特工史密斯
电影中的特工史密斯实际上就是矩阵这个程序世界中的杀毒程序，他们在矩阵中是没有身体的，由于他们是杀毒程序，所以他们被矩阵赋予了超越常人的能力。在矩阵中他们具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体。
尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了。
特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被尼奥消灭前明明是他先杀死了尼奥，所以这就导致了一个逻辑错误。因为这种程序上的逻辑运算错误，导致了特工史密斯不但拒绝被系统删除，而且由杀毒程序变成了病毒，最后危害到了整个矩阵世界。
因为这个逻辑错误是由尼奥导致的，所以特工史密斯就变成了和尼奥相对的负极。最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。
Smith复活
理论上并不是复活，而是升级了，在尼奥钻入他身体的时候，Smith 获得了尼奥的部分代码，最终导致了 Smith 的复活（升级），升级版的 Smith 不再是一个普通的特工，他变得更加强大，而且不受 Matrix 的控制，可以将自己的代码（思想）植入 Matrix 中的人甚至特工的身体中，从而复制自己，并控制他们，这个功能非常可怕，意味着 Smith 可以不断的复制自己，尼奥和 Smith 的第二次正面打斗的戏就是尼奥面对一堆的 Smith 不停的打，怎么也打不完，越打越多，最后只好像超人一样三十六计飞走了。
接着影片出现了第二个伏笔，Smith 复制了一个锡安的叛军，这个叫本恩的叛军通过电话回到了锡安，但是显然，他的思想已经变化了，不再是原来的本恩，而变成了 Smith 附身的本恩，这里我不禁又要问，既然锡安是真实世界，那么来自 Matrix 中的程序 Smith 怎么可能能够控制真实世界中的人？
尼奥莫非斯他们回到了锡安，观众有幸目睹了这个人类最后一个城市的壮观景象，我们开始知道，莫非斯也只是一个普通的船长，他也有上司，就是他的情敌司令官，锡安的最高权力机构是议会，议员有男有女，都是老人。而莫非斯所坚信的所谓救世主并不为大多数锡安人认同，在锡安，尼奥只不过是个小有名气的普通人而已。
在锡安，尼奥和一个老议员的一段对话非常重要，是整个 Matrix 中几段经典对话之一，是揭示整个故事主题的点睛之笔，大意是这样，议员带尼奥来到锡安的动力和循环系统控制中心，看着那些巨大的机器在运转，说我虽然知道这些机器的名称和作用，但是我却根本不知道这些机器是如何工作的，他问尼奥你说什么是控制，尼奥说控制就是我们随时都可在我们想的时候把机器给关掉，议员说说得没错，可是关掉之后我们也就失去了赖以生存的各种循环系统。我想，议员是在告诉观众，人类世界与机器世界已经是你中有我我中有你的状态，互为依存的关系，从这里我可以隐约感觉到电影的最终结局必然是人类和机器要达到一种新的和谐。
尼奥他们继续出征，他们要重新找到先知，让她告诉尼奥战胜机器世界的最终办法，先知告诉尼奥你必须先找到开锁人（Keymaker），可以帮助尼奥打开一扇门，去见到神秘的幕后人物。于是，又有几个新的人物类型登场了，其中有那个法国人，严格来说，他并不是和摩非斯他们一样的试管中的人，而是一段程序，这段程序很老，而且他还有编程能力，可以编出像“春药”这样的小程序，Matrix 已经不再需要他，要把他删除，但是他又设法逃脱了删除，他收留了很多这样即将被删除但又逃脱的程序，包括一对有特殊能力的双胞胎兄弟，他们像幽灵一样可以自由出入很多程序，这些人并不像特工，他们就像 Matrix 中的独行侠一样，独来独往，特立独行，有他们自己的生活规则和生存方式，但是这些人的能力也有限，并不能改变 Matrix，也不对 Matrix 构成太大的威胁。
