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生信小技巧学习笔记生物信息r语言GEO数据库数据库
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- 生物信息名词汇总|生物信息基础知识
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生信小技巧学习笔记
生物信息名词汇总|生物信息基础知识GWAS-Genome-wideassociationstudies,全基因组关联研究:用于识别遗传区域(基因组)和性状/疾病之间关联的方法。Predixcan:GWAS找到大量的SNP,可是可以解释生物学功能的SNP位点却是很有限的。gene-based关联分析软件——PredicXcan。PrediXcan包括两个步骤:-在具有可用基因型的队列中预测基因表达(
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小明的数据分析笔记本
链接是https://bioinformatics.uconn.edu/resources-and-events/tutorials-2/这个是康涅狄格大学(UniversityofConnecticut)提供的一份教程,主要的内容包括1、生物信息学中经常用到的文件格式image.png2、linux操作系统和R语言的基础知识image.png3、转录组数据的处理流程image.png这里包括有参
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Lossya
机器学习概率论人工智能朴素贝叶斯共轭先验
引言朴素贝叶斯方法是一种基于贝叶斯定理的简单概率模型,它假设特征之间相互独立。文章目录引言一、朴素贝叶斯方法的概率图表示1.1节点表示1.2边表示1.3无其他连接1.4总结二、朴素贝叶斯的应用场景2.1文本分类2.2推荐系统2.3医疗诊断2.4欺诈检测2.5情感分析2.6邮件过滤2.7信息检索2.8生物信息学三、朴素贝叶斯的优点四、朴素贝叶斯的局限性4.1特征独立性假设4.2敏感于输入数据的表示4
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生信之转录组——上游分析生信之转录组——下游分析学习方法r语言数据分析数据库数据挖掘需求分析大数据
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生物信息学Blast生物数据分析
在生物信息学的广阔领域中,NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation,美国国立生物技术信息中心)开发的BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool,基本局部比对搜索工具)无疑是一把不可或缺的分析工具。NCBIBLAST+,作为其最新版本2.16.0+,为科研工作者提供了一套强大的序列比对和搜索功能,帮助解析生命现象背后的遗
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图论深度优先算法架构后端前端面试
图论简介图论是一门数学分支,主要研究图(Graph)的性质、结构和应用。图论在计算机科学、网络理论、优化问题、生物信息学等多个领域都有广泛的应用。本文将简要介绍图论的基本概念、常见算法及其在实际中的应用。一、图的基本概念图(Graph):图是由一组顶点(Vertices)和连接顶点的边(Edges)组成的结构。可以表示为(G=(V,E)),其中(V)是顶点的集合,(E)是边的集合。根据边的不同属性
- 生信圆桌:专业生信服务器与平台服务的提供者
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生信圆桌是一个专注于提供生物信息学(生信)服务器和平台服务的领先企业,致力于为全球科研机构、企业和独立研究者提供高性能的生信分析解决方案。随着生物信息学研究对计算资源的需求日益增加,生信圆桌凭借其先进的服务器技术和专业的服务团队,成为了生信领域中不可或缺的合作伙伴。访问生信圆桌,使用生信云。高效分析少走弯路www.tebteb.cc生信圆桌的核心服务高性能生信服务器定制:生信圆桌为客户提供定制化的
- 用Python实现生信分析——基序(Motif)识别详解
写代码的M教授
生信分析python开发语言
1.什么是基序(Motif)?在生物信息学中,基序(Motif)是指在生物序列(如DNA、RNA或蛋白质序列)中具有特定功能或结构的短序列片段。基序通常在生物进化中得到保留,因为它们在生物学功能中起着重要作用。例如,在DNA序列中,基序可能是一个转录因子结合位点;在蛋白质序列中,基序可能是一个具有特定功能的结构域。基序识别是指从一组生物序列中识别出保守的短序列片段,这对于功能预测、基因调控网络分析
- 数据结构与算法——动态规划
