Seurat中默认颜色配方提取

分析时候遇到一个问题就是Seurat中DimPlot中画聚类图时候的颜色配方该怎么去提取。之前我都是在AI中把图片打开，然后查看每个类的颜色，得到值之后在R中用，后续有个问题就是我聚类图细胞有点多的时候，AI打开很慢，然后还卡，就百度解决下这个问题啦。好早之前就收藏了，没有整理，打算开个R语言代码的合集，记录下每次学习到的小技能。开心

参考的文章是如何从已知的ggplot对象中提取颜色等信息

1.DimPlot中默认的配色方案

show_col(hue_pal()(16))

image.png

2.提取DimPlot中画聚类时用到的颜色

library(scales)
p1 <- DimPlot(wt, group.by = "celltype_assign")
x<-ggplot_build(p1)
info = data.frame(colour = x$data[[1]]$colour, group = x$data[[1]]$group)
info <- unique((arrange(info, group)))
cols <- as.character(info$colour)

最终得到的cols的颜色啦

cols
[1] "#F8766D" "#DE8C00" "#B79F00" "#7CAE00" "#00BA38" "#00C08B" "#00BFC4" "#00B4F0" "#619CFF" "#C77CFF" "#F564E3" "#FF64B0"

聚类

运行到info时候的结果

之前把这些知识写在了一个文档里面，最近就开始慢慢整理到中，也方便自己查找