R语言 循环读取数据文件 循环读取csv tsv xlsx数据

读取数据，XLSX 或者 TSV 或者 CSV

【1】先读取一个试下，确认能正确读取进去

下面三种格式提供参考

data <- read_excel("C:/XXX/1.xlsx", sheet = "Sheet1", col_names = TRUE)
data <- read.table(file = 'manifest.tsv', sep = '\t', header = TRUE) 
data <- read.csv('胃癌和癌前数据.csv')

【2】看下这三种读取的格式条件选择，自己符合哪一种

查看当前目录文件
list.files(pattern = "\\.tsv")    # tsv格式的数据文件
list.files(pattern = "^C")        # 以C开头的文件
list.files(pattern = ".tsv$")     # 以.tsv结尾的文件

【3】循环读取文件

我自己处理宏基因组的结果报告，是以为report.tsv结尾的文件，当然还有error.tsv的文件

#循环读取正式
lf <-list.files(pattern = "report.tsv$") #以report.tsv 结尾的
files <- gsub("\\.tsv", "", lf)   #切掉后缀.tsv，获得这些名称，为循环准备
files
for (i in seq_along(files))
  assign(files[i], read.table(lf[i], sep = '\t', header = TRUE))