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目录引言最优子结构重叠子问题打家劫舍(LeetCode198题)经典例题1.爬楼梯(LeetCode70题)2.斐波那契数列(LeetCode126题)3.最长公共子序列(LeetCode95题)引言动态规划(DynamicProgramming,简称DP)是一种在数学、计算机科学、经济学和生物信息学等领域广泛使用的算法设计技术。它通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式,来求解复杂问题。动态规划
- 深度学习——概念引入
韶光流年都束之高阁
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深度学习深度学习简介深度学习分类根据网络结构划分:循环神经网络卷积神经网络根据学习方式划分:监督学习无监督学习半监督学习根据应用领域划分:计算机视觉自然语言处理语音识别生物信息学深度学习简介深度学习(DeepLearning,DL)是机器学习领域中的一个新的研究方向,主要是通过学习样本数据的内在规律和表示层次,让机器能够具有类似于人类的分析学习能力。深度学习的最终目标是让机器能够识别和解释各种数据
- 考研调剂:中医生命科学
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科学网—考研调剂——欢迎研究生调剂到我们的招生专业方向“中西医结合基础”:中医药与肠道菌群、生物信息学等交叉学科-张成岗的博文http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=40692&do=blog&id=1281078欢迎各位有志于从事中医生命科学、解码中医、中西医结合以及医学与数学、计算机科学等交叉学科研究的青年才俊加入我们的研究团队,共同见
- 2020-04-07
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学习小组Day2笔记--linux入门(刘阳)1.为什么学习linux大多数人用的是可视化界面,便捷的windows,linux用户量比较少,但是需要知道,linux的功能相当的强大,对于数据处理、程序运行方面的优势,那是其它的系统无法比拟的,生物信息学数据处理对电脑要求较高,因此学习linux,,嘿嘿,大势所趋。2.linux操作2.1登录远程登录linux服务器,好像有很多连接软件,今天尝试应
- Bioinformatic workflow
小潤澤
给大家推荐个网站:https://bioinformaticsworkbook.org/projectManagement/Intro_projectManagement#gsc.tab=0这个网站适合于刚入门的生物信息同学,里面涉及到一些NGS的流程软件介绍以获得原作者的授权:原推文链接:https://twitter.com/tangming2005/status/12401074132289
- Python在生物信息学中的应用:有序字典
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我们知道,通过{}创建的字典是无序的。如何创建有序字典呢?解决方案可以使用collections模块中的OrderedDict类。当对字典做迭代时,它会严格按照元素添加的顺序进行。例如:from collection import OrderedDictd=OrderedDict()d['1st'] = 1d['2nd'] = 2d['3rd'] = 3d['4th']=4forkeyind:
- Python在生物信息学中的应用:同时对数据做转换和换算
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我们需要调用一个换算(reduction)函数,例如sum()、min()、max()等,但首先得对数据做转换或筛选。解决方案一种优雅的方式能将数据换算和转换结合在一起,即在函数中使用生成器表达式。例如,要计算平方和,可以这样:nums=[1,2,3,4,5]s=sum(x*xforxinnums)更多的例子:#Determineifany.pyfilesexistinadirectoryimpo
- Python在生物信息学中的应用:列表推导式
简说基因-专业生信合作伙伴
pythonwindows开发语言
列表中有一些数据,我们想提取或删除某些值,该怎么办?解决方案最简单的方法是使用列表推导式(listcomprehension)。例如:>>>mylist=[1,4,-5,10,-7,2,3,-1]>>>[nforninmylistifn>0][1,4,10,2,3]>>>[nforninmylistifn>>列表推导式的使用需要注意其内存占用,当原始列表比较大时,其内存占用较高,可以使用生成器表达
- 最长公共子序列(LCS)
