董卓的暴虐统治并没有吓住他在朝中的反对派。
初平元年（190年）三月，迁都之后，董卓仍坐镇洛阳指挥军队对抗关东联军，东汉政府的运作则在长安由司徒王允负责，直到初平二年（191年）三月，董卓才进入长安。
趁着董卓不在长安这个时间段，长安朝廷很多反董力量加紧暗中串联勾结，密谋除掉董卓。
从现有史料记载，迁都长安后，第一个谋划反董的是司空荀爽。
荀爽出身“颍川荀氏”，父亲荀淑以学问渊博，品行高洁著称，尊称“神君”，东汉名士领袖李固、李膺都对荀淑推崇备至，尊他为师，可知荀淑在士大夫中的地位之高，荀淑去世后，以弟子自居的尚书李膺亲自为他服丧吊唁，荀淑就是“颍川荀氏”的奠基人，荀淑江湖地位虽高，不过官职不高，仕途最高不过是县令级。
荀淑有八子，并有才名，时人合称“荀氏八龙”，“荀氏八龙”中又以第六子荀爽名气最大——“荀氏八龙，慈明（荀爽字慈明）无双”，第二次党锢之祸中，荀爽也受到牵连南逃到汉滨，十多年间，专心著书，被称为“硕儒”，是东汉著名的经学大师。
党禁解除之后，五府（大将军、太傅、太尉、司徒、司空）都征召荀爽，荀爽都未应命。
董卓废立皇帝执政后，招揽贤才，广泛征辟名士，其中之一就有荀爽，董卓强行征辟荀爽，前后才九十五日，荀爽就从一介平民一跃而为帝国三公中的司空，成为官场神话。
按《后汉书·荀爽传》记载，在迁都之后，荀爽就着手策划反董大计，暗中与司徒王允及董卓长史何颙密谋，但是，不久荀爽病逝，此事就被搁置了。
荀爽是于初平元年（190年）五月逝世（ 夏五月，司空荀爽薨。），由此可以推出荀爽三人策划的时间为：三月至五月间。【（荀）爽见董卓忍暴滋甚，必危社稷，其所辟举皆取才略之士，将共图之，亦与司徒王允及（董）卓长史何颙等为内谋。会病薨，年六十三。】
荀爽等三人商议的反董内容为何，史书上并没有记载，我们只知道这个计划随着荀爽的逝世而夭折了。何颙和王允则继承了荀爽的遗志。
在初平二年（191年）末，何颙、郑泰、荀攸、种辑、伍孚五人（王允、华歆可能也参与其中）通谋反董。
在初平二年（191年）三月，入主长安的董卓在军事部署上留下一个让王允、何颙发现的致命缺陷——董卓安排留在长安只有少部分死党和少数凉州军队。其主要死党及大多数凉州军队，如牛辅、董越、段煨等人布防在通往长安的要道（乃使东中郎将董越屯黾池，中郎将段煨屯华阴，中郎将牛辅屯安邑，其余中郎将、校尉布在诸县，以御山东。）；李傕、郭汜、贾诩等人率军东征豫州、兖州；还有少部分凉州军由董旻率领留守长安以西的郿坞。
董卓在周边兵家重镇放上兄弟、女婿和凉州嫡系们是有道理的，如果让非凉州的军人坐镇相关地区，他们随时有可能或与东部关东联军或与西部马腾、韩遂串联进行各种密谋。但过于“重外轻内”使得他留在京城的凉州军队太少了，这是董卓留下一大破绽。
董卓把亲信军队多放在外地的合理解释就是——他自信觉得自己有十万大军在后，长安城谁敢没事找事杀死自己，前脚杀了我，后脚我十万凉州大军杀回长安城，谋杀自己的人不也得给自己陪葬。这不是带着全家自杀吗？谁会没事带着自己全家去自杀？
但，董卓太高估自己有十万大军的威慑力，凉州军人大都远离长安城的背景下，使得长安城的非董力量更敢于串联——觉得只要杀掉董卓，就可以凭朝廷名分迅速控制长安为中心的军队，只要实现这一步，朝廷靠政治手段兵不血刃就可以收编解决掉这帮群龙无首的十万凉州大军。
为什么我说董卓在长安只有少部分亲信军队？
