R语言pheatmap热图色条控制小技巧

本期介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。

使用的是R语言的pheatmap包，先生成随机数据：

set.seed(100)
data1<-c(runif(20,min=-2,max=2),rnorm(380,2,2))
data1<-matrix(sample(data1,400,replace = F),nrow=20)

data1如下：

image

查看数据范围：

range(data1)

image

使用上面的矩阵做热图，要求低值为蓝色，高值为红色，中间值为白色：

pheatmap(data1,
         scale = "none",
         color = colorRampPalette(colors = c("blue","white","red"))(100)
         )

结果如下：

image

数据data1的数值范围是-4到8.6，所以上图的色条范围也是-4到8.6。但由于0的位置比较特殊，现在要求0的位置为白色，并且色条范围为-9到9，这里使用breaks参数重新定义色条范围并根据break范围划分颜色范围，代码如下：

#breaks
bk <- c(seq(-9,-0.1,by=0.01),seq(0,9,by=0.01))
# 做热图：
pheatmap(data1,
         scale = "none",
         color = c(colorRampPalette(colors = c("blue","white"))(length(bk)/2),colorRampPalette(colors = c("white","red"))(length(bk)/2)),
         legend_breaks=seq(-8,8,2),
         breaks=bk)

结果如下：

image