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【实战】R语言绘制GO富集分析弦图

前面通过视频给大家讲解了☞ GO富集分析弦图怎么看

也通过GOplot这个R包自带的数据给大家演示了。

☞ 【R语言】绘制GO富集分析弦图

今天我们就用实战经常用到的一套数据，TCGA数据库中的CHOL这套数据给大家举例。这套数据大家应该一点都不陌生了吧。从数据的下载，整合到差异表达分析，从GO和KEGG富集分析，火山图绘制到ceRNA网络构建，我们都是用的这套数据。

  1. 新版TCGA数据库RNAseq数据下载
  2. 新版TCGA数据库miRNA数据下载
  3. 【视频讲解】R代码合并新版TCGA中RNAseq表达谱矩阵
  4. 【视频讲解】R代码合并新版TCGA中miRNA表达谱矩阵
  5. R代码TCGA差异表达分析
  6. 零代码合并新版TCGA中RNAseq和miRNA表达谱
  7. GO和KEGG富集分析视频讲解
  8. DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化
  9. 【实战】circleplot展示GO富集分析结果—附R代码
  10. 【R语言】circleplot展示KEGG富集分析结果
  11. 手把手教你绘制火山图
  12. 一文掌握ceRNA网络构建

在☞【R语言】绘制GO富集分析弦图中我们提到，绘制GO富集弦图需要准备四部分的数据

  1. GO富集分析的结果

可以参考往期内容获取GO富集分析结果

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

☞ DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化

2. 差异表达分析结果

TCGA数据差异表达分析可以参考

☞ R代码TCGA差异表达分析

☞ 零代码TCGA差异表达分析

GEO中数据差异表达分析可以参考

☞ 零代码差异表达分析工具：GEO2R

☞ GEO芯片数据差异表达分析

3. 需要展示的基因名字可以直接从差异表达分析结果中根据p.adj和logFC来进行挑选，当然也可以根据自己的兴趣来挑选。

4.需要展示的GO条目

可以从GO富集分析结果中，根据FDR来挑选，当然也可以根据自己的需求来挑选。

最终我么可以得到下面这张图，大家应该都会看这张图了吧！

完整绘图代码+详细注释☟☟☟

【实战】R语言绘制GO富集分析弦图

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  • HTML5 bootstrap2网页兼容（支持IE10以下） xiaoluode html5bootstrap
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