Complexheatmap::pheatmap图cell尺寸设置

首先放出参考链接：

• https://jokergoo.github.io/2020/05/11/set-cell-width/height-in-the-heatmap/

我们在画热图的时候，有时候会遇到想调整热图中单元格子的尺寸的情况。并且希望可以动态的设置，也就是不管是多少数据，格子都可以随着图片大小缩放。
Complexheatmap中的Heatmap()函数，有一个width和height参数可以设置

Heatmap(mat, name = "mat", 
    width = ncol(mat)*unit(5, "mm"), 
    height = nrow(mat)*unit(5, "mm"))

而对应到pheatmap中就是cellwidth和cellheight，设置的就是cell的长和宽。

https://jokergoo.github.io/2020/05/06/translate-from-pheatmap-to-complexheatmap/

所以只需要在pheatmap中设置这两个参数

library("ComplexHeatmap")
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Testlong", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("1230_", 1:20, sep = "")
ht <- pheatmap(test,
        annotation_col = NA, # 列分组
        cellwidth =20, cellheight=20,
        annotation_row =NA,  # 行分组
        annotation_colors = ann_colors,  # 指定样本分组颜色， list格式
        color = colorRampPalette(c("#0000FF", "#FFFCC8", "#FF0000"))(100), # 热图色卡颜色
        border_color = NA,  # cell有无边框，或指定颜色
        cluster_rows = TRUE,  # 显示行聚类
        cluster_cols = TRUE,  # 显示列聚类
        legend = TRUE, #是否显示色标图例
        main = "jsd diversity distance", # 图标题
        display_numbers = FALSE, number_format = "%.1f", number_color="Black", fontsize_number=4,  # cell中是否显示数值；格式设置
        angle_col = "45",  # options (0, 45, 90, 270 and 315)  # 调整列文字角度
        annotation_legend = TRUE,
        show_rownames = F
)

然后使用draw()得到绘制好的图，根据ComplexHeatmap:::width(ht)和ComplexHeatmap:::height(ht)可以获取此时图的长和宽，注意这里包括所有的元素，包括图例，树状图等，所以如果需要调整参数一定要在计算图尺寸之前全部设置好！可以直接使用如下函数来获取尺寸。

calc_ht_size = function(ht, unit = "inch") {
    pdf(NULL)
    ht = draw(ht)
    w = ComplexHeatmap:::width(ht)
    w = convertX(w, unit, valueOnly = TRUE)
    h = ComplexHeatmap:::height(ht)
    h = convertY(h, unit, valueOnly = TRUE)
    dev.off()
    c(w, h)
}

不过要注意的一点是，这里是pdf/svg输出，所以设置的单位是inch，如果是png，需要设置为pt。
使用方式如下：

size = calc_ht_size(ht)
width = size[1]
height = size[2]
pdf("heatmap.pdf", height = height , width =width)
print(ht)
dev.off()

可以画出来很正方形的热图。