》、《Gromacs分子动力学技术与应用专题培训》、《人工智能药物设计技术与应用专题培训》、《新药先导化合物的虚拟筛选技术与实践专题培训》具体介绍请咨询联系人
桃子0·2023-04-20 14:16

GROMACS-20190227

最近在学习分子动力学，先从GROMACS开始。
ZeroDesigner·2023-02-17 12:16

Gromacs笔记 文件类型

前言：前几个月受openFoam折磨一番后，这两周继续回来学习Gromacs.这两个开源软件都体现了Linux系统“一切皆文件”思想，参数条件是文件，中间数据是文件，指令是文件等等；而且把不同的功能（前者的网格生成
一般会社·2023-02-06 03:53

gromacs续跑

gromacs中续跑的指令是mdrun-s*.tpr-cpi。有时也会因为初始设定的模拟时间不够长，想延长模拟时间。这时候用到的指令是tpbconv，以改变.tpr里设定的模拟时间。
昌南何许人·2023-02-05 16:00

PyAutoFEP Tutorial--基于Gromacs

PyAutoFEP自由能微扰计算–基于Gromacs简介注意：以下教程假定读者熟悉分子动力学(MD)和自由能微扰(FEP)理论。此外，了解GROMACS工具、拓扑和输入文件也很有用。
发呆的比目鱼·2023-02-01 09:26

Gromacs&g_mmpbsa安装教程

1、下载安装cmake-3.14.1不好使用yum直接安装cmake因为yum下载的cmake版本过低，不适用于gromacs的编译cmake官网下载安装包https://cmake.org/download
yangbobor·2023-01-14 21:28

Gromacs g_mmpbsa结合能分析

利用g_mmpbsa计算时的命令：这里有一步法，也有三步法三步法的命令：a:计算真空中的势能g_mmpbsa-fmd_0_100_center.xtc-smd_0_100.tpr-nindex.ndx-pdie2-decomp产生两个文件energy_MM.xvgandcontrib_MM.datb:计算极性溶剂化能g_mmpbsa-fmd_0_100_center.xtc-smd_0_100.t
xiaolan39·2023-01-14 21:58

gmx一定要在linux下运行么,gmx_mmpbsa使用说明

简介gmx_mmpbsa用于计算GROMACS轨迹的MMPBSA结合能,并进行能量分解.计算时,MM部分由脚本自行完成,PBSA部分借助APBS程序完成.因此,在使用gmx_mmpbsa前,必需安装好GROMACS
小野校长·2023-01-14 21:28

分子动力学模拟学习3-Gromacs数据处理

1.周期性边界处理：gmxtrjconv-smd.tpr-fmd.xtc-omd_noPBC.xtc-pbcmol-center#选择1("Protein")作为置中的组分，选择0("System")作为输出2.计算RMSD：gmxmake_ndx-fcomplex.gro-ormsd_index.ndx#新建用于计算RMSD的ndx文件，并在此运行下输入下列命令4&r1-303#新建4&待分析氨
TruelyBe·2023-01-14 21:28
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