关于这一点，只要看着董卓被杀后，王允、吕布可以一举控制长安城就可以知道了，也可以从皇甫嵩率军直接去郿坞灭了董卓满门可以看出来。如果长安城为中心的地区，驻扎着大量的凉州军人，王允、吕布、皇甫嵩想做到这一切，肯定需要进行一系列大规模的激烈战斗，而不是只杀掉董卓，攻入郿坞就能轻易实现。
董卓一系的将领、士兵与董卓早已经是荣辱与共的利益共同体。董卓上位，董卓一系才能攫取最大的利益，也才能保障他们已经到手的利益。李逵都知道杀去东京，夺了鸟位，教卢员外做丞相，我们都做大官。董卓一系的将领，士兵会不懂得这个道理。
何况，他们和董卓已经是深度绑定，在董卓这个大魔王有意的纵容下，他们烧杀劫掠，奸淫妇女，无恶不作，按法律来说，是可以全都杀了都没有一个冤枉的那种，董卓被杀，士大夫掌权就算出于大局，长安朝廷愿意赦免他们，留他们一条活路，但作为实际意义的政治犯，肯定被打入另册，靠真刀真枪换来的前途肯定是没了，谁又真会甘心。董卓一系的士兵又怎会因为死了一个董卓就甘心向长安朝廷低头，除非长安朝廷让他们感到不可战胜，硬碰硬只会死得很惨，他们才会低头。
很多人，都说是王允因为没有特赦凉州军，才导致李傕、郭汜他们的反攻朝廷，这只能说是最开始的缘由，根本原因还是凉州军有实力去挑战长安朝廷。
董卓把自己的嫡系外放，那长安城为中心的军队呢？自然大都不是董卓的嫡系。既然长安城的士兵大多是非凉州系的，就别指望他们会为董卓及凉州集团的利益去卖命。所以，董卓虽在长安还是安排有亲信将领如徐荣、胡轸、杨定，可只要杀掉董卓，徐荣几个人注定无法掀起多大的浪。
只要杀掉董卓，靠一道圣旨就可以把长安附近的众多非凉州军人力量控制住，只要实现这一步，再解决群龙无首的凉州军人，就比较容易了。
荀攸、何颙等人商量的计策就是如此，只要派人直接刺杀掉董卓，然后派兵据守函谷关等关隘，阻断牛辅等人西返长安，到时以朝廷名分号令天下，大事可成！【（荀）攸与议郎郑泰、何颙、侍中种辑、越骑校尉伍琼等谋曰："董卓无道，甚於桀纣，天下皆怨之，虽资强兵，实一匹夫耳。今直刺杀之以谢百姓，然后据殽、函，辅王命，以号令天下，此桓文之举也。"】
计策很美好。
于是，“勇壮好义，力能兼人”的越骑校尉伍孚就成了行刺董卓的刺客。
史书是这么记载伍孚行刺董卓的过程的。
行刺当日，伍孚在官服里藏了一把佩刀去拜见董卓。董卓亲切接见伍孚。会见结束后，董卓还亲自为伍孚送行，在阁道中，董卓还搂着伍孚的肩膀，显得十分亲密。
伍孚突然抽出佩刀刺向董卓，别看这时的董卓已经是个老胖子，但是多年征战练就的一身好本领还是在的，反应非常灵敏，躲过去了，连退几步，并疾呼周围的卫兵将伍孚制服。
董卓大骂道：“你想造反吗？！”
伍孚大声说：“汝非吾君，吾非汝臣，何反之有？汝乱国篡主，罪盈恶大，今是吾死日，故来诛奸贼耳，恨不车裂汝于市朝以谢天下。”
伍孚言未毕而毙，这对伍孚的同党也是好事，至少不怕被招供出来。
此案一出，董卓立即让人追查伍孚的同党，何颙、荀攸因此入狱，种辑没有记载，应该是逃过一劫，郑泰则是逃出长安，与之同行的还有华歆等人。
何颙、荀攸虽然因此入狱，但董卓其实也是没有确凿证据证明何颙、荀攸参与伍孚的行刺案。伍孚当场就死了。何颙、荀攸被捕下狱，可能只是因为平日和伍孚走得比较密，是被疑下狱。不然，董卓不会让荀攸在监狱里好好活着，早就虐杀他了（攸言语饮食自若，会卓死得免）。何颙，史家一说他“忧惧自杀”，一说他“忧愤而卒”。