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定义(维基百科)在一个序列集合中(通常为两个序列)查找所有序列中最长的子序列。这与查找最长公共子串的问题不同的地方是:子序列不需要在原序列中占用连续的位置。最长公共子序列问题是一个经典的计算机科学问题,也是数据比较程序,比如Diff工具和生物信息学应用的基础。它也被广泛地应用在版本控制,比如Git用来调和文件之间的改变解决方案这类问题通常都是采用动态规划的思想来解决,核心就是构造出动态解决方程。以
- 自学生物信息学
gtt儿_生物信息学习
我是生物工程专业出身,在大三保研时选择了生物信息的道路,到现在为止已经在行业里摸爬滚打了6年的时间,在这6年的学习之路上疑惑过,也迷茫过,特此把我学习的过程以及遇到的问题总结出来以让大家避免出现同样的问题。在我学习生物信息过程的基础上带着大家顺畅的走一遍。在学习生物信息学之前,我们先来了解一下什么是生物信息学。生物信息学,顾名思义,生物学和信息学的结合。生物学,这个对大家比较简单,基本入生信行的同
- 我们能成为孩子的上帝吗—— 谁来管理非法行医的贺建奎
闲月农
贺建奎,原南方科技大学副教授,毕业于美国斯坦福大学,拥有多学科交叉的背景,并在基因测序仪研究,CRISPR基因编辑,生物信息学等多个领域取得研究突破。2018年11月26日,贺建奎“基因编辑婴儿”事件引发轩然大波。2018年12月19日,贺建奎入选《Nature》年度十大科学人物。2019年4月18日,上榜美国《时代》杂志(Time)2019年度全球百位最具影响力人物榜单。2019年12月30日,
- 2022-01-27
学习生信的小兔子
参考:生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是测序得到的序列信息,一般用ATCGN来表示,其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号;第3行以“+”开始,可以储存一些附加信息,但目前的测序fastq文件这一行一般是空的。第4行储存的是质量信息,与第2行的碱基序列是一一对应的,其中的每一个符号对应的ASCII值是经过换
- 金域医学:医检行业顶级学术委员会成立,钟南山院士任主席
里昂杰森
4位院士领衔23位顶级专家加盟,金域医学“最强大脑”助力中国医学检验2017年12月1日,国内第三方医学检验行业的开拓者和引领者广州金域医学检验集团在广州国际生物岛总部,召开金域医学学术委员会成立大会暨金域学术汇报会由呼吸系统疾病专家、中国工程院院士钟南山出任委员会主席,医学遗传学家、中国工程院院士曾溢滔,生物信息学家、中国科学院院士陈润生,以及我国著名肾脏病专家、中国科学院院士侯凡凡出任委员会顾
- 机器学习系列——(十九)层次聚类
飞影铠甲
机器学习机器学习聚类人工智能
引言在机器学习和数据挖掘领域,聚类算法是一种重要的无监督学习方法,它试图将数据集中的样本分组,使得同一组内的样本相似度高,不同组间的样本相似度低。层次聚类(HierarchicalClustering)是聚类算法中的一种,以其独特的层次分解方式,在各种应用场景中得到广泛应用,如生物信息学、图像分析、社交网络分析等。一、概述层次聚类算法主要分为两大类:凝聚的层次聚类(AgglomerativeHie
- 东南大学-生物信息学
wangchuang2017
http://www.lmbe.seu.edu.cn/chenyuan/xsun/bioinfomatics/Web/Index.html目录image第1章生物信息学引论第2章生物信息学的生物学基础第3章序列比较第4章生物分子数据库第5章基因组信息分析第6章系统发生分析第7章蛋白质结构预测第8章基因表达数据分析附录常用基本词汇表
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医学和生信笔记
本文首发于公众号:医学和生信笔记医学和生信笔记,专注R语言在临床医学中的使用,R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。现在使用TCGAbiolinks下载转录组数据后,直接是一个SummarizedExperiment对象,这个对象非常重要且好用。因为里面直接包含了表达矩阵、样本信息、基因信息,可以非常方便的通过内置函数直
- R语言可视化学习笔记之ggridges包
生信宝典
R生物信息生物信息可视化
作者:严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源。严涛老师的绘图教程还有:gganimate|诺奖文章里面的动图布局教程来了!!ggplot2学习笔记之图形排列R包ggseqlogo|置换序列分析图ggplot2高效实用指南(可视化脚本,工具,套路,配色)简介ggridges。主要包用来绘制山峦图产品尤其的英文针对时间或者空间分布****可视化。具有十分好的效
- microRNA数据库与预测、功能分析软件大全
Seurat_Satija
