POJ 1080 Human Gene Functions (类似于编辑距离)

题意：计算两个DNA碱基序列的相似度，可以插入空格来匹配任一个碱基，题目中给了任意匹配的代价。

思路：score[i][j]为下列 三者的最大值：seq1[i]与seq2[j]匹配 + score[i-1][j-1]；空格与seq1[i]匹配 + score[i-1][j]；空格与seq2[j]匹配 + score[i][j-1]。

初值，score，第一列表示一直用空格匹配第一个序列，第一行表示一直用空格匹配第二个序列。

代码中的map可以用一个函数代替，我没用过，所以用它试试的。

 

  
    

   
     
   
     #include
   
     <
   
     cstdio
   
     >
   
     
#include
   
     <
   
     map
   
     >
   
     

   
     using
   
      
   
     namespace
   
      std;


   
     int
   
      cost[
   
     5
   
     ][
   
     5
   
     ] 
   
     =
   
      {
 {
   
     5
   
     , 
   
     -
   
     1
   
     , 
   
     -
   
     2
   
     , 
   
     -
   
     1
   
     , 
   
     -
   
     3
   
     },
 {
   
     -
   
     1
   
     , 
   
     5
   
     , 
   
     -
   
     3
   
     , 
   
     -
   
     2
   
     , 
   
     -
   
     4
   
     },
 {
   
     -
   
     2
   
     , 
   
     -
   
     3
   
     , 
   
     5
   
     , 
   
     -
   
     2
   
     , 
   
     -
   
     2
   
     },
 {
   
     -
   
     1
   
     , 
   
     -
   
     2
   
     , 
   
     -
   
     2
   
     , 
   
     5
   
     , 
   
     -
   
     1
   
     },
 {
   
     -
   
     3
   
     , 
   
     -
   
     4
   
     , 
   
     -
   
     2
   
     , 
   
     -
   
     1
   
     , 
   
     0
   
     }};

map
   
     <
   
     char
   
     , 
   
     int
   
     >
   
      m;

   
     int
   
      score[
   
     104
   
     ][
   
     104
   
     ];
   
     //
   
     DP空间
   
     

   
     char
   
      seq1[
   
     104
   
     ], seq2[
   
     104
   
     ]; 
   
     //
   
     从1开始
   
     

   
     int
   
      len1, len2;


   
     void
   
      match(){
 score[
   
     0
   
     ][
   
     0
   
     ] 
   
     =
   
      
   
     0
   
     ;
 
   
     for
   
     (
   
     int
   
      i
   
     =
   
     1
   
     ; i
   
     <=
   
     len1; 
   
     ++
   
     i)
 score[i][
   
     0
   
     ] 
   
     =
   
      score[i
   
     -
   
     1
   
     ][
   
     0
   
     ] 
   
     +
   
      cost[m[seq1[i]]][
   
     4
   
     ];
 
   
     for
   
     (
   
     int
   
      j
   
     =
   
     1
   
     ; j
   
     <=
   
     len2; 
   
     ++
   
     j)
 score[
   
     0
   
     ][j] 
   
     =
   
      score[
   
     0
   
     ][j
   
     -
   
     1
   
     ] 
   
     +
   
      cost[m[seq2[j]]][
   
     4
   
     ];
 
   
     for
   
     (
   
     int
   
      i
   
     =
   
     1
   
     ; i
   
     <=
   
     len1; 
   
     ++
   
     i)
 
   
     for
   
     (
   
     int
   
      j
   
     =
   
     1
   
     ; j
   
     <=
   
     len2; 
   
     ++
   
     j){
 
   
     int
   
      max, tmp;
 max 
   
     =
   
      score[i
   
     -
   
     1
   
     ][j
   
     -
   
     1
   
     ] 
   
     +
   
      cost[m[seq1[i]]][m[seq2[j]]];
 tmp 
   
     =
   
      score[i
   
     -
   
     1
   
     ][j] 
   
     +
   
      cost[m[seq1[i]]][
   
     4
   
     ];
 
   
     if
   
     (tmp 
   
     >
   
      max)
 max 
   
     =
   
      tmp;
 tmp 
   
     =
   
      score[i][j
   
     -
   
     1
   
     ] 
   
     +
   
      cost[m[seq2[j]]][
   
     4
   
     ];
 
   
     if
   
     (tmp 
   
     >
   
      max)
 max 
   
     =
   
      tmp;
 score[i][j] 
   
     =
   
      max;
 }
}


   
     int
   
      main(){

   
     //
   
      freopen("in", "r", stdin);
   
     

   
     
 m[
   
     '
   
     A
   
     '
   
     ] 
   
     =
   
      
   
     0
   
     ;
 m[
   
     '
   
     C
   
     '
   
     ] 
   
     =
   
      
   
     1
   
     ;
 m[
   
     '
   
     G
   
     '
   
     ] 
   
     =
   
      
   
     2
   
     ;
 m[
   
     '
   
     T
   
     '
   
     ] 
   
     =
   
      
   
     3
   
     ;
 m[
   
     '
   
     -
   
     '
   
     ] 
   
     =
   
      
   
     4
   
     ;

 
   
     int
   
      cases;
 scanf(
   
     "
   
     %d
   
     "
   
     , 
   
     &
   
     cases);
 
   
     while
   
     (cases
   
     --
   
     ){
 scanf(
   
     "
   
     %d %s
   
     "
   
     , 
   
     &
   
     len1, 
   
     &
   
     seq1[
   
     1
   
     ]);
 scanf(
   
     "
   
     %d %s
   
     "
   
     , 
   
     &
   
     len2, 
   
     &
   
     seq2[
   
     1
   
     ]);
 match();
 printf(
   
     "
   
     %d\n
   
     "
   
     , score[len1][len2]);
 }
 
   
     return
   
      
   
     0
   
     ;
}