从EBI下载ENA数据

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接了任务，要从 http://www.ebi.ac.uk/ena/ 下载序列数据，本来直接全部导出 fasta 就好了，可惜网络不好，老是下到一半就挂掉。

于是写了这么个小脚本，用 Perl 的 LWP::Simple 来慢慢下载。

很简单，也可能有 bug。

#!/usr/bin/perl
# by lhtk : [email protected]
use strict;
use warnings;

use LWP::Simple;

# http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/FKKI010000001&display=fasta
# 浏览器上打开它，会直接返回文本类型的结果

my $s = $ARGV[0]; # start
my $e; # end 
die "不正确\n" unless (defined $s and $s > 0);

while ($s <= 1581707) {
    $e = $s + 1000; # 一批 1000 个，可以改
    if ($e > 1581707) {
        $e = 1581707;
    }
    my $url;
    if ($s == $e) {
        $url = sprintf "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/FKKI01%07d&display=fasta", $s;
    } else {
        $url = sprintf "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/FKKI01%07d-FKKI01%07d&display=fasta", $s, $e;
    }

    #print "$url\n"; # 测试
    #last if $n == 2;

    if (is_success( getprint($url) )) {
        print STDERR "$s - $e\n";
        $s = $e + 1;
    } else {
        sleep 1;
    }

}

然后从外部调用：

./xxx.pl 1 >>xxxxx.fa

存个档，备忘。

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