在microRNA的研究中,生物信息学发挥越来越重要的作用,以下是microRNA相关的数据库与预测、功能分析软件,绝对值得收藏。1.miRBase:http://www.mirbase.orgmiRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词
- (悬疑 幻想)我 (28) 许益杰的行踪
梦幻泡影1980
魏虹话音刚落,张沃之和樊志滨都不约而同地惊呼道:“死者怎么可能会是王万杰?”“一定就是他!这回我绝不会弄错!上次,就是因为他的死而复生才使我的业务水准备受质疑!可谁能料想,一个被我和拘留所的王法医都鉴定为窒息身亡的犯人居然死而复生了!因此在事发之后,我特意保留了王万杰所有的生物信息。没想到这些数据还真和抛尸案的死者对上了号!”魏虹似乎很有把握。“沃之,这小子不是早就被你们释放了么?为什么他又能在近
- 从列表中删除元素|自学生信Python(第十六天)
天明豆豆
从列表中删除元素Python有从数据结构对象,如列表和字典中去除数据项的函数。写在前面的话:本人是一枚生物学的学生,由于对生物信息学特别感兴趣,于是想自学生物信息学(新手莫怪)。了解到生物信息学要有编程基础,尤其是要会一门编程语言,例如:R语言、Python、Perl等,还要熟悉Linux系统,作为生信小白,听说Python挺简单的,于是就自学了Python,花了两天时间了解了Python的基础语
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cocos2d-x小菜
javaUIPHPandroidlinux
╔-----------------------------------╗┆
- 各表中的列名必须唯一。在表 'dbo.XXX' 中多次指定了列名 'XXX'。
bozch
.net.net mvc
在.net mvc5中,在执行某一操作的时候,出现了如下错误:
各表中的列名必须唯一。在表 'dbo.XXX' 中多次指定了列名 'XXX'。
经查询当前的操作与错误内容无关,经过对错误信息的排查发现,事故出现在数据库迁移上。
回想过去: 在迁移之前已经对数据库进行了添加字段操作,再次进行迁移插入XXX字段的时候,就会提示如上错误。
&
- Java 对象大小的计算
e200702084
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Java对象的大小
如何计算一个对象的大小呢?
 
- Mybatis Spring
171815164
mybatis
ApplicationContext ac = new ClassPathXmlApplicationContext("applicationContext.xml");
CustomerService userService = (CustomerService) ac.getBean("customerService");
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- JVM 不稳定参数
g21121
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-XX 参数被称为不稳定参数,之所以这么叫是因为此类参数的设置很容易引起JVM 性能上的差异,使JVM 存在极大的不稳定性。当然这是在非合理设置的前提下,如果此类参数设置合理讲大大提高JVM 的性能及稳定性。 可以说“不稳定参数”
- 用户自动登录网站
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1.目标:实现用户登录后,再次登录就自动登录,无需用户名和密码
2.思路:将用户的信息保存为cookie
每次用户访问网站,通过filter拦截所有请求,在filter中读取所有的cookie,如果找到了保存登录信息的cookie,那么在cookie中读取登录信息,然后直接
- centos7 安装后失去win7的引导记录
程序员是怎么炼成的
操作系统
1.使用root身份(必须)打开 /boot/grub2/grub.cfg 2.找到 ### BEGIN /etc/grub.d/30_os-prober ### 在后面添加 menuentry "Windows 7 (loader) (on /dev/sda1)" { 
- Oracle 10g 官方中文安装帮助文档以及Oracle官方中文教程文档下载
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Oracle 10g 官方中文安装帮助文档下载:http://download.csdn.net/tag/Oracle%E4%B8%AD%E6%96%87API%EF%BC%8COracle%E4%B8%AD%E6%96%87%E6%96%87%E6%A1%A3%EF%BC%8Coracle%E5%AD%A6%E4%B9%A0%E6%96%87%E6%A1%A3 Oracle 10g 官方中文教程