法国人囚禁着开锁人（Keymaker），尼奥他们的目的就是救出开锁人，于是一场史无前例的追车大战开始了，其中有穿插着莫非斯和特工的决斗，就像沃卓斯基自己说的，他们要终结以往所有的追车场面，为此，剧组特地建造了一条专用的高速公路拍戏，总共动用了 300 多辆各种不同的车，炸毁、撞翻了无数，真是史无前例，这场追车大战直看得人神魂颠倒。最后，尼奥在开锁人的帮助下见到了那个幕后的神秘人物，他，就是 Matrix 的建造者，设计师（Architector），在这里，尼奥与设计师的一段对话终于揭示了第二集的真正内容。
Zion的真相
尼奥与设计师的一段对话终于揭示了第二集的真正内容，由于这段话实在太重要，我在这里全文摘录如下：
设计师：你好，Neo
Neo：你是谁？
设计师：我是设计师，是我创造了Matrix。我一直在等你。我知道你有很多问题要问，虽然整个过程改变了你的意识，但你依然是不折不扣的人类。所以我的一些回答你也许能明白，有些你也许不能明白。你的第一个问题也许是最有关键的一个问题，同时你也许意识到或没有意识到它也是最无关紧要的问题。
Neo：为什么我会在这里？
设计师：你的生命是Matrix固有程序中一个失衡因式的残留总和。你是一个偏差的偶然性，是尽管我竭尽全力，仍不能消除的影响数学精度和谐的一个偏差。尽管它不断地制造麻烦让我小心翼翼地处理它，但它并不是不可预测的，它仍然处于控制范围之内。它引导着你来到这里。
Neo：你还没有回答我的问题。
设计师：很好。有意思，这要比其他的那些要快一点。
Neo：（其他救世主的回应显现在监视器上）其他的？什么其他的？有多少个？回答我！
设计师：Matrix比你想像的要老得多。我比较喜欢用一个完整偏差的出现到下一个完整偏差出现的方式来计算，这已经是第六个版本的Matrix。
Neo：（其他救世主的回应再次显现在监视器上）五个版本？三个版本？我一直被蒙在鼓里，很好。
Neo：只可能有两种解释：没人告诉过我或是从来就没人知道。
设计师：正确。因为你无疑是最简单化的因式里聚集并创造着偏差的系统化变动
Neo：（其他救世主的回复再次显现在监视器上）你控制不了我！你好！我会干掉你！我不会为你做任何事情！
Neo：选择。问题的关键是选择。（电影场景切换到崔妮蒂和一个密探对打，然后又切换回到建造者的房间）
设计师：我设计的第一个Matrix非常完美，它简直就像是一件完美而卓越的艺术品。它的成功和失败都同样是史诗性的。它失败的必然性在我看来是每个人类固有的非完美性的结果。所以我根据你们人类的历史重新设计了Matrix，以便更准确地反映你们人类本性中多变的怪诞特质。可是我再次失败了。我终于了解到我得不到正确答案是因为它不需要太多的考虑或是也许不需要考虑太多完美性的问题因素。答案最终为另一个指导性的程序偶然发现，这个程序原本是为了研究某些人类思维的。如果说我是Matrix之父，她无疑是Matrix之母。
Neo：先知。
设计师：嗯。正如我所说的，她偶然发现了一个方法使得将近99.9％的试验体接受程序,那就是给他们一个选择的机会，他们甚至只是仅仅意识到这个选择只是处于无意识的阶段。这个解决方案最初进行时，它无疑从基础上是有缺陷的，因而产生了相矛盾的系统偏差，如果不加以抑制就会威胁到系统本身。因此那些拒绝程序的试验体，尽管只是少数，但如果不加以抑制就会不断增加形成灾难的可能性。
Neo：你指的是锡安。
设计师：你在这里是因为锡安就快要被摧毁。居住在里面的人全都会被消灭，那里所有的一切都会被彻底摧毁。
Neo：放美女！（其他救世主的回应显现在监视器上，放美女！）
设计师：否认是所有人类反应中最容易预知的一种。但不可否认的是，这将是我们第六次摧毁Zion，我们干得越来越干净利落。（电影画面切换到崔妮蒂和密探的对打，然后又回到建造者的房间。）
设计师：救世主的作用就是现在要返回源极，散播你所携带的编码，重新植入源程序。然后你要从Matrix中选出16个女性，7个男性共23个人类个体来重建锡安。如果没有按照这个步骤来进行，将会导致灾难性的系统崩溃，这会杀死连接在Matrix上的所有人附带的锡安毁灭，这也意味着全人类的绝灭。
