TAIR拟南芥数据库使用指南

1、TAIR，The Arabidopsis Information Resource, TAIR

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图片来源：https://baike.baidu.com/item/TAIR/62179?fr=aladdin

官方网址：https://www.arabidopsis.org/

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2、工具栏

1）搜索，这个是最常用的工具之一。

有两种方式，一种是上方的快速搜索框，另外一种就是Search菜单栏；

2）Browse选项卡，感觉用的比较多的是“Gene families” 和“Transposonfamilies”

3）Tools,有很多好用的工具，比如GO term enrichment是链接到我们之前介绍过程的panther进行的Go富集分析（在线GO功能注释分析——私人经典总结三），其他的工具我后续会慢慢更。

4）Download，如果需要本地分析可以通过这里下载相应的数据；Submit则是数据上传，这里不多介绍。

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3、工具中的“Bulk Data Retrieval”中的两个小工具，对于需要批量查询多个基因的名称、序列而言是一个很好用的工具。

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1. 批量下载基因描述

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点击4以后跳出的依然是一个新的网页，全选复制粘贴到新建的txt文本中，然后保存，后面可以用Excel打开，就可以得到一个基因说明表，类似下图：

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2）基因序列批量下载，包括除了上面提到的还包括了启动子序列，对于需要做启动子序列分析的童鞋这个批量下载启动子序列还是很棒的。

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后续的TAIR的文章：

seqViewer——TAIR拟南芥数据库使用指南（二）

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU0OTA0MTQ4MA==&mid=2247483802&idx=1&sn=40585bad8b4db32d360ec1a3e1075764&chksm=fbb4a5bdccc32cab802d9dd484e6c44d1d29705fda280eea192130dbc93fa21653f7f4936d0d&mpshare=1&scene=23&srcid=0427ihxcBDdjpwUjQ4yBJtlV&sharer_sharetime=1587952391867&sharer_shareid=89e6d7d17ca25127afa75cb75bc17252#rd

Gene搜索结果解读——TAIR数据库指南（三）

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基因表达谱——TAIR拟南芥数据库使用指南（四）

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突变体种子订购——TAIR 拟南芥数据库使用指南 （五）

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在TAIR 如何批量下载基因家族序列——TAIR拟南芥数据库使用指南（六）

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU0OTA0MTQ4MA==&mid=2247483925&idx=1&sn=7b918cd9efe4de95d4889116dec4803c&chksm=fbb4a632ccc32f243ce8306e6c92026258b00a939c796c35060edac90fa3a4987139e6e38262&mpshare=1&scene=23&srcid=0427TxC6MJTpcdcsda2yYEXO&sharer_sharetime=1587952433368&sharer_shareid=89e6d7d17ca25127afa75cb75bc17252#rd

TAIR数据库（七）中文使用指南

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU0OTA0MTQ4MA==&mid=2247483956&idx=1&sn=c3cd9ee706c438e090b40f96c5b118aa&chksm=fbb4a613ccc32f05e2b77847fb13ae63155a84b40f1ee7d5490d87cba05f281e4c80655c6d40&mpshare=1&scene=23&srcid=0427HaP6xjB0REX7fu4PSneA&sharer_sharetime=1587952443549&sharer_shareid=89e6d7d17ca25127afa75cb75bc17252#rd