蛋白组分析---用Persues进行后续分析

1. 上文中，我们用Maxquant软件分析了.raw数据，最终得到了个txt命名的文件，长这样：

proteinGroups.txt是用来后续分析的软件

2. 接下来，我们下载并打开Persues软件：

部分汉化的一个不伦不类的软件，让具有强迫症的我心里刺挠

3. 我们导入刚刚的文件：

很简单的

PS：
因为Persues是Maxquant的配套软件，其可用于但不限于Maxquant软件的后续分析，因此，Persues可以自动识别Maxquant的结果文件，并将关键的信息进行分类：Numerical（数据型变量）、Categorical（分类型变量）、Text（信息型变量）和Main（主要分析变量，主要是蛋白组的关键信息）等几个关键的分类指标。

4. 我们将衡量蛋白丰度的关键性变量导入到Main这个表格中，然后选择OK：

LFQ intensity___

得到标准的处理界面:

3个窗口的界面

左侧：处理的数据矩阵；中间：流程图流程；右侧：矩阵的关键信息

5. 接下来就是数据过滤

5.1. 过滤受到污染的蛋白（这是基于Categorical指标的）

选对分类指标，mode

得到的过滤后的结果：

行数由2633行缩减到2539行

5.2. 过滤多肽列大于1的多肽（目的是找出独立的多肽列）

image.png

得到的过滤后的结果：

行数由2539行缩减到2233行

5.3. 过滤反库的序列

image.png

得到的过滤后的结果：

行数由2233行缩减到2225行

6. 7数据转换

对Main中的主要数据进行log2(x)的转换

得到的结果：

可以发现是取对数之后的结果

7. 缺失值（6个样本中最多不能缺失超过2个）

过滤有效值，6个样本中有效值至少大于等于4

得到的过滤后的结果：

行数由2225行缩减到1801行

8. 缺失值的填充

基于每一列分布的缺失值的填充

可以看到起先显示NaN的被填充上了数据

9. 最后是T检验和FDR检验

9.1. 对样本列进行注释，区分实验组和对照组

这里我们区分了两个组其中一个是FGP，另一个是VGP

可以看到显示出了分组类型

9.2. 接着进行两样本Student t检验

选定对照组和实验组

image.png

10. 将分析好的数据进行导出

选择导出的文件夹，导出文本格式的矩阵

参考文章：

1. https://cloud.tencent.com/developer/article/1489812