- JavaEE开源快速开发平台G4Studio_V3.2发布了
無為子
AOPoraclemysqljavaeeG4Studio
我非常高兴地宣布,今天我们最新的JavaEE开源快速开发平台G4Studio_V3.2版本已经正式发布。大家可以通过如下地址下载。
访问G4Studio网站
http://www.g4it.org
G4Studio_V3.2版本变更日志
功能新增
(1).新增了系统右下角滑出提示窗口功能。
(2).新增了文件资源的Zip压缩和解压缩
- Oracle常用的单行函数应用技巧总结
百合不是茶
日期函数转换函数(核心)数字函数通用函数(核心)字符函数
单行函数; 字符函数,数字函数,日期函数,转换函数(核心),通用函数(核心)
一:字符函数:
.UPPER(字符串) 将字符串转为大写
.LOWER (字符串) 将字符串转为小写
.INITCAP(字符串) 将首字母大写
.LENGTH (字符串) 字符串的长度
.REPLACE(字符串,'A','_') 将字符串字符A转换成_
- Mockito异常测试实例
bijian1013
java单元测试mockito
Mockito异常测试实例:
package com.bijian.study;
import static org.mockito.Mockito.mock;
import static org.mockito.Mockito.when;
import org.junit.Assert;
import org.junit.Test;
import org.mockito.
- GA与量子恒道统计
Bill_chen
JavaScript浏览器百度Google防火墙
前一阵子,统计**网址时,Google Analytics(GA) 和量子恒道统计(也称量子统计),数据有较大的偏差,仔细找相关资料研究了下,总结如下:
为何GA和量子网站统计(量子统计前身为雅虎统计)结果不同?
首先:没有一种网站统计工具能保证百分之百的准确出现该问题可能有以下几个原因:(1)不同的统计分析系统的算法机制不同;(2)统计代码放置的位置和前后
- 【Linux命令三】Top命令
bit1129
linux命令
Linux的Top命令类似于Windows的任务管理器,可以查看当前系统的运行情况,包括CPU、内存的使用情况等。如下是一个Top命令的执行结果:
top - 21:22:04 up 1 day, 23:49, 1 user, load average: 1.10, 1.66, 1.99
Tasks: 202 total, 4 running, 198 sl
- spring四种依赖注入方式
白糖_
spring
平常的java开发中,程序员在某个类中需要依赖其它类的方法,则通常是new一个依赖类再调用类实例的方法,这种开发存在的问题是new的类实例不好统一管理,spring提出了依赖注入的思想,即依赖类不由程序员实例化,而是通过spring容器帮我们new指定实例并且将实例注入到需要该对象的类中。依赖注入的另一种说法是“控制反转”,通俗的理解是:平常我们new一个实例,这个实例的控制权是我
- angular.injector
boyitech
AngularJSAngularJS API
angular.injector
描述: 创建一个injector对象, 调用injector对象的方法可以获得angular的service, 或者用来做依赖注入. 使用方法: angular.injector(modules, [strictDi]) 参数详解: Param Type Details mod
- java-同步访问一个数组Integer[10],生产者不断地往数组放入整数1000,数组满时等待;消费者不断地将数组里面的数置零,数组空时等待
bylijinnan
Integer
public class PC {
/**
* 题目:生产者-消费者。
* 同步访问一个数组Integer[10],生产者不断地往数组放入整数1000,数组满时等待;消费者不断地将数组里面的数置零,数组空时等待。
*/
private static final Integer[] val=new Integer[10];
private static
- 使用Struts2.2.1配置
Chen.H
apachespringWebxmlstruts
Struts2.2.1 需要如下 jar包: commons-fileupload-1.2.1.jar commons-io-1.3.2.jar commons-logging-1.0.4.jar freemarker-2.3.16.jar javassist-3.7.ga.jar ognl-3.0.jar spring.jar
struts2-core-2.2.1.jar struts2-sp
- [职业与教育]青春之歌
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教育
每个人都有自己的青春之歌............但是我要说的却不是青春...
