Stairway-plot群体动态图

一 首先用BayesScan删除受选择的位点
1.输入文件：PGDSpider将VCF 转为GESTE/BayScan格式，即下面的bates.xml
2.运行命令

cd /home/yl/biosoft/BayeScan-master/my_file/

/home/lsq/BayeScan2.1/asia-usnp-R3/BayeScan2.1_linux64bits /home/yl/biosoft/BayeScan-master/input_examples/**bates.xml** -n 100 -thin 50 -burn 200 -pr_odds 10000 -threads 8

3.输出文件在XXX_fst.txt中，q值小于0.01定义为受选择位点

二 利用easySFS生成SFS文件
1.位点谱频（SFS）,又称等位基因频谱，用来显示特定基因座上各等位基因所占的频率。
2.unfold 还是 fold： 如果祖先状态已知为unfold（我理解是有参考基因组或者有外类群)；反之为fold（比如简化基因组测序得到的数据）
3.命令:
安装详见 >https://github.com/xiaoming-liu/stairway-plot-v2

# 运行命令  
conda activate easySFS ### 好像是运行前先改变环境吧？要在终端前面是（easySFS），如下一行所示才能运行
### (easySFS) yl@zhab001:~/biosoft/easySFS-master/BSZ-ZY$ 终端前面是（easySFS）
python /home/yl/biosoft/easySFS-master/easySFS.py -i zy_bsz.vcf -p zy_pops.txt --preview -a 
python /home/yl/biosoft/easySFS-master/easySFS.py -i zy_bsz.vcf -p zy_pops.txt -a --proj=38 # --proj=38是根据上一步preview的结果得到的，比如我的个体是20个，一般就可以默认 --proj=40，但是上一步preview结果显示序号后面的数字在后面急剧变小的话，那就设定为38。简单来说：通常可设定个体n的2倍，2n；若后面存在剧降趋势则选择开始下降时的值。建议若区别不大，还是用自己个体的2倍吧，不然之后stairwploti一步，sfs的数字个数多次没弄对，想死，如果这里减了，之后nseq也得减

三 stairWay-plot画图
输入文件详见 https://github.com/xiaoming-liu/stairway-plot-v2/blob/master/READMEv2.1.pdf

使用easySFS中生成fastsimcoal2中的结果，对于unfoled和folded，easySFS都会生成2n+1个值，unfolded同样需要去掉第一个和最后一个，foled因为祖先状态未知，n+1之后的数值为0，用于stairway plot 2需要去掉第一个和所有的0。

cd /home/yl/biosoft/stairway_plot_v2.1.1/
java -cp stairway_plot_es Stairbuilder  bsz-zy.blueprint
#生成.sh文件用于下一步
bash bsz-zy.blueprint.sh

参考
https://mp.weixin.qq.com/s/GS_g1aPYOSVIcVOljrOzJA
https://www.jianshu.com/p/73202f89f487
https://www.jianshu.com/p/08efb118cd00

吐槽一句，折腾一个周差点要了我老命，还好有师姐指点，qu愿我的下午能画出图来