Neo：你不会让这样的事情发生的，你不会的。你们需要人类才能生存。
设计师：我们已经作好了接受任何幸存程度的准备。但与此相关的问题是你是否已经准备好为这个世界所有人类的灭亡承担责任？（设计师按下他拿在手里的笔上的一个按键，Matrix里各个地方的人的图像显现在监视器里。）
设计师：观察你的反应很有趣。你的五个前辈都是在一个相同推断的基础上设计以便你执行我们设计好的流程，这个可能的巧合意味着与你们种类的附属关系。其他的那些救世主们是按常规的方式经历这一过程的，相对他们，你的经历却是相当特殊的，你经历着爱。（Neo梦里崔妮蒂和密探大战的画面出现在监视器上。）
Neo：崔妮蒂！
设计师：顺带说一句，她进入Matrix牺牲她自己是为了救你。
Neo：不！
设计师：这最终让我们来到揭示真相的时刻。基本缺陷出现时，偏差表现为开始和结束。这里有两道门，你右边的门是通往源极拯救锡安的，你左边的门是回到Matrix。去往她以及你们种类绝灭的，就像你说的，问题的关键是选择。可是我们已经知道你准备如何选择了，不是吗？我已经能够看到由此产生的连锁反应，你体内的前体生化物质发出的信号引起情感的开始，压制了你的逻辑和理智。你的情感已经蒙蔽了一个简单而明显的事实——她就快要死了，而你却无可奈何。（Neo走向他左边的门）
设计师：哼。希望，最典型的人类错觉。它既是你们最强大的力量又是你们最大的弱点。
Neo：如果我是你，我会希望我们不会再见面。
设计师：我们不会再见面的。
尼奥和设计师的这段对话可以说深奥之极，能听一遍就懂得人恐怕不多，我也是在反复琢磨之后才终于明白设计师到底告诉尼奥些什么，首先，我们得出一个振聋发聩的结论，锡安也是假的，也是设计师设计的一个Matrix而已，莫非斯他们并没有得到真正的自由，他们仍然活在Matrix中而并不自知。人类自他们出生的时候，Matrix分配每个人一个角色。99%的人接受这个角色，让这个角色控制他们的大脑。所以与其说这些人是人，还不如说他们只有一个附着在生命体上的一段意识而已，这段意识被Matrix所左右。他们没有自主的意识，取而代之控制大脑的是由Matrix编写的具有人类意识特征的程序，由于这些人愿意接受分配给他们任何角色，所以他们可以被特工控制思想，被Smith复制。
另外1％的人他们自主的潜意识如此的强，他们不愿接受Matrix分配给的角色，并且能隐约感到有些地方不对劲，开始思考自身存在的方式，这种对Matrix分配过来的角色不兼容性，如果不进行控制会导致系统的不稳定和崩溃。因此编写Matrix的设计师，编写了一套不同于Matrix的另一个系统模拟程序，为了诉说的方便我把他称之为Matrix2，并给那些自主意识很强的人编写了另外的角色，这些人指的就是片中莫非斯,崔尼悌等叛军。设计师编写Matrix2（其实这个创意是先知--Matrix之母想出来的）的目的有两个，一个是让这些不安分的人有一个区别于大多数安分的人的不同的生存空间，他们是不稳定因素，这样就可以把这些不稳定因素从Matrix中剔除，保证Matrix的稳定；另一个就是Matrix2也是一个研究程序，用来研究这些不安分的人的行为，就像人类研究那些特别不安分的猴子一样，掌握他们的特性，从而更有效的控制他们。还有一个设计师没有明说的目的，我觉得也是显而易见，莫非斯这些人不断地去寻找、解救Matrix中那些不安分的人类，等于是从某种程度上在帮助Matrix净化环境，省了很多设计师的力气。