大家如果在自己的职业生涯没有给自己以后创业留一点点机会,仅仅凭学历和人脉关系,是难以在竞争激烈的市场中生存下去的....
&nbs
- oracle连接(join)中使用using关键字
daizj
JOINoraclesqlusing
在oracle连接(join)中使用using关键字
34. View the Exhibit and examine the structure of the ORDERS and ORDER_ITEMS tables.
Evaluate the following SQL statement:
SELECT oi.order_id, product_id, order_date
FRO
- NIO示例
daysinsun
nio
NIO服务端代码:
public class NIOServer {
private Selector selector;
public void startServer(int port) throws IOException {
ServerSocketChannel serverChannel = ServerSocketChannel.open(
- C语言学习homework1
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chomework
0、 课堂练习做完
1、使用sizeof计算出你所知道的所有的类型占用的空间。
int x;
sizeof(x);
sizeof(int);
# include <stdio.h>
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{
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printf(&quo
- select in order by , mysql排序
dcj3sjt126com
mysql
If i select like this:
SELECT id FROM users WHERE id IN(3,4,8,1);
This by default will select users in this order
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I would like to select them in the same order that i put IN() values so:
- 页面校验-新建项目
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页面校验
$(document).ready(
function() {
var flag = true;
$('#changeform').submit(function() {
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var s ="";
var parent_id = $("#parent_id").v
- Ehcache(02)——ehcache.xml简介
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ehcacheehcache.xml简介
ehcache.xml简介
ehcache.xml文件是用来定义Ehcache的配置信息的,更准确的来说它是定义CacheManager的配置信息的。根据之前我们在《Ehcache简介》一文中对CacheManager的介绍我们知道一切Ehcache的应用都是从CacheManager开始的。在不指定配置信
- junit 4.11中三个新功能
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junit 4.11中两个新增的功能,首先是注解中可以参数化,比如
import static org.junit.Assert.assertEquals;
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- 国外程序员爱用苹果Mac电脑的10大理由
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Mac 在国外很受欢迎,尤其是在 设计/web开发/IT 人员圈子里。普通用户喜欢 Mac 可以理解,毕竟 Mac 设计美观,简单好用,没有病毒。那么为什么专业人士也对 Mac 情有独钟呢?从个人使用经验来看我想有下面几个原因:
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这一点太重要了,尤其是对开发人员,至少对于我来说很重要,这意味着Unix 下一堆好用的工具都可以随手捡到。如果你是个 wi
- 位运算、异或的实际应用
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位运算
一. 位操作基础,用一张表描述位操作符的应用规则并详细解释。
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- weblogic部署项目出现的一些问题(持续补充中……)
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org.springframework.beans.factory.BeanDefinitionStoreException: Failed to read candidate component class: URL [zip:E:/weblogic/user_projects/domains/base_domain/serve
- tomcat7性能调优(01)
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Tomcat优化: 1、最大连接数最大线程等设置
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- PO VO DAO DTO BO TO概念与区别
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javaDAO设计模式bean领域模型
O/R Mapping 是 Object Relational Mapping(对象关系映射)的缩写。通俗点讲,就是将对象与关系数据库绑定,用对象来表示关系数据。在O/R Mapping的世界里,有两个基本的也是重要的东东需要了解,即VO,PO。
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