Endnote工具应对文献增量管理

简介

  工欲善其事必先利其器，老祖宗留下的话大多数都是经典。之前看文献不多，手动整理文献已经满足条件。上次系统利用专门的文献管理软件endnote还是写本科毕业论文的时候，用来插入参考文献。其实endnote的更强大的功能是文献管理，插入文献只是其中的一小部分。随着阅读文献的越来越多，手动管理渐渐无法满足条件，重新捡起老工具利用新功能管理文献，并作常用的功能介绍。

endnote9

  我选用的是MAC版本的Endnote9，傻瓜式安装完成开始使用，构建自己的library库。

endnote界面

数据库下载

  在数据库中下载文献索引，并导入endnote。比如在NCBI中查找single cell ATAC-seq关键词，检索到多个相关文献。

NCBI检索界面

  点击界面中的Send to，在弹出的菜单中点击File，之后在Format菜单中点击MEDLINE，再点击Create File。这样PubMed就会自动下载一个文本文件到本地电脑，文件默认名字是pubmed_results.txt。这里需要注意的是，在Format中一定要选择Medline，千万不要选其它格式。

导出格式选择

  先点击File Import 后面那个options，选中刚才从PubMed中下载下来的txt文件。记住在Import Option中一定要选择PubMed (NLM)，有时这个地方默认的不是PubMed(NLM)，则需要在下拉菜单中找到Other Filters，之后再在众多的选项中找到PubMed(NLM)

导入选项配置

导入格式选择

  导入后全选所有信息，然后右键点击find full text，他就可以自动获取全文，比较耗时，可以吃个零食，喝杯咖啡，静候完成。当然对于非开放阅读期刊文章可能会获取不到，需要手动在scihub上获取然后手动添加到索引中。

自动获取原文

  Encode另一个的优点是对中文文献的友好支持，在中国知网可以下载到endnote对应的格式信息，方便后续插入文献。

PDF文献导入

  也许你已经下载了很多的文献，这些可以直接导入到Endnote的，但是你或许会遇到一些文献导入不能自动识别引用信息，需要手动处理。
选中不能识别的文献，右键选择编辑参考材料。

输入网上查询到的DIO

  回到原来界面，然后更新参考材料即可.

更新界面

  还有一个比较实用的文献阅读管理技巧，可以根据个人情况标注文献的重要等级，以便后续重复阅读，方便查找。

星标排序

参考材料：

http://blog.sciencenet.cn/blog-475824-877704.html