那么，尼奥又是怎么回事情？在这里，我想引用网上一段很知名也很经典的一段论述来说明尼奥是何许人：Who am I? 这是在第一集里Neo苦苦追寻答案的问题。Why am I here?这是Neo在第二集追寻的问题。我们随着电影的进度，也在苦苦思索着答案。Neo也如上面所说的那样即是program,又是人。但他是很特殊的人，很特殊的program.我们在这里应该把The one和Neo分开。The one指pogram, Neo指附载The one的人的身体。先从program角度说。The one不是由Matrix编写的program.也不是由编写Matrix的Architect（AI机器）编写，他是由更上一层即编写Architect的人（指真实的人）编写的或者具有这一层的代码。因而他在Zion和Matrix都有超能力即破坏系统的运行规则。编写The one这program的目的是为了完善Matrix,从而让机器能永远控制人类。在zion中的那些program因为允许部分人类的意识存在，并且人类意识在不断的加强，到了一定时间人类的意识会超越program,导致这部分人苏醒，这是机器所不允许的，所以在这个时刻来临之前，zion必须被消灭。但是在zion这些program已有更好表达人类自主意识的代码，这些代码对完善Matrix是非常重要的。The one的作用就象影片中Arichetect对Neo的谈话中提到的：
你的生命是Matrix固有程序中一个失衡因式的残留总和。你是一个偏差的偶然性，是尽管我竭尽全力，仍不能消除的影响数学精度和谐的一个偏差。尽管它不断地制造麻烦让我小心翼翼地处理它，但它并不是不可预测的，它仍然处于控制范围之内。它引导着你来到这里。
正如我上面所说，The one是一个特殊的program，它有伪装的code，它开始没有能意识它自己核心的code.因而才有片中死后重生的过程。在第一集开始的时候，Neo是由最外层由Matrix编写的角色program控制，Morpheus等在oracle的引导下，找到Neo, upgrade Neo到第二层code（即与Morpheus等相同的代码）, Neo在第一集死掉的时候，这层代码消失，释放出The one的核心code.使Neo意识到自己的超能力。这部分code早已存在，只不过现在才起作用，控制了Neo的大脑。这一次的再生，可以说使Program的苏醒，并不是人的自主意识的苏醒。所以这时候Neo可以叫做The one的program.再从人的角度来说neo,作为程序的生物载体，他的人类的自主意识在一，二集里还并没有苏醒，仍然由program控制，只不过是不同program控制。
但Neo是不同与一般人的躯体，也许他身上有最初编写Architect的人的遗传基因。他潜在人类自主意识很强，所以他才能接受The one这program.并同时影响The one这program.所以在1，2集里他都在对自己真实身份不断进行思索。当他面对Architect的时候，他的人类意识已经济苏醒了很多，虽然还没有控制大脑。但当面对有可能导致全人类灭亡的选择的时候，前5任Neo(The one)的人类意识退缩（这种对人类的爱正如Architect所说即是人的最强的地方，也最弱的弱点），让The one这program完成它的任务，回到Matrix的source,升级Matrix,从而苏醒的人类意识再度消失。之后The one按照程序设定的选择23人重建Zion,新的循环开始。而第六任Neo出现不同，他经历和Trinity的爱(这是程序安排好的，为研究人类的情感，所以oracle告诉Trinity她会爱上The one)，而这个爱超越前五任对Trinity的爱，人类潜在的意识使他选择重回Matrix,去救Trinity.这是机器没想到的，The one的program也没有这代码。这也意味着neo的人类意识开始超越The one这program,所以再回到Zion后，他感觉到了新的变化，并能再zion中使用超能力。
总结
