R语言用列数据画PCA带椭圆图

之前找了很多信息，见到的都是用行画PCA，用列的大多都是使用fviz_pca_var这个函数，但这个函数椭圆我又死活加不上，再加上画椭圆时的分组信息又没法加在原数据里，纠结了很久。但最后还是被我试出来了。

先放个原数据格式：

image

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library("FactoMineR")

library("factoextra")

library("dplyr")

data = read.csv("G:/TPTNW.csv",row.names = "gene_id")

这是分组信息

datagroup = read.csv("G:/TPTNWgroup.csv")

t()用于转换矩阵行列，用起来方便省事

verdata = t(data)

res.pca <- PCA(verdata, graph = FALSE)

将同一组的individuals圈在一起

fviz_pca_ind(res.pca,

        geom.ind = c("point","text"), # 显示点与文字

        col.ind = datagroup$group, #以组分颜色，这里直接上面导入的group信息即可

        palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), #颜色

        addEllipses = TRUE, #画椭圆

        legend.title = "Groups" #分组名

)

结果图：

image

生信

作者：清珺
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