何颙、荀攸、伍孚等人策划的刺董案失败了，但司徒王允依然暗中串联密谋策划刺董。
王允是并州人，王允年轻时就已在士人圈子里就很响亮，因为自从政以来，王允一直就和宦官作对，是反宦官的干将，几次入狱，数次论死，何进谋诛宦官的时候王允也积极参与（时大将军何进欲诛宦官，召允与谋事，请为从事中郎，转河南尹）。
董卓入京掌权积极拉拢士人，王允看似也接受了董卓的拉拢，做了“汉奸”。汉献帝即位后，王允拜太仆，迁守尚书令。王允升任九卿之一的太仆还在其次，守尚书令意味着董卓把尚书台这个朝廷权利中枢交给王允帮他看管，可见董卓对王允的信任。董卓朝议欲迁都长安，太尉黄琬，司徒杨彪公开唱反调，被董卓借故免去三公，王允升任司徒，守尚书令如故。（益州人赵谦补上太尉的空缺）。
朝廷迁都长安后，长安政府的日常工作，董卓交由王允主持（时董卓尚留洛阳，朝政大小，悉委之于允），董卓对王允的信任倚重不可谓不厚。
董卓认为王允是好同志：你办事我放心。
暗地里，王允一直在密谋除掉董卓，并渐渐发展了一个杀董小组。
王允曾与司空荀爽，相国长史何颙密谋怎么除掉董卓。
荀爽死后，王允又暗中找了司隶校尉黄琬、尚书郑泰、护羌校尉杨瓒、执金吾士孙瑞策划一个反董计划：
任命杨瓒行左将军，士孙瑞为南阳太守（补张咨死后职缺），两人名义上率军从武关出发讨伐袁术。实际上是协助袁术这一路人马去讨伐董卓，以图将董卓围歼在洛阳。
王允派人将此任命奏章送到董卓手里，董卓心生疑惑，这与当年韩馥等外任地方有雷同之处，董卓否了这个提案件。王允等人的计划随之流产。王允又将士孙瑞、杨瓒纳入尚书台，方便日后继续联络、策划。【注1】
初平三年（192年）春，因持续六十多天阴雨，王允与士孙瑞、杨瓒二人一同去登坛乞求天晴。趁着四下无人之时，王允对二人重提反董之事，三人再次结为同谋【（初平）三年春，连雨六十余日，（王）允与士孙瑞、护羌校尉杨瓒登台请霁，复结前谋。】
不过，王允这次主要串联策反的对象是负责董卓安保工作的中郎将吕布。
吕布与王允同为并州人，因此在“董伪政权”中，两个并州人私交一直不错。
吕布自从刺杀丁原投奔董卓后，颇受董卓重用，并结为父子。【（吕）布斩（丁）原首诣（董）卓，卓以布为骑都尉，甚爱信之，誓为父子】吕布被孙坚打败撤出洛阳后，就被按排负责起董卓的安保工作。
据史书记载，吕布背叛董卓的原因有两个：一、董卓可能是真没把吕布当外人，一次暴脾气上来了因为一件小事就超吕布扔过手戟，好在吕布没有大意，闪过去了，但从此开始暗恨起董卓来，董卓却浑然不觉；二、吕布利用担任董卓保镖的机会，与董卓的侍女私通。时间久了，吕布也担心事情泄露，心不自安。问题是，这两件事情，实在只能算是小事。因为，惹得董卓不高兴、和一个婢女私通，这才多大点事啊！
吕布作为并州军的领衔人物，是董卓必须要倚重拉拢的大将。一个女人而已，董卓身边并不缺美女，从董卓从少年到晚年的行事作风看，董卓一直是有“容人之忍”的王者之风的，以吕布的价值，吕布看中美女，董卓其实并不介意送几个美女给他。
如果吕布仅仅就因为这些理由就要冒险去杀董卓，这实在有点得不偿失。最重要的当然还是王允开给吕布的价码不低。
一日，吕布向王允诉说起被董卓投掷手戟的不快，于是王允趁机邀请吕布参与刺董。
吕布开始不愿，说：“我与董卓可是‘父子’，如何是好！”
王允说：“你自姓吕，他自姓董，如今你自己能不能活命都不好说，还谈什么父子！他向你掷戟之时，难道考虑父子之情了吗！”