尼奥其实是 The One 6.0 版本，但是我们要注意到设计师一开始的一句话“虽然整个过程改变了你的意识，但你依然是不折不扣的人类”，尼奥确实是有着生物属性的人类，这跟先知、法国人他们不同，这就注定了尼奥在第三集里面的能力必然还会提升，他太与众不同，在第二集结尾的时候，尼奥用空手杀死了四个八爪鱼就已经在预示着第三集中尼奥的超能力，这同时也很有力的证明了锡安只是 Matrix2 的结论。在尼奥杀死4个八爪鱼之后，尼奥昏迷。锡安也是假的，可怜的莫非斯他们从一个梦中醒来又跌进了第二个梦，他们还是在梦中。
2003年11月5日，电影史上又一次史无前例的行动，全球60多个国家同时公映，这意味着全球60多个国家的2万多家影院中的几千万观众在同一时刻揭开Matrix 的最后面纱，同一时刻目睹尼奥和Smith 的最后决战，这是何其壮观的一件事情。
第三集一开始，尼奥和本恩（被Smith附身的那个人）头对着头躺在医疗床上，这又是一个画面化的寓言，影片的开始是尼奥和Smith这对冤家碰头，而影片也以尼奥和Smith的对决作为结束的。尼奥的思想已经被囚禁到一个叫 Mobile Ave 地铁车站里面，这这里他碰到了三个人物，三个流放者，他们是一个三口之家，也就是三个即将被删除的程序，他们正等着那个法国人来搭救他们，还记得吗，这个法国人就是专门收留这些即将被删除的程序的。在这里，尼奥和三个人中的男性有很长的一段对话，从对话中，我们开始知道，这个车站其实是一个法国人编写的走私程序，是专门负责来运送非法程序的，法国人就是通过这个车站来运送那些即将被删除的非法程序，而要逃离这个地方的唯一办法就是搭乘“车主（也是法国人的手下）”驾驶的地铁离开。
尼奥当然要借助他人的力量离开，谁？当然只能是崔尼悌和莫非斯，在先知保镖的协助下，他们胁迫法国人把尼奥营救了出来，通过法国人我们又知道了先知保镖其实原先也是法国人的手下，也是一段将被删除的程序，后来离开了法国人，成了先知的保镖。这时候，电影分成了两条主线，一条主线是以锡安的生死存亡为线索的，另一条则是尼奥寻找机器之主为线索的。尼奥和崔尼悌选择驾驶飞船去寻找机器之主，而其他人回去帮助锡安抵抗几百万个八爪鱼的入侵；有一个插曲是尼奥在Matrix2中和Smith的化身本恩的决斗，尼奥付出眼睛受伤的代价杀死了本恩，但是这时候眼睛对于尼奥来说已经是多余的了，因为尼奥已经开始认识到所谓的锡安世界也只不过是Matrix2而已，这一点从之前尼奥与先知的对话中可以证明，尼奥见到先知马上问的问题就是“为什么我能空手杀死八爪鱼？”。这时候在尼奥的眼中，所谓的真实世界也变成了距阵，尼奥眼中的Matrix是绿色的矩阵，而Matrix2则是橘红色的矩阵以示区别。
因此尽管锡安的战士竭尽了全力也无法阻止八爪鱼的进攻，面对成百万个八爪鱼，他们能做得只剩下一件事情了，“尼奥，不管你现在再做什么，都请你快点！”。回到尼奥这里，尼奥和崔尼悌驾驶着飞船直奔“农场（第一集中的人类养殖场）”而去，那里是八爪鱼的老家，尼奥手一伸，飞船周围的成千上万的八爪鱼都爆炸了，尼奥终于可以在Matrix2中用自己的意识击溃八爪鱼了。但是，八爪鱼实在太多了，尼奥的“能力”（这时候是否已经可以说是“权限了”）不够，未能阻止飞船的坠毁和崔尼悌的牺牲，但是尼奥终于能够和由成千上万的八爪鱼组成的机器之主面对面的对话了。尼奥的要求很简单，不要杀死锡安中的人类，尽管他们也是活在一个Matrix中，但那些毕竟是有着思想的人类，他们也代表着一个生命。机器之主问：你向我提出了要求，但你有什么可以交换的？尼奥说，我可以帮你平定你现在最大的威胁——Smith。
机器之主短暂考虑后答应了尼奥的要求。为什么会答应？Smith为什么会成为机器之主最大的威胁？我们现在来说这一集中的另一条暗线，就是Smith。Smith到底是什么人，第一集中，我们认识到他是Matrix的入侵检测程序——特工，在第二集中从他自己的口述和行为上我们认识到他已经升级为不受Matrix控制的独立程序，而且向病毒一样在Matrix中蔓延，到了第三集，我们从先知的口述中认识到了Smith正是尼奥的另一面，就是说尼奥是正面，Smith是负面，还记得设计师说尼奥是方程式中所有不和谐的残留余数的总和吗？那么先知这次就明确的说了，尼奥你就是正数，有正必有反，Smith就是负数，多么有意思的比喻，尼奥是正数代表着正义，而Smith是负数代表邪恶，邪恶的Smith像病毒一样Matrix中不断蔓延、自我复制，甚至连先知也未能逃脱被Smith的感染，尼奥和Smith的对决就像是正负电子的对撞，注定了正负相抵，打平手。
