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内参基因筛选在线版GeNorm和NormFinder工具发布

作者：ahworld
链接：内参基因筛选在线版GeNorm和NormFinder工具发布
来源：微信公众号-seqyuan
著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。

最近因为偶然的原因，接触到久负盛名的内参基因筛选软件GeNorm和NormFinder。这两个软件算法很好，但是软件的安装却很让人头疼。

首先说GeNorm，自2002年发表在Genome biology以来，目前引用达1万7千多次。

GeNorm算法最早基于Microsoft Excel 2003特殊的宏，以后的office版本不支持，对于2020年的研究者，接近20年后的电脑设备安装Microsoft Excel 2003实属不便。

更别提GeNorm官方已不再提供Excel版的支持

现在官方提供商业付费版软件qbase+，GeNorm作为其中一部分功能，qbase+的费用听闻高达220欧，但是qbase+的官网很难打开...（我承认，我不想200欧）

所幸搜索到了R版本的NormqPCR软件包，包含GeNorm和NormFinder算法，这对于会R语言的人来说是一个福音，但是我的经历告诉我，对还在做qPCR内参基因筛选的实验室来说，临时学R还如找台旧电脑装个Office 2003来的爽快。

所以为了方便做内参基因筛选工作的研究者，我把GeNorm和NormFinder做成了在线版网页分析工具，研究者不需要做任何的软件安装工作就能使用。

NormFinder官网提供了NormFinder算法的R版本代码，所以我的网页工具NormFinder板块而没有采用NormqPCR里的，而是采用官网的代码版本。

GeNorm和NormFinder网页工具地址

https://seqyuan.shinyapps.io/seqyuan_prosper/

有需要的童鞋可以试用，相关的说明文档和测试数据集都有在网页工具的help选项卡可看到。

下面是其中的图表示例

后记

网页工具写好后，我想起了研究生师妹做的就是【枣内参基因筛选】，搜索到了她的论文发现果然用的也是GeNorm和NormFinder软件，希望她当时没有因为安装摸索软件遭过罪...

希望分享出去方便更多人

参考

qbase+：http://www.qbaseplus.com/

NormFinder官网：

https://www.moma.dk/normfinder-software/

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