CNV分析流程

CNV 拷贝数变异分析流程

一 .下载文件（略）

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二 .注释基因

通过位点把基因位点注释为基因

三 .数据整理合并

把文件名变为样本名整合到一起
得到基因和拷贝数对应关系

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四.癌症和正常人每个基因发生CNV的数量的差异

对比癌症和正常人基因发生CNV的不同，用卡方检验

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五.差异情况可视化画圈图

用R画，一层一层
有可能太多，显示不出来，会自动挑选，也可以自己挑选

六，CNV和表达的相关性

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1.提取差异基因的CNV情况
2.把差异基因的CNV和差异基因表达合并
3.进行CNV和表达量的相关性检验检验

七。得出CNV和表达相关性有关的基因，做GO和KEGG分析