2020-09-23 windows电脑使用MEGA_X_10.1.18快速画一个进化树

对于画进化树，其实有很多的软件和方法，有命令行的，也有可视化界面的，还有在线网站（iTol）这样在线美化的，但是对于生信小白来说，最重要的是先上手，这里简单记录一下，最快速度在windos电脑上用MEGA画一个进化树，这里暂时先不介绍进化树的意义和看法，也不涉及算法和美化。

Let us do it !

1. 进入MEGA网站下载软件安装程序

https://www.megasoftware.net/
点击网址，进入，点击DOWNLOAD下载即可

下载MEGA

下载完成以后是一个exe文件：

exe安装文件

然后双击安装，一顿确定以后，软件就安装好了，我选的是图形界面，方便生信小白操作

然后打开软件界面如下：

界面

2. 输入文件

输入的文件，这里暂时介绍最简单的fasta格式的文件，就是一行蛋白名称，一行氨基酸序列这种的：

举例如下：

输入文件的格式

这个文件需要自己准备好

3. 进行多序列连配

点击ALIGN

align

选择第一个
build alignment

选择 retrieve a sequence from a file

选择

点击OK以后，选择要输入的文件，就是刚刚前面说的那个fasta文件
出来的结果如下：

alignment的结果

然后点击DATA -> export Alignment -> MEGA format
把这个多序列连配文件保存好

4 画树

点击刚刚保存好的文件，这个时候主屏幕会有个图标出现

刚刚的文件

点击这个图标，出现文件的细节

点击主屏幕上的PHYLOGENY
选择construct/test Neighbor-joining Tree (选其他的也可以，这里只是演示，具体要看生物学问题)

然后这边用默认参数，具体参数的意义和设置要仔细去研究论文和帮助文档

然后树就画好了：

MEGA的树

5 调整

这里简单说一下这几个按钮

调整树的形状

可以调整出来不同的树的形状和表现形式

分支形式

曲线形式

圈状树

当然这里面还有很多其他的调整形式，不过这个已经算是画出一个树。

后面需要继续介绍如何美化进化树和看懂进化树。