虽然结局是一定的，但是这场旷世大决斗还是拍的没有让任何人失望。动作导演是大名鼎鼎的袁和平，他安排的暴雨中的对决，而背景的音乐则是气势宏大的交响加合唱，其气势之恢宏，视觉效果之壮烈，正如沃桌斯基自己说的那样，要“终结所有的两人对打”，尼奥和Smith两个人打遍全宇宙，从地面打到空中，在失重的情况下对决，又打到地下，最终的结局正如我预料的那样，Smith复制了尼奥，但是这种复制就像是正负电子的对撞，结局是两者的融合，或者说湮灭。尼奥和Smith都死亡了，被Smith复制的所有人都恢复了原形，八爪鱼也停止了对锡安的进攻，一瞬间，Matrix被重构（Reboot），就像操作系统被重启，一切又回到了原样（第二集叫Reload我看第三集叫Reboot既对仗工整又说明主题），Matrix又回到了第一集中我们看到的模样，如果这时候放映第一集，我们就可以认为是Matrix IV，故事完成了一个循环。
顶着灿烂的阳光，设计师这个长得像肯德基老头的人走向先知说你玩的这个游戏很危险知不知道；先知说知道，但是它能换来稳定；老头说这个稳定能维持多久；先知说能维持多久就让她维持多久，你打算怎么处理那些想出去的人？老头说我会给他们自由；先知说是真的吗？老头反问，你以为我是人类吗？微笑一下转身走了。影片完。最后这一段对话很多人可能不能理解，到底在说什么，我的理解是这样，影片中的一切，都是先知设计的一个Matrix的升级程序，尼奥的诞生和Smith的出现虽然她不能预计到所有的后果，但是基本的进程是在她的设计中的，但是不可否认，这个升级程序有一定的危险性，有很多不可控的因数。
先知最危险的举动就是让Smith复制自己，这就好像我们要杀病毒，在没有被病毒感染的时候，我们很难知道病毒的特性从而清除他，往往要让病毒感染了文件以后，我们才能有效的研究出病毒代码，先知就是置之死地而后生，选择被Smith感染来了解他，但这无疑是很危险的。设计师他会给那些想出去的人自由，当然指的就是锡安的那些叛军，这个自由可以做两种的理解，一种理解是维持锡安的稳定，让他们在锡安中继续安居乐业，给他们自己认为是自由的自由，锡安的人到目前为止也没有一个人明白他们身处Matrix2；另一种理解是设计师可能真的会让他们脱离试管，回到自己真正的真实世界，Matrix2就是以真实世界为原型设计的，这些锡安人也会很快的适应真实的世界的生活；先知问你说的是真的吗？老头反问你以我是人类吗？这句话再明白不过，只有人类才会欺诈，我不会骗你的，我会遵守我和尼奥之间的协议。到这里，我们也明白了，机器之主在Matrix中的代言人就是设计师，就像网络游戏的设计师也需要一个在游戏中的角色去体验一样。
影片看完了，所有的谜底都揭开了，这个故事讲的其实不是人类的故事，而是人工智能机器的进化的故事，就像人类从猿人进化到文明人走过的历程一样，当人类进化到尽头，被自己发明的智能机器毁灭以后，智能机器就开始了它自身的进化，万事皆有始亦有终，就像这句在第三集中被不断重复的一句话述说的那样，人类的文明有开始就必然有终点，人类文明的终点就是机器文明的起点，那么机器文明呢？他已经开始进化了，必然也有其终点，他的终点又是什么的起点呢？我想，这大概是影片留给观众的最大思考。
Matrix重点词汇：
Zion类似于 Matrix 的另一套虚拟现实系统，他是参照真实的人类世界设计的。
Tank和Link这些人是最初建立锡安的23人的后代，他们是从一开始就生活在 Matrix2 中，他们不能接入 Matrix 中。