王允一句话，吕布轻松卸下心理包袱，答应做内应。根本没有演义中那么费劲，还糟蹋一大美女玩什么连环计，太高看吕布的道德了。
初平三年（192年）四月某日，献帝刘协患病初愈，于是宣布将在未央殿召集群臣举办庆祝会。
王允知道机会来了。
王允和士孙瑞将宣布董卓罪状的诏书写好，由士孙瑞偷偷交给吕布，再让吕布的亲信李肃等十余人伪装成皇宫卫士，埋伏在北掖门等待董卓进宫。
二十三日清晨，董卓乘车前往皇宫参加皇帝的庆祝会，吕布随从护卫。当董卓车队行至北掖门外时，李肃等人持长戟冲出，刺向董卓，董卓朝服内穿铠甲，所以未伤及要害，而李肃刺伤董卓手臂，并将其刺下车来。
董卓疾呼：“吕布何在？！”
这时候吕布不慌不忙的掏出准备好的诏书，喊道：“有诏讨贼！”
直到此时，董卓才发现吕布背叛了自己，大骂吕布：“庸狗敢如是邪！”
吕布则率众人上前将董卓当场斩杀。太师府主薄田景上前抱住董卓的尸体，吕布又将他杀死，又连杀三人之后，在场其他的人都不敢动了。后来的李傕、曹操就都吸取了董卓被暗杀的教训，身边带着重兵守护。
董卓的尸体除了脑袋很重要外剩下的大胖身子暴尸于野，看守尸体的工作人员在董卓的肚脐上引了盏灯，好几天才将这个人灯点完。
董卓死后，王允立刻让信使往各政府部门送达赦免诏书，稳定局势。
董卓的死讯传出，长安百姓们开始了报复性庆祝，很多人哪怕卖了金银首饰都要买酒买肉庆祝一下。
董卓被杀，王允作为大汉再造之臣被皇帝 加录尚书事代掌朝政，吕布被封为奋威将军、假节、仪比三司，封温侯（温侯这爵位还有一段渊源。《后汉书·王允传》载，董卓到长安后，封赏迁都有功之臣，王允被封为温侯，食邑五千户。王允坚决推辞。士孙瑞劝王允说，谦逊这种东西，你也得分时候，现在，您和董太师都受封，而您非要表示自己的高节，这可不是和光之道啊。王允接受劝告，接受封爵，但推掉了三千户，只接受了两千户。此番，王允又把董卓封的温侯转给吕布，只能理解为，王允与董卓划清界限，董卓封的侯，我王允不要。）
杀了董卓，王允为首的新朝廷迅速任命名将皇甫嵩为征西将军，率军去剿灭在郿坞的董氏族人，董旻等董氏族人无力反抗，均被灭族。董卓的母亲已经年过九十，走到郿坞门口，向皇甫嵩请求免死，皇甫嵩不肯，将其斩首。郿坞中藏有的金银，锦帛谷米珍奇玩物全部被充公。皇甫嵩因功升任车骑将军。
汝南袁氏的门生故吏们也行动起来，将之前埋葬在郿县的袁隗、袁基及其家人的尸骨挖出，重新改葬；同时将董氏族人的尸体堆在袁氏坟墓旁边焚烧，并将骨灰扬到路上以泄愤。
荀攸也被从监狱里放出来。
大学者，大汉奸，左中郎将蔡邕因为被董卓高官厚禄打动，对董卓的死流露出惋惜叹息之情被视为董卓余党，被王允力排众议杀死。类似的还有一个丁彦思，这丁彦思不知道是什么人，但他既是和蔡邕一起提及的，应该也是亲近董卓的名士，被王允所杀。
王允也没有忘了关东的袁绍、袁术等反董联军，派出使者张种前往关东安抚。（司徒王允录尚书事，总朝政，遣使者张种抚慰山东。）
董卓死了，董卓的族人也被灭了，但董卓驻扎在外地的凉州大军怎么处理呢？成了王允的一大难题。
【注1】《后汉书·王允传》：（王允）乃上护羌校尉杨瓒行左将军事，执金吾士孙瑞为南阳太守，并将兵出武关道，以讨袁术为名，实欲分路征（董）卓，而后拔天子还雒阳。卓疑而留之，允乃引内瑞为仆射，瓒为尚书。董卓的暴虐统治并没有吓住他在朝中的反对派。