安装miniconda

首先去清华镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/找到最新版本
然后

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.2-Linux-x86_64.sh  # 大概30s左右
bash Miniconda3-py37_4.8.2-Linux-x86_64.sh  

然后一直ENTERN，或者输入yes就行，以下参照https://www.jianshu.com/p/2c0dde188065

source ~/.bashrc  
conda -h #查看是否安装成功

安装完成后出来了问题，就是用户名前面有个base看着很不舒服，输入以下两行可以去掉

conda config --show | grep auto_activate_base
# 然后提示auto_activate_base: True
conda config --set auto_activate_base False

重启就没有base了

配置镜像，逐行输入

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

配置小环境

conda create -n biosoft

会提示一个y/n,输入y就行

conda info -e
conda info --envs
conda env list
# 查看已经存在小环境名

进入小环境
​ 创建小环境后，安装软件前，一定要进入/激活小环境在安装，否则会安装到当前账户环境下。每一次安装软件，都要激活小环境，要在哪个小环境下安装软件，就激活哪个小环境名

source activate biosoft #激活小环境
conda activate biosoft # 替换
#报错
#可用输入以下两行就解决了
# 激活环境
source activate
# 退出环境
source deactivate
#然后再进入环境就OK了
source activate base

查找软件，进网址http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
或者

conda search PACKAGE

安装软件最好安装到设置的环境里

conda install softname
conda install -y sra-tools trim-galore
# -y要不要均可，是问你同不同意安装，不要的时候，需要手动输入一个y