Ubuntu 安装Seurat包报错configure: error: geos-config not found or not executable

咱就说好不容易在系统上安装了CellChat，SeuratR包就不见了哈哈哈，懵逼，然后发现安装的时候，报错了configure: error: geos-config not found or not executable。 检索了下，然后发现有人也跟我遇到同样的问题，采用了其中一个解决办法，很快就解决了， 可太开心了。

参考的链接是: https://www.jianshu.com/p/7069a6a244cc

1.首先根据上面的链接中的方案，我使用conda 下载了geos

conda install geos

但是这个下载的版本应该是3.9.1的，跟rgeos中所需的版本3.11不一样，但是可以用就是。

2. 安装rgeos_0.5-9.tar.gz，SeuratObject_4.1.2.tar.gz和Seurat_4.2.0.tar.gz

install.packages("rgeos_0.5-9.tar.gz", repos = NULL)
install.packages("SeuratObject_4.1.2.tar.gz", repos = NULL)
install.packages("Seurat_4.2.0.tar.gz", repos = NULL)

3.安装完导入的时候出现htmltools的loadNamespace问题

htmltools的版本不对

解决方案是参考https://blog.csdn.net/zengwanqin/article/details/115064504
解决办法：unload上一层的Namespace，再加载

image.png

unloadNamespace("IRdisplay")
unloadNamespace("repr")
library(htmltools)
 library(Seurat)

打怪升级路上！！！
希望快点做完手头这部分工作！！！
加油吧

最终虽然解决了，但是会出现个warning