Neo他是智能机器从莫非斯这类人中挑选出来的精英，给他植入 The One 程序，这个程序的目的是收集各种人类反抗意识的代码，最终在 Matrix 中散播，使得 Matrix 得到升级。智能机器对尼奥的行为只能99%的预知，并不能完完全全控制，可能会出现一些意外。
Agent他们是 Matrix 中维持秩序的入侵检测程序，任务是阻止一切不稳定的因素，他们是由智能机器编写的程序，他们没有生物机体。
Smith由一个普通的 Agent 因为通过某种非正常原因获得了 The One 的部分代码，升级了，进而继续升级为 The One 的对立面，Neo 的负数。
Architect智能机器，他是人类文明的结晶，但是突然有了智慧，并且他的智慧超过了人类，并且控制了人类。
Oracle他是 Architect 编写的一段在 Matrix 中查错和打补丁的程序，Oracle 有很强的编程能力，他的能力已经接近于 Architect ，Matrix 三集中的故事80%都是出自她的设计。另外一层影片中没有明说的含义，她是 Architect 给自己编写的一个夫人，可能他太孤独。
法国人 双胞胎 Seraph（先知保镖）
他们本来是一些将被删除的旧程序，这些就程序在老版本的 Matrix 里面地位本来很重要，能力也很强，他们不愿接受被删除的命运，选择了逃亡，这些人也都是程序没有躯壳，他们虽然能力很强但是权限有限，不能对 Matrix 构成破坏。
Keymaker 他也是 Oracle 编出来的一段指导性的程序，用来引导 Neo 走向 Architect，走向自己的代码之源，完成 The One 的使命。
精彩技术点回顾
Seraph带Neo看到了一排后门,搞编程的人都知道程序的后门是什么，画面上设计的多门形象化，可以说如果导演不懂计算机，绝不可能想出这样的创意。 法国人逃出门把门一关，Neo打开却是另一个地方 这就好像网上收邮件，不同的用户名进入的完全是不同的地方，很难理解又很好理解。 Neo在车站里往前跑，没几步又回到了原地 这是典型的死循环程序原理的画面化描述。
如何理解Neo的超能力
如果完全按照影片所呈现的，Neo的几次变化就象是“游戏”中的“转生”，在第一集中按照Morpheus的指引第一次转生进入“Matrix2”；进而通过训练在“死亡”时完成第二次转生，具备了在原来的Matrix中的超能力；最后在与The Architect的对话后，完成第3次转生，具备了在2个Matrix中的超能力，当然在Matrix2里面的权限（能力）是受到约束的。 也可以说，Neo在完成第3次转生后，被赋予了“无敌”模式，所以是没有任何攻击可以伤害其本身的。
先知的任务是什么了！
先知的任务就是制造NEO！NEO是什么！？？NEO就是程序，一个运行在人身上，能收集Matrix里所有BUG的程序。
先知怎样让Anderson变成NEO的呢！？
第一集的时候，Anderson去见先知，走的时候先知拿出一盘摆了6块饼干的盘子对Anderson说：“来，吃块饼干”！。饼干！！！没错饼干就是NEO！因为饼干的英文是：“COOKIE”，而“COOKIE”在电脑里是什么！？？我想只要稍懂电脑的人都知道！所以再进一步的说，饼干---COOKIE就是先知存储在Anderson身上的NEO程序！！而且先知拿出6块饼干，也就是说Anderson是第6代NEO。
小女孩是什么？
我认为小女孩就是下一代的先知。
理由一：小女孩是第一个有“爱”的程序！第三集NEO在火车站时，小女孩的父亲说的话就表明了，她是程序爱的结晶。
理由二：第三集NEO去看先知的时候，先知在教小女孩做饼干--COOKIE！也就NEO，小女孩的任务就是做出新一代的NEO，而且她做的一定比先知更好，因为她懂得“爱”。先知也说了“所有东西都需要爱，饼干也需要呀。”
理由三：最后Seraph是和小女孩在一起的，Seraph的任务就是：“保护最重要的东西”，小女孩就是最重要的东西--下一代先知。